【●日本国王源道义】
第三代室町幕府将军足利义满成功削弱了山名氏的庞大势力，并在不久后统一南北朝，当真是声威显赫，无人可比。他从此就抖了起来，连天皇、朝廷全都不放在眼里。应永元年（1394年），义满就任太政大臣，把征夷大将军的职务让给儿子义持。在第二年（1395年）元月的拜贺会上，太政大臣义满居于群臣之首，连关白一条经嗣都得毕恭毕敬地跟在他身后。
可是在当年六月，足利义满却又辞去了太政大臣一职，出家入道——公、武双方的最高职位他都当过了，大概要以此向天下人宣告，他本身是超越于公、武双方之上的最高统治者吧。
足利义满一直想恢复和明朝的友好关系，应永九年（1402年）八月，他下令严禁边民入寇明朝，为此，明惠帝（建文）派使臣前往宣诏抚慰。足利义满在北山殿接见明使，跪接诏书，诏书上说：“尔日本国王源道义，心存王室，怀爱君之诚，逾越波涛，遣使来朝……”这位所谓的“日本国王源道义”究竟是谁呢？原来就是指的足利义满。
次年（1403年）明使归国，足利义满在回书中也老实不客气地自称“日本国王臣源”，这说明无论在日本国内，还是在国际上，室町将军都已经是日本国家权力的最高代表了，镰仓以来公武二重政权的性质逐渐开始转换，历史真正迈入了武家号令天下的时代。
为了建立真正的武家政权，同时制约各地守护的势力，足利义满设置了“三管四职”。所谓“三管”，是指将作为将军家总管的“执事”一职，上升为幕府总管的“管领”一职，由细川、畠山和斯波三个家族的成员轮流出任；“四职”则是指幕府要职侍所头人，由京极、一色、山名、赤松四个家族的成员轮流出任。
但是足利义满终究无法彻底解决各地守护坐大的问题，只能暂时遏止这种趋势的继续发展而已。应永六年（1399年），他又挑起了“应永之乱”，算是继削弱土岐、山名两家后的第三次也是最后一次大规模行动。
“应永之乱”的主角是大内氏。大内氏传说乃是百济圣明王的儿子琳圣太子的后代，当年琳圣太子渡来日本，在周防国的多多良浜登陆，此后就居住在同国的大内村，世代繁衍，自称姓多多良，氏名大内——传说是否真实，已经完全不可考了。大内氏就这样在周防国内逐渐膨胀起来，镰仓时代乃是幕府的御家人。南北朝初期，一门总领大内弘幸从属于南朝，而其叔父大内（鹫头）长弘则跟随京方，发生严重对立。最终弘幸之子弘世获胜，完全统一周防、长门两国。
有大内氏这只老虎雄踞西方，阻断了中国通往九州的道路，这使足利幕府大为头疼。于是，在足利尊氏、义诠父子的不断策反下，正平十三年（北朝延文三年，1358年），大内弘世终于归属京方，并上洛谒见将军义诠。
其后大内弘世之子义弘跟随九州探题今川了俊，屡建奇勋，于“明德之乱”中更协助讨灭山名氏清，最终受封周防、长门、石见、丰前、和泉、纪伊六国守护职。他不仅领土广大，并且还有兵有钱，利用对明朝和朝鲜的贸易大发了几笔横财，这就引起了足利义满的侧目。
于是在幕府的蓄意挑衅下，大内义弘于应永六年（1399年）举兵谋反。义弘勾结仍在九州闹事的南朝残余菊池党，并且联合对足利义满不满的关东将军足利满兼，发兵进驻摄津的堺。早有准备的足利义满亲率大军出兵讨伐，包围了堺，在围攻四十余天后，终于将其攻克，大内义弘自杀。经此“应永之乱”，大内氏势力受到极大压制，守护领又退回到最初的周防、长门两国。
应永十五年（1408年），足利义满去世了，朝廷甚至一度打算给其上尊号为“太上天皇”。自此以后，各地守护势力继续膨胀，历代幕府将军仍想采用义满的分化、瓦解等策略逐渐削弱之，却因没有义满的才能而屡屡失手，甚至搞到最后，守护们的争斗结束了室町幕府本身的历史使命。
【●室町幕府的检讨】
室町幕府就将军本身的权力来说，要远远超过镰仓幕府，在内，没有一个高高在上的“执权”，在外，逐渐从公武两重政权转化为武家独立的政权。然而就幕权来说，室町幕府却又远远不如北条氏执权掌控下的镰仓幕府了。
室町幕府初期，为了对抗南朝的军队，被迫授予或承认一些大的武士家族以数国的守护职，这些守护家族逐渐和领地上的庄官、地头们结合起来，组成了新的武士集团。镰仓初期，御家人直接由幕府掌控，包括地头在内，和守护只具备上下级关系，而不具备主从关系，但从镰仓后期开始，这种本不该具有的主从关系逐渐半公开地缔结起来，进入室町时代以后更是来势汹涌，无从遏制。
仅以足利义持任将军的时代来统计，除去镰仓府管辖的十国、九州探题管辖的十一国，以及陆奥、出羽外，全日本其余四十五国，由二十一个守护家族所瓜分，横跨数国的大势力绝不罕见，这就使得幕府和守护之间的矛盾日益激化起来。幕府削弱守护力量的基本对策是：一，行使守护补任权；二，介入守护家族内部的纷争；三，怂恿直辖奉公众和地方守护代的勾结。
所谓“奉公众”，是足利义满想到，将军竟然没有自己直辖的武装，所以祖父尊氏才会在“观应之乱”中一度被赶出京城，有鉴于此，他特意通过分化瓦解守护家族等行动，从地方武士中剥离分流出一部分来，转化为将军自己的武装力量。不过奉公众的数量并不算多，“明德之乱”中义满亲率奉公众讨伐山名氏清和山名满幸，所部也不过三千人而已。
其实除去地方守护，还有一个更为庞大的势力也威胁着室町幕府的存在，那就是管辖关东地区的“镰仓府”。和镰仓时代不同，室町初期为了防备近在吉野的南朝，被迫把幕府统治中心设在京都，因此在武家传统的势力中心镰仓另设关东将军一职，首任是二代将军义诠，其后由义诠的兄弟足利基氏及其后裔世袭。关东将军在关东八州（武蔵、相模、上野、下野、常陆、上总、下总、安房）和甲斐、伊豆两国内的权力，仿佛幕府将军。
幕府将军和关东将军，这是继足利尊氏、直义的双头政治后，再度一个双头政治，前一遭已经引发了“观应之乱”，后一遭也不会生出什么好果子来。足利基氏去世后，传位给其子氏满，氏满死于应永五年（1398年），其子满兼继任。足利满兼曾在“应永之乱”中呼应大内义弘的叛军，可见镰仓府的离心倾向是相当严重的。
此时的镰仓府所统辖地区并不仅仅关东地区和甲斐、伊豆两国而已，南北朝统一的同年（1392年），幕府将陆奥、出羽两国探题降为守护，也划归镰仓府治下。足利满兼就任关东将军后，派其弟足利满直进驻陆奥国安积郡，建立了筱川御所，派另一个弟弟足利满贞进驻陆奥国岩赖郡，建立稻村御所，以强化对东北地区的控制。至此，镰仓府三分天下已有其一。
“应永之乱”，因为大内义弘败得迅速，败得彻底，足利满兼还没来得及动手，局势就已经稳定了，他于是悻悻然回归镰仓。满兼于次年（1400年）拜祭了伊豆的三岛神社，在祭文中明确表达了自己渴望脱离幕府，建立关东独立王国的意愿。
关东地区第一次大乱是应永二十三年（1416年）爆发的“上杉禅秀之乱”。提起此乱事，先要介绍一下上杉家族。当年足利基氏进入镰仓府以后，仿效幕府设置执事以总括大小事务的政策，任命藤原氏出身的上杉宪显为关东执事（后称“关东管领”）。宪显是上杉氏山内分家的始祖，其弟宪藤则是犬悬分家的始祖，这两家上杉氏此后轮流出任关东管领这一要职。
上杉禅秀乃是犬悬上杉宪藤的孙子，本名氏宪，出家入道后法名月山禅秀。他本任关东管领，后与关东将军足利持氏（足利满兼之子）产生矛盾，持氏遂改任山内上杉宪基为关东管领。氏宪大怒，于是公然对镰仓府掀起了反旗，并拥立持氏的叔父满隆为新的关东将军。战争一开始，受到千叶、岩松、宇都宫、小田等关东有力大名支持的氏宪占据绝对优势，足利持氏被迫退出镰仓，逃往骏河濑名。
幕府将军足利义持害怕上杉氏宪叛乱成功后，反而会加强镰仓府的离心倾向，因此明确表态支持足利持氏，调动骏河守护今川范政和越后守护上杉房能讨伐上杉氏宪，关东诸州的大名们也纷纷倒戈，响应幕府的号召。应永二十四年（1417年）元月，足利满隆和上杉氏宪被卷土重来的足利持氏在武藏打败，退回镰仓后先后自杀——“上杉禅秀之乱”至此终结，犬悬上杉氏自此名存实亡。
足利持氏回到镰仓府以后，加强自己奉公众的数量，随即以剿除上杉氏宪的残党为藉口，先后灭亡了关东地区的有力大名小栗满重、宇都宫持纲和桃井宣义。义持将军对此不能不闻不问，于是命令今川范政讨伐持氏。持氏冷静地判断了一下形势，感觉自己还没有充分的准备和足够的实力对抗幕府，于是退兵谢罪，这才暂时消弭了这一场风波。
【●从应永之变到结城合战】
应永三十年（1423年）三月，足利义持将征夷大将军之位让给儿子义量，自己退居幕后。这个时候，义满时代设置的“三管四职”格局已经基本被打破了，因为前管领斯波义重被幕府逼迫隐居，斯波氏就此凋落。
究其缘由，乃是义持将军继承其父义满抑压守护大名势力的政策，先捏掉斯波氏，再怂恿细川、畠山两家争斗，趁机将相当一部分管领职权收归己有。于此同时，义持将军还妄图削弱四职之一的赤松氏，并且引发了“应永之变”。
赤松氏出自源氏，镰仓末期追随足利尊氏掀起反旗，后来固守播磨白旗城的大名鼎鼎的赤松则村（圆心）可谓是其开藩之祖。到了足利义持当将军的时代，赤松氏已经拥有了播磨、备前、美作三国守护职，在山阳道东部的势力一时无两。
如前所述，幕府将军经常利用守护家族内部的纷争挑起事端，从而弱化守护力量，对于赤松氏，义持将军也想耍这一招。应永三十四年（1427年）十月，幕府下令将赤松氏一门总领满祐的播磨领地移交给分家的持贞——民间传说赤松持贞是个美男子，与义持将军颇有苟且，因此才会无功得赏，不过这样判断问题，未免太表面化，也太戏剧化了。
赤松满祐是个火爆脾气，不肯老实就范，愤然之下离开京都，退回自己的领地，在祖先奋战过的白旗城笼城造反——史称“应永之变”。大概义持将军没料到他会有如此激烈的反应，前此根本就没动兵解决问题的打算，因此慌乱之下，形势竟然迅速扭转。赤松满祐是十月二十六日离开京都的，幕府随即就商议派兵讨伐，军势未合，十一月十日，突然有人揭发说赤松持贞与将军家的内眷私通，持贞被迫自杀。持贞一死，赤松满祐大松一口气，立刻通过斯波、细川、畠山等家族向义持将军求情。当月二十五日，满祐即被赦免，回归幕府。
考究赤松持贞自杀的前后因由，实在象是前将军义持在丢车保帅，为了避免引发大的动乱，暂放赤松家一马，以待后图。
可惜没有后图了，足利义量将军早在两年前就病死了，年仅十九岁，而前将军义持也在“应永之变”的次年（1428年）咽了气。足利宗家无嗣断绝，义持的弟弟青莲院义圆被群臣从寺庙中请了出来，改名足利义宣，准备接受偌大一份产业。永享元年（1429年）三月，足利义宣正式继任征夷大将军，同时改名为足利义教。
这一继嗣安排，使得关东将军足利持氏大为恼火。本来足利宗家断嗣，持氏认为只有自己才有资格继承一门总领和幕府将军的宝座，然而一等再等，不见洛中来人宣诏，却听闻群臣请了醍醐寺三宝院的满济祈神求签，最终择定青莲院义圆也及足利义教。于是持氏暗中招兵买马，准备杀上京都，取义教将军而自代之。
关东管领上杉宪实不愿看到同室操戈局面的出现，两方奔走，竭力想弥合幕府和镰仓府之间的矛盾，不但收效甚微，并且反而引起了足利持氏的不满，持氏心说：你倒底是我镰仓府的管领呀，还是幕府派来的眼线和走狗？到了永享十年（1438年），足利持氏和上杉宪实正式决裂，宪实避祸走逃上野，持氏遂发布对宪实的追讨令，统率大军前往征伐。
幕府将军足利义教当然支持上杉宪实，他委派信浓守护小笠原政康、甲斐守护武田信重、骏河守护今川范忠等将率军前往救援宪实，并讨伐足利持氏。当年九月，幕府大军开进关东平原，杀入相模国，十月，留守镰仓的三浦时高突然宣布背反足利持氏，响应幕府军。
前后皆敌的足利持氏败得好惨，他先是被上杉宪实打败，被捕幽禁在镰仓的永安寺中，接着上杉宪实想想不放心，干脆一不做，二不休，派兵攻打永安寺，持氏被迫自杀，其子义久听闻此消息后，也随即在报国寺自杀——这就是“永享之乱”的经过。
足利持氏之死，标志着关东将军家的灭亡，但并不表示镰仓府也随之灭亡了，从此关东管领上杉氏掌控了关东地区的实际权力。当然，持氏之死更不表示关东战乱的终结，其子安王丸、春王丸还奔逃在外，得到结城氏朝等有力大名的庇护。
结城氏朝保护着两位幼主固守居城，以对抗上杉宪实，佐竹、宍户等亲关东将军势力则从外部声援。此时宪实已然退隐，由新任关东管领、宪实的族叔、越后分家的上杉清方，以及另一位族叔、扇谷分家的上杉持朝组成了结城讨伐军——扇谷上杉氏由此抬头。
永享十二年（1440年）七月，上杉清方统领大军包围了结城城，经过长近一年的笼城战，到翌年（1441）四月终于将城池攻陷。结城氏朝自杀，安王丸、春王丸则被捕，斩杀于美浓的金莲寺。
消息传到京都，义教将军大为兴奋，认为关东就此平靖，幕府的权威达到鼎盛。于是在当年的六月二十四日，在京都西洞院二条的前幕府侍所头人赤松满祐宅邸召开了盛大的宴会，以庆祝结城合战的胜利。宴会主客正是踌躇满志的将军足利义教，陪客有管领细川持之，以及畠山、山名、京极等有力大名。义教将军不会料到，这次庆功宴却会要了他的性命……
【●嘉吉之乱及其余波】
幕府将军足利义教秉持着父祖执政以来的一贯政策，大肆打压各地守护大名势力，先后插手今川、斯波、山名、京极、畠山等重要家族一门总领权的继承纠纷，其间处死、流放或迫使隐居的守护大名无可计数。当然，以幕府将军当时的实力，是很难说想捏谁就捏谁的，足利义教必须拉拢一伙人，抑制一伙人，那么他所拉拢的是谁呢？那就是足利义满时代就多次出任执事·管领一职的细川家族。
细川氏当主持之，乃是细川赖之的玄孙，也出任幕府管领，深得义教将军的信任。义教、持之二人据说“一心同体”，使得守护大名势力受到抑压，使得幕府的权威大为振兴——因为幕府的上升趋势引发了将军种种强硬姿态，当时称义教的统治为“万人恐怖”。
恐怖者谁？恐怖的不会是平民百姓，而是那些割据一方的守护大名，尤其是割据数国的大守护家族，其中也就包括了关西的名门赤松氏。当年义持将军想要插手赤松家事，引发“应永之变”，最终劳而无功，现在义教将军平灭永享之乱，镇抚关东，自以为权势熏天，没人再敢乍毛，于是想依样画葫芦再玩一遍阴谋。永享十二年（1440年）三月，义教下令将赤松满祐之弟义雅的领地转交给赤松分家的贞村和细川持贤——赤松贞村就是当年引发“应永之变”的赤松持贞的亲侄子。
这一举动引发赤松满祐及其子教康的不满，于是他们秘密计划暗杀义教将军，并且终于在次年（1441年）六月二十四日，于庆祝结城合战胜利的宴会上动起了手。正当宾客们欢笑饮宴，观看猿乐（一种滑稽戏）的时候，赤松教康率领数十名手持利刃的武士冲了进来，当场砍翻义教将军，以及京极高数、山名熙贵等数位大名。
其实这次谋杀事件的幕后主使，很有可能是义教将军信任不疑的幕府管领细川持之。从表现上来看，细川持之得以从尸横遍地的宴会上逃走，随后率重兵包围了赤松满祐的宅邸，却又让满祐安然烧掉家宅，逃出了京都；从内在因素来猜测，将军家权威的上升，初始对细川家是有利的，但这种上升必须有个限度，当细川家无法确定自己能在义教将军“万人恐怖”的政策下独善其身，很可能会成为下一个遭打击的目标后，持之就必须抛弃个人感情，为了家族的利益而痛下杀手。
且说赤松满祐逃出京都，回归领地播磨，随即就召集一族八十八人，武士两、三千人，固守书写山坂本城，迎立足利冬氏（足利直冬之孙）为幕府将军，改名义尊，掀起了反旗。幕府派兵讨伐，以细川氏的持常为大手军（正面主力军）大将，以侍所头人山名持丰为搦手军（侧背奇袭军）大将，两路进逼——山名持丰是在宴会上被杀的山名熙贵的堂兄弟。
为了给同族报仇，山名军进展神速，而相比之下，细川军则观望不前，似乎本意就是要放赤松满祐一条生路。当年九月，书写山坂本城被山名军攻克，赤松满祐逃往城山城。九月十一日，城山城也被攻克，赤松满祐先放火，然后自杀，据说一门六十九人全部殉死——四职之一的赤松氏就此衰败。
本年为嘉吉元年，这次事件史称“嘉吉之乱”。战后，嘉奖有功之臣，赤松氏的领地基本都被山名氏所接收，山名氏的势力大为膨胀，和细川氏的矛盾日益突出，最终酿成了1467年开始的“应仁之乱”，而“应仁之乱”，却正是无比混乱的战国时代的发端。
拉回来且说义教将军被杀后，其子、年仅九岁的义胜被拥为幕府将军，但义胜在位没满一年就病死了，传位给其弟义成。因为守护大名们对将军继嗣问题争论不休，致使宝座空悬了六年，直到宝德元年（1449年），足利义成改名为足利义政，这才正式就任征夷大将军。
这段幕府将军的空白期，发生了两件对后世影响很大的重要事件，一是神玺和宝剑的被夺，一是关东将军的再兴。虽说足利义满统一了南北朝，天皇系统合而为一，但仍有很多南朝忠臣顽强地逆潮流而行，继续采用或明或暗的手段反抗幕府统治。义胜将军病殁于嘉吉三年（1443年）七月，两个月后的九月，南朝遗臣日野有光悍然侵入禁中，夺取了所谓传国三宝中的神玺和宝剑，有光在逃亡过程中被延历寺僧徒所杀，其子资亲被捕后，则被押赴六条河原斩首。
日野家族出于藤原北家，镰仓幕府末期，因为帮助后醍醐天皇策划倒幕而被杀的日野资朝、日野俊基，都出自这一家族。足利尊氏掀起反旗，南北朝开始以后，日野家也分裂了，日野资朝的兄弟资名和资明都出仕北朝，与幕府数代联姻，关系相当亲密。不过资朝这一支并非正根，而抢夺神器的有光倒是日野本家。因为日野有光、资亲父子的被杀，日野本家断绝，遂由日野资名的后裔入继，这支原被称为里松日野家——酿成“应仁之乱”大祸的女主角、义政将军的正室日野富子，就正出自里松日野家。
先抛开抢夺神器和里松日野家不谈，再说说关东将军的再兴。宝德元年（1449年）元月，就在义政将军即位前不久，幕府允许足利持氏的末子永寿王继任关东将军，重新执掌镰仓府——估计幕府是不满上杉氏在关东日益坐大，才定此决策的，永寿王也即足利成氏。
足利成氏才到关东，就遭到上杉家族的排挤，管领上杉宪忠（上杉宪实之子）还怂恿自己的家宰长尾景仲两次起兵叛乱，驱逐成氏。足利成氏忍无可忍，终于在享德三年（1454年）杀死了上杉宪忠，并于次年（1455年）在武藏分倍河原打败长尾景仲，迫其遁走常陆。
前此足利成氏被长尾景仲打败，凄凄惶惶逃出镰仓的时候，幕府将军足利义政只是派人调解，这回轮到上杉方失败了，义政将军却立刻下诏讨伐足利成氏——有其老子持氏殷鉴在前，绝不能允许关东将军再度坐大。康正元年（1455年）六月，骏河守护今川范忠杀入镰仓，足利成氏逃往下总的古河，从此就被称为古河公方。上杉宪忠之子房显迎立足利政知为主君，据伊豆堀越城与成氏对抗——政知即被称为堀越公方。镰仓府正式分裂，关东平原乱成了一锅粥，这直接导致了三十六年后的北条早云突入关东、雄踞一方。
【●畠山争乱和畿内一揆】
足利义政是个无能的将军，和他父祖全都没法比。就在他当政时期，室町幕府大走下坡路，并最终酿成了“应仁之乱”的爆发。说起“应仁之乱”，表面上看是因为将军继嗣问题所引发的动乱，然而实际上却是细川、山名两大家族及其党羽争夺幕府霸权的一次大规模冲突。这两个家族的矛盾由来已久，“嘉吉之乱”后逐渐激发，并因畠山家族的内乱而迈向顶点。
畠山氏本居奥州，南北朝开始的时候，畠山高国被幕府任命为奥州探题，挥师东下，支援足利尊氏，家族从此煊赫起来，最终成为三管之一。足利义政在位的时候，畠山家督乃是前幕府管领持国，老家伙没有嫡子，被迫立庶子义就为一门总领继承人，但他本人并不喜欢义就，同时又属意于异母兄弟也是他的养子持富。
老头子首鼠两端，引起了家中被官们的分裂。所谓“被官”，原本是古代官厅中表示上下级关系的用语，室町时代逐渐转化为代表武家主从关系之语，各守护大名承认在地国人领主的部分统治权力，将其收为家臣，却仍负责本地税收、治安等事务，这些国人领主即被称为“被官”。
畠山家族当时的主要领国为越中、纪伊和河内，因为一门总领继嗣问题，北陆被官与畿内被官各保其主，矛盾日益激化。畿内被官以游佐河内守为领袖，支持畠山义就，而北陆被官则以神保越中守为领袖，支持畠山持富。到了享德三年（1454年）四月三日晚，游佐河内守突然领兵袭击了神保越中守建在京都的宅邸，迫使神保父子自杀。这一事件导致洛中大火，混乱不堪。
北陆被官们因此实力大衰，而畠山持国在游佐等人的逼迫下，也不得不驱逐北陆派的土肥、椎名等被官，此时畠山持富已死，幕府下达了对其子弥三郎的治罚令。然而，畠山弥三郎并非无根之草，他是有后台的，那就是权倾一时的细川家族，于是在细川家督、管领胜元（细川持之之子）的暗中支持下，当年八月，畠山弥三郎杀入京都，赶走畠山义就。幕府立刻收回了对他的治罚令，并且正式承认他继承畠山氏家督之位。
山名氏正在和细川氏不对付，细川氏既然支持畠山弥三郎，那么山名氏也就支持被驱逐的畠山义就。两大家族之间的明争暗斗，使得畠山氏内乱不止，家督之位数度易主——当年十二月，畠山义就卷土重来，亲率五六百骑杀入京都，弥三郎战败逃亡到大和国。
康正元年（1455年）三月，畠山义就出兵大和，追讨弥三郎。战争延续了整整四年，到了长禄三年（1459年），在细川胜元的努力下，幕府下达了对畠山弥三郎的赦免令。大和国内支持弥三郎的筒井氏等国人（在地武士领主）众受此鼓舞，发起全面反攻，把义就彻底赶出了大和国。当年秋天，弥三郎病逝，筒井氏拥其弟畠山政长为主。
宽正元年（1460年）九月，畠山义就被解除了幕职，随即就被迫逃离京都，进入河内笼城固守。畠山政长上洛，并且请得了义就追讨令。这次追讨，和前次的义就追讨弥三郎不同，幕府本身也调集了大军，以管领细川胜元为总大将，很快就击破义就军，游佐河内守等大批畿内被官战死。
畠山义就退往金刚山西北麓的岳山城。幕府大军团团围住岳山，却花费了整整三年的时间才将其攻克。畠山义就悍战岳山的事迹传遍了天下，山名前家督持丰也即入道宗全闻听后，据说还感动地流下了热泪。岳山城被攻克后，畠山义就逃往吉野，随即获得赦免。两年后（1465年），畠山政长接替细川胜元担任幕府管领。
畿内地区的连番恶战，一方面动摇了幕府统治的根基，另方面也给百姓带来了沉重的灾难。本来随着南北朝以降战争的频繁和规模扩大，农民们或被拉伕，或被征收沉重的年贡，或欠下高利债务，早就无法活下去了，他们纷纷自主结合起来，用消极的诸如“逃散”等方法对抗封建统治。到了正长年间以及嘉吉年间，加之天灾不断，遂激化了领主和农民间的矛盾，农民们开始揭竿而起，用不合作的或者暴力的手段拒交年贡、解除债务，甚至驱逐领主及其代官，这种行为即被称为“一揆”，因为主角是农民，根源是土地，故也称“土一揆”。
所谓“一揆”，最初是指在神前起誓，为完成某种诉求而共同进退的团体，这种诉求一般首先以谈判的手段开始，如果谈判不成功，则会演化为暴动。后来，一揆逐渐转化为暴动的同义词。
由于一揆很少有将矛头直指最高封建领主也即幕府的，所以往往在暴动的同时向幕府提出诉求，要求免除一切债务，即施行所谓“德政”，因此这些土一揆也被称为“德政一揆”。德政一揆的主体是底层农民即佃农，但其领导者却往往是自耕农也即小名主，他们组成了被称为“惣”（可写作总）的自治体，从一村乃至延伸到数郡，拒绝领主及其代官进入领地，但仍按谈判所商定的数额缴纳年贡，所以这种暴动其实颇为可笑，无法真正动摇封建根基。
不过，暴动却终究动摇了幕府根基，因为它频繁地在幕府统治的核心区域也即畿内和近畿地区出现，因此幕府和传统的守护大名往往受到最大程度的冲击，势力逐渐衰弱。偏远地区与此不同，所以我们即将看到，近畿地区新的豪强并起，而偏远地区则往往传统的豪族和守护大名仍能维持其统治，直接转化为新形式的封建领主——战国大名。
【●应仁之乱】
且说从室町中期开始，为了更方便参与幕政，很多守护大名本身留居京都，而很少回归自己的领地，领地上大小事务，全都交给有力的豪族也即那些被官们代管，很多被官逐渐被赋予数郡乃至一国的统治权，上升为守护代即代理守护。守护代们由于一直居留在所辖领地上，和国人、豪族等地方武士的联系非常紧密，势力日益膨胀，往往可以左右守护家族的命运。前面提到过的关东山内上杉氏的家宰长尾景仲，其一门就担任多国的守护代，逐渐夺取了上杉氏的实权。
守护代们的争斗直接影响到了守护家族内部的稳定，而室町幕府基于削弱守护势力的原则，往往插手甚至怂恿这种不安定因素，因此传统的守护大名家族内部争权夺利之事层出不穷，而各大家族之间也开始爆发无休止的战争。畠山氏的争乱，只是一个比较显著的表现而已。
文正元年（1466年）十二月，畠山义就挥师入洛。义就所以能够卷土重来，他利用了两个很好的机会，一是武卫家骚动，一是将军继嗣之争。
且说三管之一的斯波家，因为家督世代担任兵卫督或兵卫佐的职务，遂被尊称为“武卫家”。管领斯波义重曾被幕府勒令退隐，家族因此衰弱，无法再与细川等家族相抗衡，但仍为一方诸侯，具有相当实力。
享德元年（1452年），斯波本家断绝，遂迎大野分家的斯波义敏为一门总领，并且就任右兵卫佐一职。然而斯波义敏由分家入继正统，无法压服领地上的诸多被官，甲斐常治、朝仓孝景、织田敏广等人就前往拜会政所执事伊势伊势守贞亲，控诉义敏的种种恶行。
长禄三年（1459年），斯波义敏进攻甲斐常治的本处越前敦贺城，伊势贞亲趁机向将军足利义政进言，发布对义敏的讨伐令。义敏战败逃走，被官们拥立涉川分家的斯波义廉担任家督。
伊势贞亲本是义政将军的宠臣，此人朝三暮四，毫无政治道德可言，没过几年，他又转过头来支持斯波义敏。而义政将军也是没主张的，遂于宽正六年（1465年）收回讨伐令，赦免了义敏，并于次年（1466年）勒令斯波义廉让位。
甲斐常治等人心说，如果斯波义敏再当家督，还有我们的活路吗？于是匆忙前往拜谒斯波义廉的老丈人，也是后台老板山名宗全（持丰）。宗全闻言大怒，亲自前往义廉家中坐镇，并且召唤属下各国兵马入京，准备用武力阻止幕府的这一“乱命”。同时，他还趁机联络隐藏在吉野群山中的畠山义就上洛。八月，义就整顿兵马，进取大和、河内，与畠山政长的军队交战。
恰在同一时期，将军继嗣问题也正闹得不可开交。原来足利义政将军无嗣，在先后两代管领细川胜元、畠山政长等重臣们的建议下，决定收兄弟净土寺义寻为养子，改名义视，作为继承人。可是，世上的事情就是这样出人意料，才宣布立义视为嗣将军，义政却很快得到了一个儿子，取名为义尚。
这下子，立子还是立弟的大辩论开始了。将军当然想立儿子，他得到了其妻、义尚的母亲日野富子以及山名宗全的赞同；可是一向与宗全不和的老管领细川胜元不干：“作为幕府将军，岂能自食其言？！”两大势力各自拉帮结伙，争闹不休。
文正元年（1466年）九月，也就是在下令斯波义廉让位给斯波义敏的两个月后，善于逢迎的伊势贞亲再出馊主意，请义政将军杀了弟弟义视——只要这小子不在了，继承人不就肯定是你儿子，大家都没得可吵了吗？结果阴谋败露，足利义视逃到细川胜元府上藏了起来，伊势贞亲和他的新党羽斯波义敏逃出了京都。
一方面为了支持斯波义廉，一方面为了确定足利义尚的继承人地位，一方面为了趁机恢复畠山义就的家督之位，当然更主要是为了打倒细川家族和细川胜元，已经出家入道的老头子山名宗全披挂上阵，召唤麾下兵马，齐集京都。
次年为应仁元年（1467年），元月二日，畠山义就进入京都，在山名宗全的家中拜见了义政将军。义政将军正想利用山名氏之力确定儿子义尚的继承人地位，于是五天后即下诏罢免畠山政长的管领之职，而以山名派的斯波义廉代之。
畠山政长不服，自己放火烧了房子，然后退到京都北面的上御灵社，将此地设为本阵，聚集兵马，准备讨伐畠山义就。将军义政因怕政长劫持后土御门天皇作为旗帜，匆忙请天皇行幸花之御所，然后派畠山义就、山名宗全之子政丰，以及斯波义廉的被官朝仓孝景率兵进攻上御灵社。激战一日后，畠山政长被打败，仓惶逃出京都。
上御灵社之战，被认为是“应仁之乱”开始的第一场大规模战役。山名氏如此嚣张跋扈，公然动兵，并且掌握了幕府的实权，细川胜元又怎肯善罢甘休？他一方面与山名宗全虚与委蛇，暗中召集各方支持自己的兵马，陆续集结洛中，终于双方在当年五月展开了“洛北合战”。
室町政所花之御所，位于京都的北部，而山名宗全的邸宅在其正西。且说细川胜元、畠山政长、斯波义敏等人率兵占据花之御所，随即杀往山名府邸，山名宗全仓促应战，在宅邸东面设置了稳固的阵地。就兵力上来说，细川方占有绝对优势，他们一方面隔绝京都对外的各条道路，防备山名方的救援部队突入京都，一方面猛攻山名宅邸。
现在将军义政落到了细川胜元的手里，被迫下令要求山名宗全等人放下武器投降，斯波义廉军首先动摇，山名方节节后退。战至第二日，各自死伤无数，附近无数房屋毁于战火，双方被迫暂时休战，屯兵洛中，展开了长期对峙……
〔一休宗纯和他的诗传〕
室町中晚期最有名的和尚，大概要算“狂僧”一休宗纯了。这位行止放荡不羁的和尚本名千菊丸，父亲是北朝的后小松天皇。其母传说为藤原照子，虽然侍奉北朝天皇，却“心向南朝”，日日怀藏短剑，意图谋刺天皇，事败后逃亡嵯峨野，生下了儿子千菊丸。千菊丸从小聪明过人，六岁就出家做了安国寺长老象外鉴公的侍童，十六岁师从林下妙心寺的谦翁宗为，被赐名宗纯，二十三岁开始师从大德寺的华叟宗昙，两年后获赐一休法号。
一休和尚所学的是禅宗，言行近似于中国的临济派，他厌恶当时禅僧的虚伪，干脆反其道而行之，公开否定禁欲主义，无视诸般戒律，并称自己“淫酒淫色亦淫诗”。
足利义满将军曾经举行佛会，遍召各方高僧讲法，并悬以百金赏格。佛会当日，高僧们莫不锦衣华服，柱杖而来，但一休和尚却身披破烂僧衣，手中只拿着一条柳枝，称自己是“破烂衫里盛清风，身贫道不贫。”足利义满赞叹说：“宗纯真乃赤子狂僧是也。”
宽正元年（1460年），日本爆发全国性大饥荒，疾疫流行，百姓死亡枕藉，畿内一揆蜂起。然而将军足利义政与其妻日野富子却依旧大兴土木，通宵宴饮。六十七岁的一休目睹此情此景，愤然咒骂道：“大风洪水万民忧，歌舞管弦谁夜游！”并把义政将军夫妇比喻为唐玄宗和杨贵妃：“暗世明君艳色深，峥嵘宫殿费黄金。明皇昔日成何事？空入诗人风雅吟。”
“应仁之乱”爆发的时候，一休已经年过七旬了，作诗感叹道：“请看凶徒大运筹，近臣左右妄优游。蕙帐画屏歌吹底，众人日夜醉悠悠。”他的这些诗篇，都被收集在《狂云集》和《续狂云集》中，两书共收录诗歌、法语、口号八百八十首，被后世称为一休和尚的“诗传”。