与皇帝已经到了你死我活的地步，沈默必须做最坏的打算。但在掀动天翻地覆的国变之前，他必须要将四邻的隐患掐灭，如果让外敌乘虚而入，他将是千古罪人。
经过这些年的经略，蒙古和西南已经不成祸患。沈默担心的是女真和日本，对于女真，自有一套攻略，暂且按下不表，这里单说日本。
托光荣公司的福，就像对大航海时代很了解一样，沈默对这一时期的战国历史也有大概的了解。他不仅知道那几个耳熟能详的名字，还知道一些重要的历史事件，比如在由丰臣秀吉在结束了长达一百多年的战国时代后，日本军力空前强大。为了给庞大的战争机器找到下一个目标，丰臣秀吉发动了侵略朝鲜的战争，妄图以朝鲜为踏板，最终夺取大明的疆土。
无论如何反感这个民族，但日本人做事的认真投入，的确值得学习。在数年精心准备之后，丰臣秀吉发动举国之力，建造了千余艘战舰，囤积了足够使用数年的粮草，纠集了三十万的百战精锐。目的是倾举国之军力速战速决，以强大兵力在短时间内控制朝鲜。
腐朽不堪的李氏王朝，在张牙舞爪的日本侵略者面前毫无抵抗力。很快国都汉城陷落，随后开城、平壤相继失陷。仅两个月零两天，朝鲜三都十八道全部陷落，两个王子被俘，朝鲜国王李昖逃到鸭绿江边……最后是李如松提领八万大军入朝作战，用了数年时间，把日本鬼子都赶下了海。
如果没有明朝军队及时入朝作战，驱逐日寇。日本一定可以在朝鲜站稳脚跟，并长期的经营下去，这已经在三百年后被证明了。
当时的大明朝，虽然已经流露出末世的前兆，但内政边事相对比较平稳，太仓还有粮食，库银还没有耗尽，军饷、火器的供应还算及时。生活在帝国中的人们看来，大明还远没有到忧心忡忡的时刻，所以才会咬牙派出大军，帮助朝鲜驱逐侵略者。然而历史已经发生了改变，沈默取代了张居正，主导了万历以来的改革。与张居正以维护朱明江山的稳固为宗旨不同，沈默的目的是孕育新的秩序，所以不可避免地会带来混乱，甚至是大混乱。
走上这条路，就已经停不下来了。哪怕沈默想停下，他身边的人也不会答应，日益壮大的工商阶层也不会同意，前面就是刀山火海，也只能硬着头皮走下去了。对于继续下去的后果，沈默已经有了觉悟，他必须要将对国家和百姓的损害降到最低限度。如果被日本趁着大明内乱，占领了朝鲜这个桥头堡，他会成为千古罪人的。
其实沈默并不畏惧日本入侵朝鲜，反而将其看成是给帝国利刃淬火的难得机遇，只是这一仗，不能这么早打，必须要等到国家破而后立，腾出手来之后再说。那么如何延缓这次入侵，就成了沈默必须攻克的课题。
最好的办法，莫过于延缓日本统一的脚步。对于日本的刺探和研究，让沈默很清楚，虽然完成统一的是丰臣秀吉，但真正的奠基人却是那个织田信长。正是这个被后世狂热追捧的日本人，击败了几乎所有的强敌，为统一日本扫平了障碍，要不是因为本能寺之变，信长意外被弑，是轮不到秀吉这个家臣来问鼎的。
但沈默不能消极等待本能寺之变，因为那时候，信长的军团已经无人可敌，而且无论从领土、人口、财力，还是管理理念看，信长“天下布武”的大业，都已经是不可逆转的了。所以必须要提前动手，阻止织田信长的崛起。
然而在很长一段时间里，日本都是王直的禁脔，沈默没法把手伸得太长，只能一面刺探情报，一面等待时机。直到王直去世，他才授意毛海峰，趁王澄与王清溪、叶碧川火并，夺了日本的老巢。等毛海峰在日本站稳脚跟，已经是隆庆四年以后的事情了，三年之前，织田信长便已经上洛成功，推翻了执中央政治牛耳的三好松永政权，在京都拥立足利义昭为征夷大将军，挟天子以令诸侯的野心表露无疑。
作为征夷大将军的义昭也不安于天命，企图重振室町幕府。他背地里从织田家周边地区的强大家族势力中找寻援助，组成了“信长包围网”，企图剿灭“信长这个公敌”。面对着八面来敌，信长军团陷入了长久的苦战，数度被逼入绝境。只是因为联军互不统属，且各有算盘，总想着保存自己，让别人去牺牲，才让信长得以生存下来。
信长在强敌环伺之下，能屡次化险为夷，继而越战越强，让人不得不相信他有天命在身。隆庆六年，战国时代最有资格争夺天下的人选，人称甲斐之虎的武田信玄，终于结束了与“越后之龙”上杉谦信的五次川中岛之战，加入了讨伐信长军团的大军。强大的武田军甫一加入，便接连取得大捷，已成疲兵之态的信长军根本无力招架，几乎逼入绝境。
武田信玄不仅战场上强于织田信长，而且可以使一盘散沙的联军聚成合力，对信长一方的势力展开绞杀。到了万历元年，信长已经陷入绝境，然而武田信玄却因病去世，武田军返回甲斐。结果武田信玄病死仅不到一年，加入信长包围网的大名、大部分皆为信长所击败……
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在第一次“信长包围圈”中，毛海峰和他的五峰商团，虽然为反信长势力大量输送军火，甚至提供雇佣军。但因为反信长联盟的失败，根本不是实力问题，而是各部私心太重，不肯与信长拼命，所以收效甚微。
好在他的谋士们及时总结经验教训，不再像以往一样，对各家雨露均沾，而是集中力量支援一家。他们支持的对象，是一群和尚。准确的说，是石山本愿寺的和尚。
只要稍微了解日本历史的人，便知道这个决定并不可笑，因为日本的和尚比中国的和尚可牛多了。他们虽然冠以出家人的身份，但实际和普通人一样可以娶妻生子喝酒吃肉，还有不纳税，不服役等特权。
当时的各大寺庙都十分强悍，其中一向宗的势力最强。作为一向宗的总本山——石山本愿寺，在战国时期聚集了为数众多、向心力极强的武装门徒，面积和人口不断扩大，并在最后成为了拥有八个街区，幅员数十平方公里的大城郭，还在周围修筑了护城壕、碉堡以及与之相对应的城防工事。与其说是寺院，不如说是为战争而准备的坚城，又位于通往京都的要道上，战略地位十分重要，成为连战国大名都不得不害怕，却又想尽办法笼络的庞大宗教势力。
在第一次“信长包围圈”中，石山本愿寺扮演了很重要的角色，他们不仅居中协调，组织各家出兵，还向各地的门徒发出了“蜂起”的法旨。全国各地的狂热门徒众在各自的所在地发起战斗，破坏桥梁，烧毁物资，袭击守军。使信长一方陷入了无边无际的人民战争中，而反信长联军则因此游刃有余，连战连胜，将信长逼上了绝路。
一向宗的门主显如，是一个聪明的战略家，他准确地抓住了信长的命门。按照他的想法，只要联军能够拖住信长的主力，那不断蜂起的教徒起义，必然能够使信长那不多的剩余力量转战各地，疲于奔命，最终消耗殆尽。也许不用经过什么大的战斗，就可以将信长包围网越拉越紧，从而将信长活活给勒死在这张网里面。
可惜，这个反信长联合体是一个各自为战，没有统一指挥的无头巨人，所以显如尽管机关算尽，依然对信长无可奈何。尤其是武田信玄突然逝世，武田军退回甲斐之后，信长通过天皇与各家达成和解后，把矛头指向了一向宗，本愿寺不得不依靠自己的力量来和信长作正面冲突。战略的大逆转就此形成。
隆庆五年五月，重整军备的信长发起了反扑，发誓要屠尽敌人。事到如此，显如也只好硬着头皮单干了。
可是已经从包围网中解脱的信长早就是游刃有余了，腾出手来的他终于可以和一向宗算总账了。为了攻陷这座坚城，织田方在本愿寺的周围一连修筑了十多座支城，并在沿岸地区加修了碉堡，封锁水路。顷刻间，显如苦心经营的“信长包围网”变为了“信长的包围网”，把显如自己给兜了进去。而本愿寺的灭亡似乎也近在眼前，不可避免了。
但这时候，在遥远的西方，又一个反信长势力粉墨登场，从后台来到了前台。由毛利辉元统领的毛利势，在将军的推动下，撕毁了和信长的盟约，加入了反对信长的行列中。当然，辉元也不是那种被人家一说就动的主儿。他和信长撕破脸的主要原因，还是因为他认识到了如果本愿寺被亡之后，那信长下一个要对付的就是自己的这个事实，所以他要全力支持本愿寺这个反对信长势力的重镇，以期拖住信长，为自己赢得时间。
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当是时，信长家的水军将领九鬼嘉隆，已经截断了本愿寺军的海路并且封锁了海岸，为打通本愿寺的补给线，一直为辉元所引以为傲的毛利水军开始行动，为处于封锁内的石山输送补给物资，双方爆发了激烈的海战，最终毛利海军大败由九鬼所统领的织田水军，将重要的兵粮悉数送进了大坂，极大地提高了本愿寺方的士气和勇气。
这时候，显如通过联姻，又为自己在东面获得了一个强援，与武田信玄不分伯仲的上杉谦信。于是，本已岌岌可危的本愿寺再次起死回生，由被动转为主动。受此激励，反信长势力的活动再次达到了高潮，原先投降信长的势力纷纷反叛，投入了本愿寺、毛利的怀抱。
对信长来说，本愿寺真像一个多头怪物，每次砍掉他一个脑袋，他很快又在别处伸出一个来继续和你做对，简直成了打不死的九头蛇。但织田信长岂能善罢甘休，为了对付毛利方的精锐水师，织田军开发出了战国最初的铁甲战舰——大安宅船。这种以铁甲覆盖，不怕火箭和火枪攻击的巨舰的登场，宣告了毛利氏制水权的易手。在时隔两年后的第二次海上交手中，以六艘铁甲舰为核心的织田水军，重创了号称无敌的毛利水师，本愿寺与外界的水路联系，眼看又一次要切断了。
然而双方快要分出胜负的时候，一支神秘的舰队杀进了战团，这支舰队快速敏捷、火力凶猛，让日本人见识到什么是真正的炮击。几次穿插，几次齐射，就让不可一世的铁甲舰燃起了熊熊大火。有这支舰队缠住了六艘铁甲舰，战局登时逆转，行将崩溃的毛利水军重新振作起来，对织田军的其余战舰展开了猛攻。
最终在不速之客的帮助下，毛利水师歼灭了织田水师的大部，又一次取得了胜利。
得知自己耗尽家底组建的无敌水军覆灭，织田信长失神良久，长叹一声道：“天下不再是我能夺取的了……”事后他调查得知，那支突然杀出，改变战局的水师，竟然是显如和毛利辉元，花重金雇佣的五峰舰队。虽然恨极了这些中国海盗，但是为了扭转不利态势，他还是主动向毛海峰派出了使者，表示无论显如和毛利辉元许给他什么报酬，自己都愿意双倍支付，只要中国人能不再插手日本的内战。