足利义昭撒开的信长包围网，其成员并不仅仅包括畿内和近畿的诸侯，譬如三好党、浅井、朝仓、石山本愿寺等等，如果说信长是一头猛虎，那么上述这些势力，不过大大小小的猎犬而已，猎犬除非团结一心，是不可能杀死猛虎的——但那些割据势力各怀鬼胎，又怎可能精诚团结，一致对敌？
朝仓氏为了自己的利益，数次出卖浅井氏，就是一个很好的例子。
要战败猛虎，那就只有请另外的猛虎出马，足利义昭当时最寄予厚望的势力，是甲、信的武田、北陆的上杉，以及中国地区【这里的“中国地区”是指日本本州岛西部的山阴、山阳两道共十六国。】的霸主毛利氏。这三个家族素以兵力雄厚，将领善战而著称，他们的政治经济实力，与控制大半畿内的织田家也相距不远。如果这三个家族展开行动的话，信长所要面对的局势就相当险恶了。
然而，该发生的还是会发生，元龟三年（1572年）十月，甲斐的猛虎武田信玄首先发难，驱动三万大军，气势汹汹地杀往京都而来！
「再伐江北」
元龟三年（1572年）对于织田信长来说，是意义非常重大的一年。首先，他命令村井贞胜和日乘上人负责监督的皇宫修建工程，终于在上年底彻底竣工了。近百年来屡遭兵燹，几乎化为焦土的皇宫和京都街道，被信长修缮一新，恢复了往日的荣光。本年开始，信长为臣服于自己的诸大名在京都建造官邸，以方便他们觐见将军和天皇——这说明信长已经准备将自己的统治中心从浓尾地区转移到京都附近来了。
很大一个原因在于，经过去年的南部近江一揆讨伐战，他已经基本控制了畿内的局势，准备对敌对势力全面展开反攻。
本年正月，信长的第三子信孝行元服礼，横山城守将木下秀吉急忙准备了礼物，前往岐阜城表示恭贺。得知秀吉离开的消息后，浅井长政立刻南下攻击横山城。三月五日，织田信长再度出阵江北，逼退浅井军，随即留下明智光秀、中川重政、丹羽长秀三将建筑付城，包围水户、田中两城，监视敌人动向，然后主力转往京都。
就在这个时候，“天下至恶”松永久秀大概久未操反叛旧业，骨头开始痒了起来——他煽动三好义继以平定家族内讧为名，发兵攻击河内守护畠山昭高，包围了交野城。三好、松永和畠山三家都是名义上从属于幕府将军足利义昭而实际上从属于织田信长的大名，向同僚动手，何况畠山昭高还是信长的妹婿，这无异于公开谋叛。得到消息的信长立刻派佐久间信盛、柴田胜家等将领兵前往讨伐，三好义继和松永久秀、久通父子望风而降。
查看松永久秀的一生，藐视权威、贪慕权力，似乎有谋反的恶癖好。他所以被称为“天下至恶”，还因为当年与“三好三人众”对战的时候，放火焚烧了著名的东大寺大佛殿和附近的民宅——与织田信长焚烧比叡山延历寺，颇有异曲同工之妙。当初信长上洛，久秀见力不能敌，急忙献上名茶器“作物茄子”（又名“九十九发茄子”），表示降伏，信长认识到这个“幕府执权”对自己控制畿内有很大的助益，权衡利弊，就赦免了他弑杀足利义辉将军的大罪，允其归入麾下。
此后久秀把他的才智贡献给信长，颇建立了不少功勋。比如金崎的退兵，如果没有久秀在，大概信长就算能够侥幸逃脱性命，也肯定损失惨重，甚至再难复振吧。那个时候久秀一定想到，一旦信长被赶出畿内，则朝仓、浅井势力就会坐大，对自己丝毫也没有好处，既然如此，不如再协助信长一段时间，看有没有更好的时机出现吧。
事隔数年，看到畿内烽烟迭起，信长四面皆敌，松永久秀又起了不臣之心。攻击畠山昭高只是一次小小的试探，如果信长抽不出手来讨伐自己，正好趁此机会扩充实力，就算联合朝仓、浅井等势力攻击信长，自己手里也好有更多的本钱。没想到织田军来势如此之快，久秀一看形势不妙，立刻毫不犹豫地献出自己苦心经营了多年的多闻山城和名刀“不动国行”，再次请降。信长也出乎意料地再度宽恕了久秀。
从某种意义上来说，信长与久秀的为人处事颇有相似之处，一样藐视权威，一样野心勃勃，也一样是政战两道的高手。据说某次信长指着久秀对德川家康说：“这个男人平生做了三件他人所不敢为的事情，一是消灭主君三好一族，二是弑杀幕府将军，三是焚烧东大寺的大佛殿，绝对称得上是一个‘奇男子’！”从语气来看，这话不象讽刺，倒象是由衷的赞叹。
因此不到万不得已的时候，信长恐怕是不会杀久死秀的。或许对于信长来说，久秀正是一块最好的试金石，一旦久秀起了叛乱之心，就说明自己对各依附势力的控制有所松懈了，必须提高警惕。或许信长心中还隐约存在着这样的想法：“我倒要看看自己能否把这个‘天下至恶’永远捏在手心里。能够降伏久秀，就能获取天下，如果连善观风色的久秀都不肯向我低头，那么我的事业还有什么指望吗？”
「包围小谷城」
再度攻降松永久秀，暂时稳定了畿内的局面以后，信长遂全力北上，征讨浅井氏。七月二十日，他带着长子信忠到达横山城——这是信忠的初阵——次日在虎御前山布阵，开始攻击浅井氏本城小谷。虽然放火烧光了城下町，屡次挑战，但自知没有胜算的浅井长政却隐忍着坚决不动，只是凭藉坚固的城防，守备待援。
信长看到旷日持久地包围下去，未必就能获得很大战果，况且越前的朝仓军随时可能南下增援，于是就分出一部分兵马杀向小谷城以北，希望截断朝仓军的增援来路。二十二日，木下秀吉攻击浅井方大将阿闭淡路守贞征的山本山城，在城下纵火，城兵百余人杀出阻止，被秀吉斩杀了五十余众，受到信长的嘉奖。
此后，织田军一直杀到近江与越前的边境，在余吴、木之本等地放火。信长如此举动，分明就是在向朝仓义景挑战：“你的盟友浅井氏已经被我重重包围，朝不保夕了，你再不肯出战，难道以为一直缩在北陆，我就无可奈何你吗？”他知道浅井、朝仓两家分开来，谁都不是自己的对手，但如果合而为一，江北的战局就可能会有所倾斜了。所以他想利用包围小谷城的时机，先一举击溃朝仓军的主力。
这一态势，浅井长政不会看不明白，然而他被围困在小谷城中，万分困窘，即便朝仓氏不调兵南下，可以保存住实力，对于他来说又有什么意义呢？既然朝仓氏数次出卖自己，自己也不妨耍点阴招吧。于是长政派人潜出小谷城，向越前送去了假情报，声称：“长岛一向一揆纷起，已经截断从浓、尾通往畿内的道路，如果朝仓殿下此刻出兵，定可将织田信长围在近江，将其彻底消灭！”
受到蒙骗的朝仓义景立刻发兵一万五千南下，二十九日在小谷城附近的大岳布阵，与织田军遥相对峙。如果当初姊川合战的时候，朝仓义景就能派出这样一支大军来，或许现在近江的形势将会有着翻天覆地的变化吧。然而时机丧失，不会再来，今日的形势乃至人心，都与往日截然不同了。
因为内斗和长年战争所导致家中分裂的悲剧，就在这个时候开始降临到越前名门朝仓氏的头上。
八月八日，朝仓军大将前波九郎兵卫吉继父子被织田军策反，受他的影响，次日富田弥六郎长繁、户田与次、毛屋猪介等将也先后向信长投降。此时信长已经完成了在虎御前山的筑城计划，由此北望，北军动静可以一目瞭然。信长派亲信侍卫堀久太郎秀政前往朝仓军中，请求择定日期、地点，一战以定胜负。然而已经士气低靡的朝仓军当然不敢答应。
双方对峙到九月十六日，知道敌人已经无能为力的信长终于失去了耐心，他留木下秀吉守备虎御前山，继续围困小谷城，自己则率领大军撤回主城岐阜。
信长回到岐阜城还没有多久，十月上旬，他突然接待了来自德川家康处的使者。使者满脸仓惶地禀报说：“武田大膳大夫于本月初整备大军，开始上洛。我家主公希望能将其阻挡在远江国境内，不让他来给织田公找麻烦。然而武田军乃是天下劲旅，我家兵微将寡，恐怕很难抵御，希望织田公速发援军……”
“什么？”信长闻言大吃一惊，“山终于动了吗？！”
武田大膳大夫晴信入道信玄，在战国中后期乃是传奇般的人物。他本人是甲斐国（今山梨县）守护，甲斐是座山国，土地贫瘠，民风剽悍，在信玄的父亲信虎时代得到了统一。信玄二十一岁的时候将父亲放逐到骏河国今川义元处（义元是信虎的女婿），自己登上家督宝座。随即他就大力发展生产，兴修水利，开挖矿山，积攒了实力以后，发兵进攻西面的信浓国（今长野县），一路势如破竹。
信玄最大的特点就是能用人，和信长相同，他提拔和培养了很多中下级武士，世传的“武田四名臣”除山县昌景外，原本身份都不算高，春日虎纲（高坂昌信）还有传闻本是足轻出身。信玄的主城——甲府踯躅崎馆——据说城垣矮小，防护力很弱，因为信玄的名言就是“坚城并不可恃，唯人是城，人是石垣，人是堀！”
武田信玄深通兵法，更擅长以计略挫敌于未战，他训练出了一支天下闻名的劲旅，尤以大将山县昌景部下的“赤备”最为敢战，被赞誉为天下第一的骑马军团。后世很多崇拜信玄的人因此一厢情愿地认定：“如果信玄抢先上洛的话，定能取得天下！”
然而信玄所处的地理位置终究距离京都太远了，而且从信浓国经东山道前往京都，必须翻越重重高山，难以展开大规模军事行动。况且，他在北伐信浓国的时候，意外地遭遇到了自己毕生的宿敌——越后国的战国大名上杉谦信。
信玄和谦信在信浓川中岛地区展开的连年大战，乃是日本历史上最著名的战役之一。受此牵制，信玄多年来不敢将目光放向西线，不敢正视洛中。他仿佛是东山道上一头沉睡的猛虎，织田信长前此一直祈祷着猛虎不要醒来，否则自己腹背受敌，那就相当的危险了……
「甲斐的猛虎」
武田信玄被称为“甲斐之虎”，乃是“甲州流兵法”的始祖，但这只老虎无论本领还有实力，都不是当年号称“尾张之虎”的织田信秀之流所可以比拟的。
甲斐武田氏、相模北条氏、骏河今川氏曾经结为三国同盟，今川义元上洛的时候，信玄也曾派出少数兵马参战——其实看起来更象是今天的“军事观察员”。然而义元在桶狭间败死，其子氏真疏于国事，遭到德川家康的猛攻，领地日削。永禄十一年（1568年），暂时停止了和上杉谦信争夺信浓北部领土控制权的武田信玄悍然撕毁盟约，联合德川家康，向今川氏真发起进攻。
当年十二月十三日，武田军攻入骏府城，驱逐了今川氏真，这是织田信长上洛后第三个月的事情。信长的美浓国与信玄的信浓国相邻，因此信长很久以前就在关注着东面那头猛虎的动向，他最怕自己挥师上洛的时候，信玄出于嫉妒心也好，垂涎富庶的美浓国也罢，突然从后发兵，出岩村口进攻岐阜城。因此早在永禄八年（1565年），信长就收自己的侄女为养女，嫁给信玄的第四个儿子胜赖，两家结为姻亲。此后信长还时不时地往甲斐送去礼物，以维持友好关系，《甲阳军鉴》记载，信玄往往以甲斐本地的土特产作为回礼，比如某次就送给信长三千桶漆。
且说织田家的公主嫁到武田家以后，没几年就为武田胜赖生下了嫡长子竹丸（即武田信胜），然后病逝了。信长一看作为两家姻亲的纽带突然中断，大感惶恐，立刻于永禄十年（1567年）又派人前去甲斐求亲，商定信玄的第五个女儿松姬和自己的长子奇妙丸（信忠）之间的婚事。当时松姬年仅七岁，而奇妙丸也才十一岁，两人年纪都小，还未能正式婚配。
正因为存在上述这层关系，武田、德川两家也才很快缔结了攻守同盟，共同进攻骏河今川氏，两家商定，战后德川氏占领远江国，武田氏占领骏河国。甲、骏、相三国同盟就这样破裂了，相模国的战国大名北条氏政（北条氏康之子）发兵增援骏河，反遭武田信玄突击到其本城小田原下。
要说信玄整天只想着自己家的一亩三分地，没有上洛之志，那恐怕是太小看他了，他之所以要撕毁盟约，南下吞并骏河，应该就是想抢占东海道的要冲，从而打开上洛的通路。不过他所处的地理位置太糟糕了，四周又有上杉、北条等强大势力，不解决这些问题的话，他根本就没有机会率兵西进。
元龟二年（1571年）十月三日，相模国前任领主、老谋深算的北条氏康去世了，临终前关照儿子氏政说：“信玄这头猛虎，和他交战对本家毫无益处，不如和他握手和好，复活甲、相同盟吧。”氏政听从父亲的遗言，不久后果然与信玄达成了和议。
解除了来自背后的威胁，武田信玄终于可以大展拳脚了。于是他藉着响应幕府将军足利义昭的号召，集合了整整三万大军，又撕毁与德川氏的盟约，浩浩荡荡杀往京都而来——这一年信玄已经五十二岁了，并且有病在身，他大概知道去日无多，自己没有时间再等待了吧。
武田军两路出兵，东山道方面，别动队五千人翻山进入美浓国，攻克了要隘岩村城，以牵制织田信长对南线的增援，信玄本人则统率主力约两万五千人，从东海道方向杀往远江和三河。十一月下旬，武田军包围了德川氏辖下的远江国重镇二俣城。
德川家康自知不敌，匆忙派使者向信长求救，但还没能彻底解决畿内问题的信长此刻却发不出多少援兵来。主力部队要随时准备增援近江，完成对浅井氏和朝仓氏的最后一击，这个时候如果调往东线，则在北近江的多年经营就很可能功亏一篑。况且信长也很清楚，武田信玄定是为足利义昭而来，那个志大才疏的傀儡将军很可能在这种紧要关头做出不理智的举动。怎么办？自己实在是没有力量去增援家康呀。
然而拒派援兵是不可能的，自己多次远征，家康全都派兵相助，仿佛自己家臣似的呼之即来，挥之即去，如今家康有了危险，自己毫无表示，以后还能期待他的忠诚心吗？天下人又将怎样看我信长？
徘徊无奈之下，信长只得派出佐久间信盛、平手汎秀、水野信元等将率三千人赶往远江。这样小一支部队，与其说是增援，不如说是监督，要督促德川军奋勇作战，把上洛的武田军牢牢钉死在远江、三河等地。
这个时候，德川家康已经把本城由三河的冈崎移往远江的滨松，面对汹涌而来的武田劲旅，他坚持不退，打算等织田援军到来后就与敌人展开正面对决。然而盼星星盼月亮，最终竟然只盼来了这点人马，家康不禁仰天长叹：“是天要亡我吗？”只得加固城防，做好长期坚守的准备。
老谋深算的武田信玄却不肯顿兵滨松坚城之下，他在攻陷二俣城以后，休整了数日兵马，十二月二十二日分两路渡过天龙川南下，在远江城北会合，打了个晃，仿佛示威似的，然后转道西北，直插家康的老窝三河国。这一举动使家康大感惊恐，三河本是他的故乡，三河国若被吞并，则等于切断了他和织田信长的联系，武田军可以以三河为基地直取尾张和美浓，摧垮信长政权，而孤悬在外的远江国滨松等数座城池，也迟早都会被敌人轻易吃掉的！
万般无奈之下，家康只好挥师出城，于后追赶武田大军——三方原合战就此拉开序幕。
「三方原合战」
十二月二十二日午后，在远江国滨松城西北方的三方原台地，武田、德川两军终于展开了激战。德川军本意是要紧紧咬住武田军的尾巴，好与三河、尾张诸城呈夹击之势，但家康没能识破这根本就是信玄设下的一个巧妙的圈套。
德川军登上三方原台地的时候，突然发现前面的武田军不知何时已经转过身来，正严阵以待本军的进攻。这时候再想转身逃走已经来不及了，阵列稍有混乱，对方就可能全军掩杀过来。家康没有办法，只好列开阵势，准备与天下劲旅的武田军拚个鱼死网破。
武田大军两万五千人，而德川、织田联军只有一万一千，就兵数来说完全落在了下风。战斗在下午四时左右展开，武田方的小山田信茂首先发起进攻，攻打德川军先锋大将石川数正。
小山田信茂所部“新众队”，乃是武田军中相当特殊的一支队伍，每个人都携带着一兜拳头大小的石头，临近敌阵，不放砲也不射箭，却以石头相抛掷。日本的弓是落后的单体长弓，射程近、精度差，而当时的铁砲也好不到哪里去，相比之下，这些练掼了的投石兵，竟然给石川数正所部造成了预想不到的沉重打击。
眼看己方阵列将要被乱石打散，石川数正只好朝前猛冲，想要一举歼灭小山田信茂队。一看敌人开始行动了，信玄立刻挥舞军扇（一种用作军事指挥的团扇或折扇），全军掩杀过去。只见到处都是“风林火山”的孙子四如之旗，瞬间就把德川军给冲垮了。
武田信玄信奉孙武的军事理论，把《孙子兵法》中“疾如风，徐如林，侵略如火，不动如山”这四句话写上自己的军旗，是为“孙子四如之旗”。大军动时，信玄本人往往在阵后坐着指挥，以取“不动如山”之意，所以信长闻听信玄上洛，才会惊呼说：“山终于动了吗？！”
且说三方原合战，乃是德川家康辉煌一生中的最大一次败仗，全军瞬间崩溃，士卒死伤惨重。织田信长派来的佐久间信盛一看形势不妙，立刻驳马先逃，倒是平手汎秀神情平静地对家康说：“我主数此次出征，三河殿下都派兵相助，现在三河殿下有难，我们怎能袖手旁观呢？且待我冲杀上前，掩护三河殿下撤退，让天下人都看看尾张武士的信义！”说着话，领军冲杀过去，随即就被汹涌而来的武田军给淹没了。
平手甚左卫门汎秀，乃是信长的老师平手政秀的第三个儿子，就此英勇战殁。
此外，长谷川桥介、佐胁藤八良之、山口飞驒守、加藤弥三郎四人本是信长的近侍，因为犯了过错而遭驱逐，他们暂时栖身于德川家中，希望建立战功，挽回名誉后能够复归，也都先后殁于是役。
德川家康在亲信的保护下，狼狈逃回滨松城，其世代家臣夏木吉信、铃木久三郎先后伪装成家康的样子以引开武田追兵，全都身首异处。传说家康还吓得拉了一裤裆稀屎，直到进入滨松城，喘息稍定，头脑才突然清醒过来。他命令打开城池四门，还派家老酒井忠次在城头擂鼓，玩了一招“空城计”。
武田军追杀德川败兵来到滨松城下，看到此情此景，不敢冒进，于是在信玄的指挥下继续汹涌向西，陆续攻下了德川方的野田等多座城池。然而德川家康并未彻底灭亡，也不肯投降，终究是信玄的一大心病，他因此不敢快速挺进洛中。
战斗一直延续到第二年也即元龟四年（1573年）四月，壮志未酬的武田信玄终于迎来了他最后的日子。因为身染重病（据说是膈病也即胃癌），信玄主动提出与德川家康和谈，然后在回归甲斐国的途中病殁于信浓驹场，享年五十三岁。
《甲阳军鉴》中记载，信玄在病榻上对山县昌景说：“一定要把武田的旗帜插到濑田（在京都地区）去！”
信玄去世了，武田军陆续后撤归国，笼罩在信长和家康头顶的乌云瞬间一扫而空。长舒一口气的织田信长，下定决心要以最快速度解决畿内诸般问题——信玄虽死，东面还有上杉谦信，如果他也来搞一下什么“上洛”，自己又要陷入苦战了，只有先稳固京畿，才能立于不败之地。
然而可怜的足利义昭将军却并没能及时得到武田信玄退兵的消息，他受三方原大胜的鼓舞，终于决定要和信长正式翻脸了。
「将军“谋叛”」
从永禄十一年（1568年）织田信长拥足利义昭进京开始，畿内政权就具有奇特的两重性，任何分封领土等重要文件，都会盖上义昭的“御下行”和信长的“御朱印”两方印章。然而实际上，前一方印章是空头的，后一方才具备实际效力。
况且，双方合作的蜜月期维持时间并不长，很快就因为义昭的轻举妄动，信长开始颁发文件来约束他的权力。永禄十三年（1570年）拟定了《五条书》（又称《殿中御掟》），信玄展开上洛之战前，又发出了《异见十七条》（又称《失政十七条》），其内容为指斥义昭的失德，说他不敬天皇、刻剥百姓，“贩夫走卒皆知公方之非”。
同时，信长还扛出空壳的天皇朝廷来制约和分流幕府的影响力，他修缮皇宫，贡献金银，装出一副对朝廷极端恭顺的态度。这是为了告诉天下人，真正有资格统治日本的并不仅仅是幕府将军，还有京都的天皇，幕府只是朝廷的一个执行机构，天下实权并非有史以来就掌控于幕府，当然更不会延续万年，一直捏在室町将军手里。
在这种情况下，足利义昭本人的处境比当年仰三好氏鼻息的兄长义辉好不了多少，他当然无法忍受，而要尝试暗中反抗了。在得知武田信玄离开甲斐，挥兵上洛的消息以后，义昭以为时机成熟，立刻磨刀霍霍，准备公开与信长决裂。
信长的目光一直盯在畿内，从未离开过二条城的傀儡将军，在洞悉了足利义昭的图谋后，他派日乘上人、岛田秀满和村井贞胜三人前往觐见义昭，要求他交出人质，并签署绝不刀兵相向的誓书。没能看清形势的义昭当然不肯乖乖就范。
元龟四年（1573年）二月，在义昭的唆使下，近江豪族山冈光净院景友、矶贝新右卫门等人纠集领地附近的一向一揆，在今坚田筑砦谋叛。信长急派柴田胜家、明智光秀、丹羽长秀、蜂屋赖隆四将率军征伐，水陆并进，于二十九日将叛乱镇压。几乎就在同时，京都附近出现了一首童谣：“应思父母养育恩，忍看暴雨摧落花”——“花”意为“花之御所”，乃是室町御所的俗称，代指幕府将军，这首童谣正是义昭不满信长专权的真实写照。
三月二十五日，得到武田军请和消息的信长离开岐阜，统率大军再度上洛。当他来到逢坂地方的时候，义昭的直属家臣细川藤孝和荒木信浓守村重前来会和，以向信长证明自己的忠诚心，信长立刻赏赐藤孝名品胁差（短刀），赏赐村重“乡义弘”的大刀。
细川藤孝乃是从逃出兴福寺一乘院的时候就跟随在义昭身边的老臣，连他都投靠信长了，众叛亲离的义昭将军还能支撑得下去吗？
四月三日，信长进入京都，领兵团团包围了二条城，足利义昭这才慌了手脚，匆忙请朝廷出面调解。信长冷笑着对朝廷敕使说：“我并无意进攻义昭将军，是将军先向我信长挥舞起刀剑的。我前此派人请求将军签署再不胡作妄为的誓书，将军执意不允，才会导致今天的局面产生。”
义昭万般无奈之下，只得答应签署誓书，保证绝不再敢悖逆信长的旨意，织田军这才暂时退兵。
信长当然知道义昭并非真心降伏，稍有风吹草动，这个惟恐天下不乱的家伙又会再冒出头来，但他不能不给朝廷一个面子，更不能不给自己涂抹更浓重的“无可奈何才以下犯上”的油彩。离开京都以后，信长行军迟缓，不肯即归岐阜，四月七日来到守山城，转头攻击鲶江城的老对手六角义贤之子右卫门督义治。因为据说附近的百济寺（在今滋贺县多贺町附近）暗中支持鲶江城，信长大怒，反正他烧佛寺也不是头一回了，于是在四月十一日放一把大火，将百济寺夷为平地。
留下佐久间信盛、蒲生贤秀、丹羽长秀、柴田胜家四将继续攻击鲶江城，信长继续缓缓地东归。五月二十二日，他进入佐和山城，随即命令在此地建造巨大的战船。这些战船长达七十米，宽十多米，有摇橹百具，箭楼无数——七月五日，战船建造完工，但前此谁也不知道信长要拿它来做些什么。
然而就在两天前的七月三日，以为信长已经回归岐阜，短时间内无法再上京都的足利义昭，果然又耐不住性子了。他命令伊势贞兴、三渊藤英守备二条城，还扛出朝廷公卿中纳言日野辉资、参议高仓永相等人坐镇，自己则潜往槙岛城，凭坚固守。消息很快报到佐和山城，于是信长就在大战船完工的翌日，乘风破浪横渡琵琶湖，于七月九日以迅雷不及掩耳之势攻入了二条城。义昭本来摆两尊公卿“菩萨”在二条，是想使信长投鼠忌器，不敢玩硬的，没想到织田大军一到，这两位公卿先自慌了，主动开城出降。
天皇朝廷本身也很清楚，不论谁是谁非，如今信长的实力要绝对大过义昭，如果忤逆信长，恐怕朝廷也迟早会沦落到义昭的下场，那又何必给那个看不清形势的将军陪葬呢？
「室町幕府的灭亡」
织田大军制压二条城后，立刻转向槙岛城。横在城前乃是汹涌的宇治川水，信长命令渡河作战，诸将却都望着滔滔江水，逡巡不敢冒进。信长大怒，一马当先冲下水去，诸将这才不敢落后，纷纷跟上。就此大军得渡，神速地攻克了坚固的槙岛城，捉住了足利义昭。
参加此役的有许多年轻人，后来都成为织田政权下赫赫有名的战将，包括：稻叶一铁子稻叶贞通、氏家卜全子氏家直通、不破光治子不破直光、丸毛长照子丸毛兼利、细川藤孝子细川忠兴、蒲生贤秀子蒲生赋秀、山冈景隆子山冈景宗，以及京极高次等等。
战后，信长把足利义昭年仅两岁的儿子捉来当了人质，而把义昭流放到河内国若江城，派木下秀吉严密看护。就这样，室町幕府灭亡了，信长真正迎来了自己的崭新时代！
不过义昭虽然已被流放，朝廷却并没有收回他“征夷大将军”的头衔，这似乎是很不可思议的事情。然而在朝廷想来，多少年的武家统治形成了惯例，似乎天下不可能没有“征夷大将军”，如果剥夺了义昭的头衔，又该将此头衔转给谁呢？当然，信长本是不二人选，但与别的战国大名不同，对于朝廷官职这种虚名，信长似乎并不热心，前此就多次推辞朝廷下赐的官位。如果一边剥夺了义昭“征夷大将军”的头衔，一边信长又不肯接受，朝廷可就糗大了。因此朝廷想要先听取信长的意见，得到他的承诺，然后再下旨撤职和封官。
可是信长对此并无丝毫表示，既不上奏朝廷请求剥夺义昭的官职，在朝廷主动示意以后，也一再地推辞不受。一方面，信长本人是重实际而不重虚名的，足利义昭已经权威丧尽，被自己流放了，那么就算他还挂着将军的头衔，又对自己有什么损害呢？另方面，信长想要建立一种崭新的不同于传统幕府统治的政治实体，在此之前先接受了“征夷大将军”的头衔，自己无疑会被那些条条框框给束缚住，很难再施行彻底的变革了。
关于信长推辞不受“征夷大将军”一职，此乃后话，暂且不提。且说织田军此次攻入京都，来势凶猛，并且为了威逼二条开城投降，放火焚烧了附近部分民居，引起京都百姓的恐慌。在京都所司代（负责京都治安的官员）村井贞胜的请求下，信长攻克槙岛城后就立刻回归京都，处理政事。
他所处理的第一件事，乃是任命村井贞胜担任“天下所司代”。虽然贞胜的职权范围并未扩大，仍然只负责京都一地的治安，但这一由信长亲自赐予的前所未闻的官职名，无异于向天下公告：以后的全日本（天下），不再由室町幕府统治，而要由他织田信长来统治。
第二件事是改元（变更年号）。按照中日两国的通例，国家逢有大事才可以改元，换个角度来考虑问题，如果出现了改朝换代这种天下震动的大事，不改元实在也说不过去。信长结束了室町幕府的统治，实际上就等于是改朝换代，因此他请求天皇下旨，重定年号。
其实早在讨伐足利义昭之前，信长就动过改元的念头，在他想来，如果自己能够说动朝廷改元，则威望定会上升，周边与自己为敌的势力都会气沮，自己所受的政治和军事压力就有可能减轻了。然而当时义昭还在京都二条城坐镇，他是名义上的武家最高领袖，信长的请求必须通过他才能上呈给朝廷。
信长的理由是：“元龟年号大不吉利，请求速改。”这种似是而非的理由本来是不会被采纳的，然而朝廷本就无权无势，巴不得有开空头支票的机会，好趁机大捞一笔呢，因此并不表示反对，只是提出要求来说：“按照惯例，新的年号由天皇拟定，择吉日披露。然而改元就必须举行祭祀仪式，花费甚多，请义昭卿速速献上。”
足利义昭正在和信长不对付，他又怎会自己掏腰包去满足信长的私欲呢？于是坚决顶着不办。等到义昭被流放，信长回到京都处理政务，第一件事情就是向朝廷献上改元所需的费用。
朝廷得钱，就好办事，于是当年的七月二十八日，信长回归京都还没几天，朝廷就商议改元，并征求信长的意见。信长在众多候选名称中择定了“天正”一词。天正出典于《老子》所说：“清净为天下正。”隐含着渴盼天下平稳、秩序安定的美好愿望。于是通告全国，废除旧年号“元龟”，改为“天正”。
元龟四年（1573年）就此变成了天正元年，这可以说是信长统一事业上的一个重大的转折点。