天正十年（1582年）二月十四日晚间十时左右，安土城东面的天空突然变得一片血红，仿佛天宇燃起了大火。弗洛伊士在《日本史》中这样描述道：“自东方开始，天空忽然变得非常亮。信长最高的塔（指安土城天主台）的上方被映成了恐怖的红色。这一景况一直延续到清晨。红光的高度很低，离开二十里外就看不到了……”据说这是信浓国浅间岳火山爆发所致。
古人常认为天象关乎人事，对于这一异景，奈良兴福寺多闻院的英俊在《多闻院日记》中写道：“以前甲州、信州以下被打破时，山也曾经燃烧过（指火山爆发），此次浅间岳燃烧，定也是东国之物怪作祟……这一次的大风、冰雹、飞火、逆雨，把与信长敌对之国的神灵们全数从禁中驱逐出去。遵循信长之意胜于向神灵们劝请，这是神力与人力皆不能及之事，可见一天一元皆服从于信长。”
而织田信长本人，也理所当然地将此事件看作上天在昭示自己的权威，据说当时他笑笑对左右说：“这恐怕是吉兆吧！”果然，仅仅一个月后，武田胜赖的首级就被送到了他的面前。然而，就在信长巡视完甲府后归国之日，突然——“在乾位，白云象虹一样，从平地上笔直竖立，其末尾像长刀一般歪斜，在夜空中直立，于当夜十时前消失。”（《立入左京亮入道隆佐记》）。《日本史》中则这样描述：“5月14日（此为公历，即阴历四月二十一日）星期一夜九时，一颗彗星拖着很长的尾巴，在空中出现，好几日都在天上运作，给人们带来了深深的恐惧。数日后的正午，我们修道院七八个人都看到了这颗彗星，如烟火一般从空中落向安土城，对此新奇之事均感到惊愕。”
这又预示着什么呢？
「霸王的落日余辉」
灭亡武田氏后，织田信长于四月二十一日从甲斐国启程，回归安土城，途中还在富士山饱赏美景。五月十五日，德川家康和降将穴山梅雪斋信君受邀来到安土，信长派明智光秀担任“接待役”，隆重地招待了他们。
当时织田信长的威望和势力都如日中天，他控制了以京都为中心的最富庶的半个日本，四周割据势力，即便毛利、上杉、北条等等，规模也都远远无法与其相比，重新统一日本，创建一个不同于以往朝廷或幕府的新形式的中央政权，似乎只是时间早晚的问题了。信长在此前几年，已经着手创建几个地区性的大军团，准备四面出击，扫荡不肯服从的残余诸侯。
信长麾下，此时主要有六大军团：一是东山道军团，由泷川一益担任总大将。攻灭武田氏后，一益进驻上野国厩桥城，继任关东管领，着手与北条氏争夺关东地区的统治权。
二是北陆道军团，主将柴田胜家，他统率前田利家、佐佐成政、不破光治等将进入越中，与上杉氏争雄。此时，他正在围攻上杉氏属下的越中国鱼津城。
三是南海道【日本古代行政区划七道之一，包括四国岛、淡路岛和纪伊国。】军团，主将为信长第三子神户（织田）信孝，以丹羽长秀作为辅佐官，负总的责任。这一军团的目标是正快速崛起、即将统一四国地区的长宗我部氏。
山阳道军团总大将是羽柴秀吉，自去年攻陷鸟取城后，他又统率大军杀入备中国（今冈山县西南部），包围了毛利氏名将清水宗治守备的高松城。
山阴道军团总大将是明智光秀，他在平定丹波和丹后两国以后，又从羽柴秀吉手中接管了但马、因幡、伯耆三国的军事。其实他和秀吉所要面对的敌人是一致的，都是安艺国的战国大名毛利氏，因为毛利大军救援高松城，秀吉写信向信长求援，于是信长临时终结了光秀的接待任务，命令他尽快集结军队，西向增援。
最后是德川家康负责东海道的事务。此时家康已领有三河、远江、骏河三国，势力比当年的今川义元还要庞大，他将策应甲斐国的河尻秀隆和上野国的泷川一益，对抗割据关东地区的北条氏。但在此之前，他应邀与穴山信君同来安土城，受到热情款待，并在数日后由织田信忠陪同上洛觐见天皇，然后转往堺游览。
天正十年（1582年）三月十五日，羽柴秀吉从播磨国的本城姬路出发，四月四日进入宇喜多氏的本城冈山，他派出心腹蜂须贺小六正胜、黑田如水孝高等将劝说清水宗治投降，并允诺将备中一国都赏赐给他，但遭到宗治的断然拒绝。其后，秀吉攻克了高松城以北的冠山、宫路山两座支城，切断清水宗治与毛利氏本领之间的联系，五月七日，重兵围困高松城。
高松城三面沼泽，剩余的一面也挖有多道壕沟，羽柴大军难以直薄城下。于是秀吉召集了附近百姓并自己的部下，在高松城南，自城东的蛙之鼻到城西的赤滨山，建起了一道长达四公里的长堤，堤成后，即将附近足守川的河水灌入。就这样，高松城变成了湖中孤岛，彻底断绝了与外界的联系——后世遂有“饿杀三木，渴杀鸟取，不用大刀，水淹高松”的民谣流传。
毛利氏对高松城之战也非常重视，当主毛利辉元亲统近五万大军前来增援，他两位优秀的叔父——吉川元春和小早川隆景——也均从行。秀吉闻报，即写信向织田信长求援，称“毛利辉元亲率数万骑与我对阵，欲救高松，两阵距离约十町【日本古代的长度和面积单位，作为长度单位时，1町等于60间，1间等于6尺，10町约等于今天的1公里。】”，此时如能得到“御势御合力”，则“将西国于当年中悉归于幕下之事，如在掌中”。
很明显的，秀吉希望信长可以将主力调往西线，在高松城下与毛利军来一场大会战，从而彻底击垮这头雄踞西方的猛虎，他相信此战若胜，则当年年底前就能期望得到毛利氏的降伏书状。于是信长急命明智光秀、细川忠兴、池田恒兴、中川清秀、高山重友等诸将整备兵马，火速前往增援。
当然，这样大规模的决战，他织田信长本人是不可能不出场，亲自莅临前线指挥的。五月二十九日，德川家康一行前往堺游览，织田信忠没有陪同前往，因为他听说父亲信长将在数日内上洛，因此决定留在京都等候。二十九日，信长从安土城出发前往京都，随同的不过“小姓众百五六十骑”，估计他将在觐见天皇后，即亲自领兵前往中国地区。
信长一行在雨中缓缓进发，朝廷的公卿们在山科栗田口恭候他的到来。信长的小姓森兰丸首先驰马来到山科，告知公卿们不必远迎。下午四时许，信长进入京都，下榻于四条坊门的本能寺，而信忠则住在相隔不远的妙觉寺中。他们这时候绝对不会想到，危机正在步步逼近……
「敌在本能寺！」
天正十年（1582年）六月一日，信长下榻京都本能寺，召来国手本因坊秀哉和鹿盐利玄对弈为戏。据说此局下出了罕见的三劫连环无胜负局，包括信长在内，观者皆惊——相传这种棋局的出现，是预示着将有大事发生。当日晚间，信长召来长男信忠欢宴，宴后信忠返回妙觉寺就寝，信长也躺下了，下半夜却突然被喧闹声吵醒。他最初还以为是侍卫们吵架，才爬起身准备斥责，忽听铁砲发射之声，阵阵鸣响——
“定然有人反叛，去，看看叛者是谁？！”信长命令小姓森兰丸说。
森兰丸出去了一会儿，匆匆跑回禀报：“是桔梗旗印，象是惟任日向守的部队！”信长大惊：“光秀吗……”
兰丸所指的，正是信长麾下大将明智光秀，他当时官位为正六位下日向守，因曾通过信长向朝廷求得“惟任”的古老姓氏，因此习惯被称为“惟任日向守”。光秀之谋叛，现在普遍认为是临时起意，策划时间并不很长，但即便如此，以后事倒推，似乎也隐藏着许多不为当时人所重视的蛛丝马迹。
在受命西援羽柴秀吉，与毛利军对战后，明智光秀从安土返回自己的本城——近江坂本，五月二十六日再到丹波龟山。翌日，他前往爱宕山参拜，祈祷获胜。二十八日，在爱宕山威德院西坊中，召来著名的连歌师里村绍巴等饮酒唱和，这就是著名的《爱宕百韵》。当时光秀所做的连歌中有一句为“ときは今天が下しる五月哉”，意为：“这细雨绵绵的五月天啊。”然而，土岐在日语中的发音正是“とき”，而明智光秀即出身于土岐氏庶流，如果“とき”确为双关语的话，就可以解释成：“五月间，土岐氏取得了天下！”
据说连歌唱和时，光秀曾询问里村绍巴本能寺外濠沟的深浅，绍巴回答说：“只是普通寺庙，无壕——将军问此何意？”光秀笑笑，随即闭口不语。但他分明在进行凝重的思索，以致于吃粽子的时候，竟然出神得忘了剥除粽叶。当晚，光秀与绍巴同榻而眠，辗转反侧，隐有叹息声，绍巴问他，他却说是在思索诗句。
六月一日，明智光秀返回龟山城，在此召集麾下最亲信的部将明智左马助秀满（光春）、明智右卫门尉光忠、藤田传五、斋藤内藏助利三、沟口胜兵卫茂朝五人，说明自己的决心。并且直言相告：“如有异意，请斩光秀之首。”五人皆拜伏应允，并签就誓书、递交人质以表示自己的诚心。
当日下午四时左右，明智光秀召集家中物头（小队长），告知说：“京都的森乱（即森兰丸）有信使来报，主公为了加强对中国地区用兵，要在京都检阅我家的军队。”于是立刻整队出发。但还有一种说法，明智军是先西进到山崎后，光秀才宣布“阅兵”的消息，于是大军转向前往京都。
对于明智光秀的真实意图，普通士兵们是不了解的，他们也并不知道“阅兵”的藉口，甚至其中许多人等到信长死亡，还搞不清内中真相。最先攻入本能寺的士兵之一本城总右卫门有介在回忆录中说：“那时，太阁公（即羽柴秀吉）正在备中与辉元殿下对峙，明智率军驰援，本以为是前往山崎方向，不料却命令进京。因为那时家康公也到了京都，我等都认为这是针对家康公的。”
士兵们认为是信长想要消灭德川家康势力，因此派明智光秀趁夜秘密进军前往京都。这可见即便最下层的兵卒，对于他们的领袖织田信长都报有一种怎样的观感——信长公是强大的君主，但他毫无信义，诛杀甚至谋杀盟友，对他来说并非不可理解之事。
《耶稣会日本年报》中也说：“……命令把火绳都点了火，铳都上了扳机，长枪也整备好。部下疑惑这是打算做什么？有人认为明智受信长的命令，去杀信长的义弟三河之王（指家康）”。其实当时家康已经去往了堺而并不在京都。
据说明智军总兵力为一万三千人，分为三队：光秀本队自保津翻山，经水尾天皇陵至嵯峨野，在衣笠山麓的地藏院布阵；一队由明智秀满等率领，由山阴道经过老之坂，渡过桂川；另一队由明智光忠率领，从王子村取道唐柜岳，前往松尾的山田村。一方面，万余大军如果不分散行动，踪迹是不可能不被发现的，另方面，这说明光秀的目的并不仅仅在杀死信长一人，他还要趁此机会尽快控制京都和附近地区。
明智军本队进入山城国，在沓挂宿稍作休息时，光秀命令部将天野源右卫门领一队人马为先驱，将此地到本能寺路上有可能泄露本军行踪的行人全部捉拿或诛杀。天野源右卫门果然在京都七条口附近杀死了早起种瓜的二、三十个农民。
明智大军进至桂川时，光秀终于下达了详细的命令：“都去掉马蹄上包裹的东西，士卒脱掉草鞋，换上足半（一种便于疾行的草鞋），铁砲手把火绳切成一尺五寸长，并将两端都点燃。随时准备战斗！”渡过桂川后，他鼓舞士兵说：“从今日起，殿下即将成为天下人，即便如提鞋的低贱之辈亦当欢欣踊跃，竭尽忠勇。吾辈士卒有两处目标（指信长下榻的本能寺和信忠下榻的妙觉寺），树立武勋便在今日。有什么愿望现在尽可以说出来。有兄弟子嗣之人自不必担心无人继承家业，无兄弟子嗣之辈尽可从自己的亲属中选出关系亲近者继承家业。众人封赏之高下，全系尽忠之深浅！”然后一指远方：“前进，敌在本能寺！”
「霸王之死」
六月二日清晨，明智叛军把本能寺包围得水泄不通。当时跟随在织田信长身边的，只有小姓数十人。据说信长最初猜测道：“是城介有异心吗？”城介指的是秋田城介，也即其长男织田信忠，信忠近在咫尺，信长大概是想到了老丈人斋藤道三的往事，以为亲儿子想要夺权篡位吧。由此可见，他对光秀谋叛是毫无心理准备的。
战斗首先从马厩展开——大概光秀怕信长会夺路而逃，因此要先控制马厩。信长的小姓二十四人，包括矢代胜介、伴太郎左卫门、伴正林、村田吉五等，全都在此战死。此外，就寄宿或居住在附近的汤浅甚介、小仓松寿等人闻讯前来救驾，试图突入寺中，也都英勇牺牲。
很快，织田信长本人出现在明智兵卒面前，他与最后的亲信森兰丸、森力丸、森坊丸、小河爱平、高桥虎松、针阿弥等人共同奋战，最后负伤退入内室。不久以后，内室燃起熊熊火光，一代霸主就这样在烈火中灰飞烟灭了，时年四十九岁。
对于信长最后的死亡，各种记载都大相径庭。《信长公记》说：“信长公取弓放箭，仅仅放了两三发之后，弓弦崩断；再以长枪应战，结果肘部为敌长枪所伤。信长公自知不免，遂命令身旁的女性逃出。此时，御殿上已经烈火熊熊，难以见到信长公最后的身影，料想他已在御殿深处自尽。”
弗洛伊士的《日本史》中则说：“执行这一特别任务的士兵一起进入内部，找到刚洗完脸和手，正用手巾擦身的信长，就直接一箭射中其背部。信长拔出箭，拿起一种像镰刀一般的长枪，名叫薙刀的武器迎战。据说战了很久，信长的腕部被铳弹击伤，就退入自己的房间，关上门，在里面切腹了。又有人说他亲自在御殿上放火，被活活烧死了。然而因为火势太大，恐怕无法知道他究竟是怎么死的了。”
无论太田牛一还是弗洛伊士都没有亲临本能寺之变，因此还有一条资料或许更为可靠，那是明智氏遗臣所写的《翁草》，其中记载说：“信长公身穿白色单衣，先用弓箭迎敌，因弓弦崩断，便寻枪来战。一个二十七、八岁的着红衣的女中（女佣人）取来去鞘的十文字枪，信长公持枪跃下广庭，与三人厮杀。三人一直把信长公逼到房间内，房间内的蜡烛还没有熄灭，信长公的身影映在障子（纸隔扇）上。安田作兵卫（即前面提到过的天野源右卫门）用长刃的枪照此影穿透障子刺去，刺伤了信长公的右腹。信长公遂入寝殿自尽。”
信长在本能寺殒命的时候，其长男织田信忠就下榻在不远处的妙觉寺中，与本能寺直线距离不过六百米。当时明智军并没有包围妙觉寺，信忠从匆匆赶来的天下所司代村井贞胜父子口中得到谋叛的消息，立刻赶往京都二条御所。据说，信忠认为：“谋这等大逆的贼党们，必定已把守了各个要道路口，一旦途中遭遇就不妙了，还是不要作徒劳的移动。”因此没有及时逃往安土或其它坚固的城堡。
二条御所是信长一力扶持的诚仁亲王的官邸，修建得相当坚固，信忠退守此地时，身旁从属大概有三到五百人（一说上千人）。明智军很快就包围了二条御所，村井贞胜建议先让诚仁亲王一家退出御所，以免遭受池鱼之殃——“京都所司代村井殿下与嗣子（指信忠）在一起，依照他的进言，内里的儿子（内里即皇宫，代指天皇，内里的儿子即指诚仁亲王）骑在马上，向外面街道上的明智军派遣了使者，质问他们想把自己怎么样，是不是要自己切腹。明智好象无意对殿下有任何举动，希望立刻就让殿下离开御所，只是为了防止城介殿下（指信忠）混在其中逃亡，就回复说马和车驾不能离开。内里的儿子得到报告后，就带着妻室一起上京去他父亲的皇宫了。”（《日本史》）
亲王离开以后，明智军立刻对二条御所发起猛攻。知道已无幸免之理，织田信忠及其部下进行了殊死的抵抗，光在大门口就激斗了一、两个小时，使明智军付出了意料之外的惨重代价。然而众寡之势悬殊，明智军终于还是突破大门，把信忠逼退到大殿上。信忠及其兄弟胜长（信长第五子，即前述镇守过岩村城的坊丸）往来奋战，据说信忠精通剑术，连斩明智方数员大将，勇猛仿佛当年的“强情公方”足利义辉。
损失惨重的明智军，纷纷爬上二条御所旁太政大臣近卫前久官邸的屋顶，从这里居高临下，向信忠等人发射箭矢和砲弹。这一角度是信忠军所无法抵挡的，并且火器也引燃了御殿的大火，于是信忠吩咐部下镰田新介担任自己的介错，要他事后揭开走廊地板，把自己的遗体藏匿于其下，嘱咐完毕后就切腹自杀了。因此信忠的尸体并没有被明智军发现，而是与御殿一起在红莲烈焰中归为灰烬——享年仅二十六岁。
在二条御所的战斗中，信忠方的死殁者除了信忠、胜长兄弟外，还有信忠的叔父津田又十郎长利、津田勘七、津田九郎二郎元嘉、津田小藤次等一门，村井父子三人（贞胜、贞成、传次），信长奉行众的菅屋长赖、福富平左卫门、野野村三十郎，马迴众的团平八、斋藤新五郎、坂井越中、毛利新介等，或战死，或自尽。
也有数人侥幸逃了出来，其中就包括信长的弟弟、大茶人织田有乐斋长益，据说他是从墙壁上架枪的孔洞中钻出去逃生的，为此，《当代记》说长益“为时人所恶”。
「本能寺之变的表因」
明智光秀究竟为什么徒起变乱之心？他究竟有无同谋呢？对于这个问题，历代众说纷纭，莫衷一是。
对于光秀叛变的主因，主要有野心、宿怨和求生三种猜测。
首先解释野心说。本能寺之变后，光秀立刻控制京都、安土城等要地，然后写信与毛利辉元、上杉景胜等战国大名联络，要他们牵制羽柴秀吉和柴田胜家的兵马，使其不得回师畿内。同时，他还四处劝诱信长的旧日部属，如筒井顺庆、细川藤孝等人，要他们和自己共同行动。六月八日，光秀离开刚攻克的安土城上京，立刻献给朝廷银五百枚，五山名寺和大德寺各银百枚，同时下令免除京都及附近地区的田赋——这一系列措施，无疑是在收买人心。
此后，光秀还通过朝廷公卿上奏天皇，表达了自己希望开设幕府，就任新的征夷大将军的愿望。由上述这些事实来看，此人确实有天下之志，而并非只以杀死信长作为最终目标。或许他是为了自己的野心，想要掌握天下，这才趁畿内空虚，信长孤身宿于本能寺之机，发动叛乱的吧。
此外，光秀和信长前此包裹在主从相得的外衣之下，还隐藏着种种宿怨。首先，光秀是足利义昭的介绍人，并且一度想要辅佐义昭复兴室町幕府，但信长却最终放逐了义昭，反而亲手把幕府政权给扼杀了，这与光秀的理想是背道而驰的。其次，光秀曾为朝仓氏家臣，信长却要他以故主朝仓义景的头盖骨金盏饮酒，并因为光秀不肯从命而拳脚相加。
第三，光秀是虔诚的佛教徒，信长却一而再、再而三地焚烧名山古刹，杀戮佛教信徒。就在本能寺之变爆发的前一年，信长还把以巡行各方作为修业手段的高野山的知名僧人（称为“高野圣”）数百人都处以了极刑。并且据说信长为了建造安土城的石垣，把附近地区的石佛全部砸毁，搬运过来用作材料。信长的宗教政策，也是使光秀痛苦及不满的一个重要原因。
第四，参与本能寺之变的明智方大将，有一人名叫斋藤利三，此人是光秀的外甥，深受宠信。不过利三原本是稻叶一铁的家臣，后来离开稻叶家投奔光秀，一铁到信长处提出申诉，信长要求光秀把利三给送回去。光秀知道，一铁只是争一口闲气而已，并非真的看重利三，一旦利三回归稻叶家，肯定不会有好果子吃，于是坚决顶着不放人。这也是导致光秀和信长关系恶化的一个重要原因。
还有一条，正如前述，传说光秀曾让母亲进入八上城作为人质，以交换波多野兄弟前往安土城请罪，但信长却杀死了波多野兄弟，促使光秀之母横死——当然，此事的可信度非常之低。
民间传说大多不可信，据说就在本能寺之变前不久，信长派光秀招待德川家康，结果因为敬上来的生鱼不够新鲜，信长大骂光秀，甚至抓起托盘掷伤了光秀的额头，然后即解除其“接待役”职务，命他立刻出兵西援，将功折罪。这种暴戾的举动，以信长性格来说，确实很可能做得出来，但信长的暴行非止一日，跟随他这么久的光秀应该早就有心理承受能力了，不会为此而最终按捺不住怒火，愤而叛乱的。
前面四条说得通，后面两条八成是附会，但光秀对信长怀有宿怨，那是后人尽皆承认的，只是他谋叛的主因是否就是宿怨，可就见仁见智了。
至于求生说，是认为光秀觉得自己的前途一片渺茫，不打倒信长就毫无活路了。据说信长下令没收光秀近江坂本城和丹波国的封地，要他从毛利氏手中接受新的领土。毛利氏雄踞西方，并非数月间即可将其讨灭，光秀认为信长这种举动，是准备象对待佐久间信盛、林秀贞一般将自己放逐，因此走投无路之下才终于起了反心。
不过更可靠的说法，是在对待四国地区长宗我部氏的立场上，光秀和信长持完全不同的态度。长宗我部元亲之子信亲与光秀麾下大将斋藤利三本是远亲，光秀利用这一层关系，说服信长招抚长宗我部氏，使其统合四国的军事，从侧翼夹击毛利氏。然而，长宗我部元亲烈火疾风般的四国统一战却引发了信长的不快，他转而支持赞岐（今香川县）的三好笑岩康长，还企图让三子信孝入继三好家，派信孝和丹羽长秀准备四国攻略，日后即由信孝接管长宗我部氏的原有领地。
其实主从意见相左并没有关系，然而最初是光秀把长宗我部氏拉上信长的战车的，现在信长一脚把他踹了下去，事先却毫不征求光秀的意见，并且四国攻略也没有光秀的份，这使光秀既恼怒，又恐惧，害怕自己在信长眼中是一枚可以随时丢弃的卒子。况且，前此羽柴秀吉自作主张地插手四国事务，派兵攻克了淡路岛，分明是在抢他光秀的风头，而现在自己竟要前往中国地区，听从羽柴秀吉的指挥，这口气可怎么咽得下呀！
或许是因为害怕被信长抛弃的心理在作怪，害怕自己最终落得一个被流放的可悲下场，光秀才不得不出此下策，杀入本能寺的吧。终究，六月二日发生本能寺之变，而次日就是神户（织田）信孝和丹羽长秀预定的四国出兵日，这应该不是巧合……
「本能寺之变的内因」
无论是野心、宿怨还是求生，三种说法都有其部分准确性，或许在光秀心中，这三种情感是紧密交缠在一起，难以分割的吧。咱们现在尝试从更深的角度来探讨这三方面的问题。
首先要说宿怨，所谓宿怨，应该是指明智光秀与织田信长的理念完全不同，双方对于日本前途的规划甚至可以说是背道而驰的，为此光秀才会悲哀、苦恼，甚至愤怒，认为不打倒信长，则乱世永远不可能终结，整个社会将会迈向地狱。
从光秀请求朝廷封他为新的征夷大将军就可以看出，光秀对于日本未来的规划，是回归于传统的幕府体制，当然，其心目中完善的政治形式，不会是室町幕府那种松散的结构。光秀最初辅佐足利义昭，利用信长的力量统一了畿内地区，在征伐过程中，他感受到了信长的无双才能和强大的政治魅力，于是抛弃了成事不足，败事有余的义昭，希望信长可以完成他的理想。然而信长却多次拒绝开设新的幕府，信长想要彻底颠覆幕府统治，甚至很可能想把天皇也一脚踢开，创建一种崭新的政治模式，这是光秀所无法理解的。
光秀是个传统修养非常深厚的日本武士，他难以想象失去了幕府，甚至失去了天皇，日本将会走向何处。其实当时存在这种疑惑和苦恼想法的大有人在，只不过光秀就在信长身边，对于信长的一系列举措知之甚深，因此这种疑惑和苦恼就更为深刻。他不象信长的谱代重臣柴田胜家，以及从低级武士被提拔起来的羽柴秀吉，对于那两个人来说，唯有信长才是他们的主君，甚至信长是他们心目中真正的神，只要信长下令，哪怕要他们去弑杀天皇，他们大概都会毫不犹豫地去执行的。并非从最初就跟随信长，并且具有成型理想的光秀，却不肯那样头脑简单地去执行命令。
既然光秀的理想是回归幕府体制，那么足利义昭不堪承受如此历史的重任，织田信长又不愿意承受，光秀自然会想：“只好由我来把日本带向和平吧。”所谓宿怨，其真相大概如此。
至于求生的想法，或许源于信长三个儿子之间争权夺利的斗争。信长很早以前就基本确定了长子信忠的继承人地位，天正三年（1575年）把家督之位让给了信忠，到了天正十年（1582年）灭亡武田氏以后，更命令他“天下御予夺”，等于向诸将宣布，他不仅要把织田家交给信忠，还要把整个天下，也即信长即将开创的新政权都让信忠来继承。
然而于此同时，信长却又容忍甚至怂恿信忠两个弟弟——信雄和信孝——扩张领地的努力。天正七年（1579年），信雄自作主张进攻伊贺国，结果铩羽而归，信长虽然严厉地斥责了他，但在两年后（1581年）却又任命信雄为总大将再征伊贺，并在得胜后将伊贺四郡中的三个郡都封给了他。
这个时候，信长年龄最大的三个儿子里面，势力最小、名声最弱的就要算是信孝了。信孝最初继承的是神户苗字，神户氏本是伊势国的豪族，因此其名份比继承了织田氏的信忠，以及继承了伊势国司北畠氏的信雄都要差得多。为了可以出人头地，信孝费尽心机拉拢了武田氏重臣木曾义昌，为信长攻取甲、信两国打开了大门。如果信孝可以参加征伐武田氏的战斗，并且立功的话，相信也能获得相当多领地的赏赐。
然而不知道是什么原因，信孝并没有参与信忠为总大将的这次战役——或许信忠本人为了保证自己的继承人位置不倒，也在着力打压两个兄弟，所以前此信雄才在既没有通知父亲信长，也没有通知家督信忠的前提下，要自作主张进攻甲贺国。
信孝实在是太可怜了，看起来信长想要为信孝找一个高贵的家名，赏赐他更多的领地，以缩短他与两个兄弟之间的差距，所以才会任命信孝为总大将征伐四国地区，并且暗示说一旦战胜，就让他去做三好康长的养子，继承三好氏的家名，并且很可能到时候把四国的大部分领土都封赠给信孝。
天正八年（1580年），信长放逐了林秀贞、佐久间信盛等老臣，这些老臣的领地大多在尾张、美浓一带，他们被赶走以后，领地全都纳入了织田信忠的实际掌控之下。在这种情况下，家臣们难免会猜测说，信长实际是为了扩充儿子的实力，才放逐重臣，剥夺其领地的。时间推移到天正十年（1582年），信长命令信孝领兵进攻被明智光秀拉上信长战车的长宗我部氏，同时，信长还剥夺光秀在近江和丹波的领地，打算把他转封到中国地区去。
“我也将落得林和佐久间两位大人一般的下场吗？信长公是打算用我的领地去扶持信孝吧？”光秀一定会有这般想法吧。天下将定，为了维持家族的利益，把最好的领地都封赠给同族尤其是子侄，而那些浴血奋战的臣子们则可以鸟尽弓藏了，这本是很合乎逻辑的推想。
因为与信长理念不合，因为害怕落得个兔死狗烹的下场，所以光秀才悍然发动了本能寺之变。至于说到野心，乱世中的武将，又有几个人是毫无野心的呢？
「帮凶」
关于明智光秀发动本能寺之变，究竟有没有帮凶，现在普遍可以认同的说法，是天皇朝廷与废将军足利义昭也有参与预谋。
足利义昭想打倒信长非止一日，而他与曾是自己家臣的明智光秀暗中联络，密商政变之事，本也在情理之中。有史料记载说，本能寺之变后不久，义昭曾经写信给毛利氏家臣乃美宗胜，通报信长被杀的消息，希望得到毛利氏的支持，信中的行文语气异常的喜悦，并且仿佛是自己亲手杀死信长一般。
而在天皇朝廷方面，虽然信长一直打着尊王的旗号，又是修缮皇宫，又是贡献金钱，但本身朝廷只是他统一天下的工具，这是尽人皆知的事情。信长利用朝廷来制约足利义昭，同时打着天皇的旗号来号召“天下静谧”，也就是止息干戈，有敢不从者则斥之为“朝敌”，发兵讨伐。起初朝廷对信长的态度也非常友善，据《言继卿记》记载，永禄十三年（1570年）信长北伐朝仓氏，四月二十五日，正亲町天皇亲自前往石清水八幡宫为信长祈愿得胜。此后信长进攻石山本愿寺和武田氏的时候，天皇也屡次往其阵中派遣敕使，以表示对信长的支持。
然而朝廷和信长的蜜月期虽然比义昭和信长要长，也并非没有终结的。信长的所作所为，逐渐引起了朝廷的反感甚至是恐慌。信长不但屡次推却官职，不肯置身于朝廷官列之中，反而多次暗示正亲町天皇退位，让他一力扶持的诚仁亲王继承宝座，这当然会引发朝廷的极度不满。同时，信长还建议修改历法，把京历改为尾张地区常用的三岛历，这种矛头直指皇权的举动，本身就暗示着，当他彻底掌握天下之时，或许就是废除天皇制之日。
在这种情况下，朝廷很可能与明智光秀合谋，发动了本能寺之变。这从光秀在事变后进入京都时受到隆重的欢迎，以及他竟敢如此仓促地提出建立新幕府的意愿，而朝廷也立刻表示可以应允，就可以看出蛛丝马迹来了。
此外，还有一些不大可靠的猜测，比如说明智光秀的谋叛，有羽柴秀吉、毛利辉元，甚至德川家康等人牵涉在内。疑点在于，当年五月二十一日，毛利大军到达高松城外，总大将毛利辉元并未亲临第一线，反而将本阵设在了高松以西二十公里的猿挂城中，真正在前线与秀吉对峙的则是“毛利两川”——吉川元春和小早川隆景。然而这两员威名素著的大将并未果断出击，救援高松城，反而坐待不动，似乎在期盼着一些什么……
本能寺之变发生后，据说明智光秀写信给毛利辉元，要他趁势进攻，定可大破羽柴军于高松城下，然而这封如此重要的信件却竟然无巧不巧地被羽柴军半途截获。于是羽柴秀吉以最快的速度完成了与毛利家的和谈，匆匆挥师南下，最终在山崎合战中击败明智光秀。如果不是事先就知道消息，他的动作真能这么快吗？
而当时在堺游览的德川家康，得到本能寺之变的消息以后，立刻绕路东归。虽说这一路上危险重重，但据称得到了伊贺残党协助的家康还是顺利回到了老家三河国。最可疑的是家康回到三河以后的举动，他似乎早就已经有了周密的计划一般，立刻以迅雷不及掩耳之势接管因信长去世而乱成一团的织田氏甲斐、信浓等各处领土，其动作之快，下手之狠，也颇费后人思量。
如前所述，信长在去世的前几年里，颇干了一些得罪自己人的事情，既得罪了家臣们，也得罪了他最重要的盟友德川家康。可以说，表面上无比恭顺，内心却痛恨信长的大有人在，非独明智光秀一人而已。这些痛恨信长人会不会暗中联合起来，设下了这样一个惊天的大阴谋呢？在没有新的史料发现以前，谁都不敢下这个结论，但并非不可以往这方面去猜想。