【●家光将军和幕府机构】
江户幕府第二代将军德川秀忠本是德川家康的第三个儿子，因为长兄信康被织田信长逼迫自杀，次兄秀康很早就被过继出去，所以最终轮到他继承为德川氏的一门总领。秀忠的正室夫人名叫阿江，乃是浅井长政和织田市姬的第三个女儿，也是大坂城内实权人物淀姬的亲妹妹。且说阿江夫人生有两个儿子，长子为家光，次子为忠长，如同反复上演的历史故事一般，母亲偏爱少子，一直撺掇将军秀忠废黜家光的继承人地位，而以忠长取代之。
阿江夫人所以不喜欢大儿子家光，是因为家光降生后，爷爷家康认为如果孩子和母亲过于亲近，将会养成软弱的依赖性格——淀姬母子就是最好的例证——所以坚持把婴儿从阿江夫人怀中抱走，交给亲自挑选的乳母阿福抚养长大。因此阿江夫人和家光的母子之情非常淡漠，对自己一手养大的次子忠长则宝爱有加。
家康去世后，阿江夫人就开始撺掇秀忠将军废长立幼。但一则不敢违背亡父家康的意愿，二则家光的乳母阿福也做了大量的工作，秀忠最终仍然没有听从妻子的意见，不仅如此，他还提前宣布退位，把将军宝座让给了年仅二十岁的家光。
宽永三年（1625年），已经退位的德川秀忠领着家光将军入洛参觐，秀忠受封左大臣，不久后进位太政大臣，家光则受封右大臣，不久后进位左大臣。宽永九年（1632年）元月，德川秀忠去世，当年十月，大权在握的家光将军以兄弟骏河藩主德川忠长患有疯病为名，剥夺了忠长的领地，将其软禁在上野高崎城中。忠长随即忧愤自刃，享年二十八岁。
兄弟相残的悲剧，即便在太平盛世也是无法完全避免的。
且说家光将军在位的时候，最为宠信的有老臣酒井忠世、土井利胜、松平信纲等人，以及一代女杰春日局。春日局就是家光将军的乳母阿福，本为明智光秀的重臣斋藤利三之女，她因为和将军亲如母子，又在将军继嗣问题上帮了家光很大的忙，所以等到阿江夫人去世、德川秀忠退位以后，她成为了“大奥”实际上的领导者——所谓“大奥”，就是指将军的后宫。
其实阿福并不仅仅照管内事，对于政务也有很大的发言权。宽永六年（1629年），阿福前往伊势神宫参拜，家光将军指示她作为自己的代表，转道入京参谒后水尾天皇。一介乳娘竟然想面见天皇，此事使朝廷上下无不感到惊愕和愤恨，但最终在幕府的压力下，阿福还是假装顶着贵族三条西实条的妹妹的头衔完成了使命，并受天皇赐号为“春日局”——据说此事也是后水尾天皇愤而退位的一个重要原因。
家光将军在位的时候，进一步巩固幕府权威，削弱各地藩主的势力，“参觐交代”制度就是他所创立的。所谓“参觐交代”，是指各地大名都必须在江户城下町购置宅邸，把妻子儿女安置其中，作为交给幕府的人质，大名本人则一年在领地视事，一年住在江户，轮番交替（关东大名则每半年轮替一次）。大名们千里迢迢前往江户侍奉将军，于路的仪仗开销，住在江户的生活费用，全都必须自己解决，幕府毫不补贴，财政负担由此变得非常沉重。家光将军正是利用这一制度来削弱各藩的经济实力，使他们再也无力与幕府相抗衡。
除此以外，幕府还直接插手各藩的继承人问题，一方面，确定继承人必须申报幕府同意，新藩主继任也必须亲自前往谒见将军，获得新的“所领安堵状”，另方面，对于没有继嗣的大名家族，幕府从来都毫不容情地予以改易。
家光将军时代确立的幕府统治机构是这样的：最顶峰当然是幕府将军，其下为大老和老中，然后是“若年寄”，职责为辅佐老中管理幕府的直属家臣，再下还有寺社、町、勘定三位奉行，分管宗教、江户城内的行政和治安，以及幕府财政等事务。上述为幕府的中央机构，地方机构则包括京都所司代、大坂町奉行、长崎等地的远国奉行，以及其它幕府直辖地区的代官——幕府的直辖地区称为“天领”，初期约两百万石，中后期增加到四百万石。
幕府统辖各地大名。江户时期的所谓大名，是指臣服于幕府将军，受赐一万石以上领地的武士——大名的家臣也有受赐领地的，但其名义上的主家是大名而非更高一级的幕府，所以不能称为大名。大名分亲藩、谱代和外样三个等级，幕府初期约二百家，中后期增长到近三百家，统称“江户三百藩”。
此外，将军直属的家臣，如果封地不足一万石，则被称为“旗本”或“御家人”，前者准予直接谒见将军，后者没有这种资格。旗本多有领地，御家人则只领俸禄，他们全都住在江户，平时充当幕府的行政官僚或警护人员，战时根据封地或俸禄的多少来率领士卒参战。据享保二年（1722年）的统计，江户幕府共有旗本5205人，御家人17399人，连同这些人的家臣部下，战时动员力将近十万。
【●农村与城市】
根据十八世纪初的统计核算，当时天皇的领地为三万石，皇族、公家的领地七万石，幕府天领约四百万石，直参（旗本和御家人）的封地加俸禄为三百万石，各藩封地共两千两百余万石，此外还有寺社所领有的土地四十万石。这就是整个日本社会上层的基本构成。
那么在社会的下层呢？大小封建主主要的赋税来源是“本百姓”，所谓本百姓就是指拥有一定土地和房产的农民。当时日本农村大多为五六十户人家的小型自然村，村长被称为“名主”、“庄屋”或者“肝煎”，主管户籍登记和收取赋税，主要出身于“大百姓”（富农）和旧的小国人领主。村长下面就是本百姓，本百姓下面还有“水吞百姓”也就是佃农。
江户时代，各种捐税名目繁多，仅年贡就经常超过实际收获物的三分之一，农民的生活是很痛苦的——德川家康就曾经说过想要统治好百姓，就必须让他们吃不饱而又饿不死的话。不仅如此，幕府还规定了严格的身份等级制度，即所谓的“士农工商”制度。
“士”，即指武士，又写作“侍”。江户时代武士的身份标志为允许拥有苗字，可以带刀，如其权威受到平民百姓的损伤，则可以“斩舍御免”（允许当场格杀）。武士内部也分很多等级，比如上士、中士、下士、乡士等等，高级武士经过的时候，无论平民百姓还是下级武士都必须伏地磕头，否则就可能遭到斩杀。幕府还规定，公家、神官、僧侣的身份等级等同于武士。
身份等级的第二级是“农”，也就是农民，江户时代是重农的社会，因为有了农民才有土地产出，才有武士们享受的年贡和俸禄。比农民身份更低的是“工”也即城市手工业者，以及“商”即商人。虽然商人在四个等级中排位最低，但他们逐渐成长起来，掌握了财政实权，到了江户幕府后期，很多豪商甚至比武士更为尊贵和显赫。这些商人把商号当成自己的苗字，按照武士家族的习惯来管理商号，主人和学徒之间的关系和武士团中的“寄亲寄子”关系简直毫无两样。甚至还有很多商人趁着武士家族破产或绝嗣的机会，把自己的儿子过继过去，窃得了武士的苗字和家业，幕府虽然多次下令严禁也终究无济于事——只要有活不下去的贫穷武士，只要有腰缠万贯的豪商，有买家有卖家，这种地下交易就是永远无法根绝的。
工和商大多居住在城市中。江户时代的城市，以江户、大坂、京都最为繁华，被称为“三都”。城市居民主要为武士和工商业者，后者主要被分为拥有土地或房产的“家持”和租房居住的“店借”两种。幕府和各地大名对工商业者征收的赋税比农民相对要轻（实际上是不如对农业来得重视），所以才会有很多商人暴富，到了幕府末期，甚至出现“大坂富豪一怒，天下诸侯惊惧”的局面。
在“士农工商”等级下面，日本社会中还存在着被称为“秽多”或“非人”的贱民。秽多大多来源于古老的奴隶社会，一般从事处理尸体、屠宰牲畜、清扫垃圾等肮脏工作，或者成为流浪艺人，被整个社会所看不起。幕府严格管理秽多，不允许他们和自由民相往来，而且其身份世代承袭，永远不会被解放（贱民的“解放令”要到幕府灭亡后的明治年间才颁布，但其影响一直延续到现代日本）。非人是临时的贱民，是指十七世纪以后为生计所迫而从事卑贱职业的贫农或城市贫民，他们的身份虽然卑贱，却并不对整个家族造成影响，并且有可能恢复原本的地位。
【●大君邦交】
一般认为，江户幕府奉行“锁国”政策，导致近代落后不振，一度遭到西方列强的侵略，然而实际上，日本的情况和中国明清两代并不相同，并且幕府的“锁国”是有一个启动过程的，并非始自德川家康。
首先，日本自古以来就非常重视和大陆国家的贸易交往，江户幕府建立以后，更是把对中国和对朝鲜的贸易往来当作重要国政来抓。德川家康曾经为了弥补丰臣秀吉侵略朝鲜所带来的恶劣后果，多次派遣使臣前往朝鲜半岛，终于求得了和睦协议。庆长十二年（1607年），也就是家康退隐幕后的第三年，朝鲜使臣吕祐吉来到日本，向幕府呈递国书，此后每次将军换代，朝鲜都会派来“通信使”，以重申两国间的友好关系。
江户幕府作为对朝主要联络官的乃是对马岛的宗氏，这一家族历史悠久，因为距离大陆最近，所以和朝鲜的关系非常密切，大概就是基于这个原因，宗氏数百年来一直盘踞在对马岛上，从未遭到改易。
宽永十二年（1635年），也就是第三代将军德川家光亲政的第四年，宗氏的家臣柳川调信突然向幕府揭发，说当主宗义成在和朝鲜联络的过程中曾经篡改过国书。这可是一件了不得的大事，幕府立刻展开周密调查，调查的结果是，宗义成确实曾经修改过幕府向朝鲜递交的国书中的署名。
朝鲜李朝为中国的藩属，其君主称号为“国王”，所以在与日本交往的时候，也希望双方平等建交，日方国书最后署名“日本国王某某”。在朝鲜人想来，天皇什么东西咱们不清楚，日本真正的统治者丰臣秀吉可是受过明朝“日本国王”封赐的，现在的德川幕府继承了丰臣氏的事业，当然也就是明朝下属的一位国王了。然而幕府并不了解朝鲜人的想法，德川秀忠在位的时候，国书后面只署名“日本国源秀忠”，宗义成感觉不大好办，就去恳求起草国书的僧侣金地院以心崇传，请他改个署名。
以心崇传对此要求有点莫名其妙，于是模棱两可地写了个“日本国主”。宗义成不敢再提要求，就擅自把“主”头上的一点抹掉了，改成“日本国王”。
幕府为此展开了大讨论，讨论究竟应该怎样处理这一事件，以后再写国书应该怎样署名。讨论的结果是以两国邦交为重，宗义成赦免无罪，柳川调信擅告家主，为人不忠，流放出羽国津轻郡。然而“日本国王”之称，似乎坐实了日本乃是中国的藩属，有辱国体，此后国书署名一律改成“日本国大君”。在日本人想来，自己名义上的君主乃是天皇，天皇和中国皇帝是平起平坐的，幕府作为天皇的臣子，实际管理日本列岛，可称“大君”，以与朝鲜国王平起平坐。
不过后来又有人提出异议，说“大君”的称呼其实比朝鲜国王要矮上一头。因为朝鲜的王子大多封为某某君，其中嫡王子称“大君”，幕府将军若也称“大君”，那不变成朝鲜国王的儿子了吗？况且，大君之名源出中国古书，本是天子的别称，也容易和日本天皇相混淆，不如仍改为“日本国王”为妥。
提出此议的乃是江户幕府中期的著名思想家新井白石，他的建议得到了第六代幕府将军德川家宣的赞同，于是自此以后，幕府所签发的日本国书之署名，就正式变成“日本国王源某某”了。
江户幕府时期，日朝关系一直都很良好，贸易往来不断，尤以对马的宗氏得到朝鲜李朝同意，每年派出二十条贸易船，收入相当可观。幕府还想通过朝鲜恢复与中国的邦交，然而中国自明朝中叶以来一直奉行闭关锁国政策，使得中日两国间的官方贸易受到极大限制，民间私商倒是熙熙攘攘，甚至当明清之交，很多明朝遗臣都航来日本，大多居住在北九州地区，对于江户幕府占统治地位的朱子学之确定和发展，作出了很大的贡献。明末大将郑成功还一度想把日本当作复国的基地，甚至提出向江户幕府借兵，还好此事并未成功，否则郑成功怕会前门据虎，后门引狼。
除中、朝两国外，德川家康时代就大力发展同吕宋、安南、柬埔寨、暹罗等东南亚国家的邦交，同时还颁发给前往这些地区的贸易船“朱印状”，以证明他们并非倭寇和海盗。日本人因此大量移居东南亚各地，一个名叫山田长政的日本人还曾一度成为暹罗国王的宠臣。
日本南部的琉球群岛，从十五世纪以来就一直为土著尚氏所控制，尚氏向明朝称臣，受封琉球国王。因为琉球的贸易地理位置非常重要，所以庆长十四年（1609年），急于挽救财政危机的萨摩国大名岛津家久就侵入并占领了琉球国。幕府承认岛津氏对琉球的控制权，但岛津氏也很鬼，并不废黜尚氏国王，让他们仍以藩属的名义向明朝进贡，从而得以通过琉球国和明朝展开官私贸易。一直到明治维新以后，逐渐军国化的日本才真正吞并琉球王国，把它变成了现在所谓的“冲绳县”。
【●禁教和锁国】
江户幕府的所谓“锁国”，其实锁的是南蛮贸易。丰臣秀吉在世的时代，就曾经下令严禁天主教传教，勒令凡日本国人都不得信奉这种异国邪教，等到秀吉去世，德川家康为了加强对外贸易，一开始并没有重申禁令，不仅如此，他还优待新近航来日本的英国和荷兰商人。家康曾经任命英国航海长威廉·亚当斯作为自己的通商顾问，赐予三浦半岛二百五十石的俸禄，亚当斯因此跻身幕府旗本之列，并且取了一个日本名字叫做三浦按针——按针在日语中有领港、领航之意。
在德川家康类似举措的鼓励下，各地诸侯也纷纷大力发展南蛮贸易，伊达政宗就曾派家臣支仓常长前往欧洲，谒见罗马教皇和西班牙国王，要求通商。据说常长本人因此直接得到教皇的洗礼，被授予罗马公民权。
但是新教国家英、荷与先期航来的旧天主教国家西、葡之间矛盾重重，前者因此在家康面前大进谗言，说天主教传教士乃是妄图将日本变成殖民地的西、葡国王派来的间谍。家康本就不满天主教宣扬上帝万能从而淡化世俗领主的权威，进而看到很多九州诸侯通过与西、葡等国通商获得了大批物资和武器，认为如果不加限制地任其发展，将会动摇幕府的统治基础，恰巧就在此时，发生了著名的“冈本大八事件”，促使家康颁发了禁令。
且说庆长十五年（1610年），肥前日野江大名有马晴信和葡萄牙商船耶稣号发生冲突，最终将耶稣号击沉，晴信以此向幕府表功，并且进献给老中本多正纯的家臣冈本大八大笔财物，希望大八能够帮忙进言，恢复有马氏的旧日领地。然而冈本大八接受贿赂却不肯办事，有马晴信越等越急，愚蠢地直接越过大八去催促本多正纯——贿赂事件就这样暴露了。
幕府将冈本大八打入大牢，严刑拷问，大八反咬一口，供出有马晴信勾结传教士和西、葡商人的诸多不法事。于是幕府将冈本大八以火刑处死，将有马晴信先是流放到甲州都留郡，进而勒令其切腹自杀——身为天主教徒的晴信不肯自尽，命令家臣将自己刺死了。
以“冈本大八事件”为导火索，德川家康对天主教的反感变得更加强烈，不久后就下达了第一次“禁教令”，在幕府直辖领地和有马氏的旧领中严禁传播和信奉天主教。庆长十七年（1612年）八月，禁教范围扩大到日本全国，各地教堂陆续被破坏，日本籍天主教徒纷纷遭到逮捕，被强迫改变信仰。不肯改变信仰的教徒遭到游街、流放和处死的命运——其中一百四十八名被流放马尼拉，包括著名的切支丹大名高山右近、内藤如安等人。
到了元和二年（1616年）八月，二代将军秀忠颁布了第二次“禁教令”，对天主教徒进行残酷迫害，很多人因为不肯改变信仰而被活活烧死，史称“大殉教”。元和六年（1620年），又发生了“平山常陈”事件，标志着日本正式开始“锁国”体制。
平山常陈本是一艘朱印船的船长，因为坐船为中国式平底船，在从马尼拉回归日本途中，被荷兰船误认为是中国船而遭到逮捕。在搜查平山船的时候，荷兰人意外地发现了两名西班牙传教士，于是如获至宝地进献给德川幕府。幕府经过审讯后，将平山常陈和两名传教士全都处以火刑，其余十二名船员也尽皆处死。
从此宗教迫害扩大为贸易限制，葡萄牙人首先遭到驱逐，然后是英国人，最后在宽永元年（1624年）严禁西班牙船只来航。日本船只除朱印状外，还必须得到“老中奉书”才许出海，居住在外国的日本人也一律严禁归国，归即处死。
日本就此基本断绝了南蛮贸易，唯一例外的是荷兰人，荷兰东印度公司在日本设置了分公司，向幕府保证绝不传播基督教，同时荷兰商船一到日本，商馆馆长立刻向幕府提交《荷兰风说书》，报告海外情况。但即便是荷兰人也只准在长崎的出岛建造商馆，而不得踏入日本内地一步，就连中国船也只准停泊在长崎港，可以说，整个日本只有长崎一地是半对外开放的，幕府通过直接统治长崎而垄断了所有对外贸易。
有压迫，必然就有反抗，惊世骇俗的“岛原、天草之乱”就在这种禁教锁国的背景下爆发了。
【●岛原、天草之乱】
肥前国的岛原半岛，本属外样大名松仓氏所领，当时的松仓氏家督为松仓胜家，是个冷酷无情而又贪得无厌的家伙。三代将军家光在位的宽永十四年（1637年）秋季，岛原半岛及其南方的肥后国天草群岛闹起了大饥荒，可是松仓胜家仍然按照旧例征收年贡，并将交不起年贡的数名农民残酷处死。
农民们生活在死亡边缘，已经沉寂很久的天主教信仰随之再度抬头，秘密信教以逃避残酷现实的百姓越来越多。此事为松仓胜家所查知，就在领内搞了一次大清洗，逮捕了很多教徒，要他们举行“踏绘”的仪式。所谓“踏绘”，是指将刻有耶稣受难像的木牌扔在地上，让怀疑为教徒者用脚去踩，肯乖乖从命的定非天主教徒，或者虽是教徒却有心悔改，否则就将被处以火刑。这种方法并非松仓胜家所创，而是幕府搞出来并到处推广的无聊花样。
阶级压迫和宗教迫害双重利刃就此加在岛原百姓头上，他们无路可走，被迫铤而走险。十月二十日，岛原有马村纷起一揆，杀死了松仓氏的代官林兵右卫门，并且攻破藩武器库，团团包围住了松仓氏的本城——岛原城。
二十七日，天草群岛也爆发一揆，与岛原一揆南北呼应。天草群岛乃是肥前国唐津的谱代大名大久保氏的飞地，唐津藩的代官三宅重利领兵镇压暴乱，却于十一月十四日被一揆打败，身首异处。天草一揆进而包围了富冈城。
消息报至江户，德川家光将军大为恼火，立刻派遣重臣板仓重昌前往九州，纠合附近诸侯前往征伐。岛原、天草的一揆闻报，结合为一，后退到已经废弃的原城，笼城固守。根据近年来的考古发现，原城在“岛原、天草之乱”爆发前，很可能虽被废置不用，基本的土垒木墙还没有被扒平，这就给了一揆军一个很完美的根据地。
有趣的是，一揆军的首领却是一个年仅十六岁的少年，俗称为天草四郎时贞。据说这位英俊少年乃是上帝派遣来拯救生活在水深火热之中的日本天主教信徒的，具有莫大神通，教徒们无不尊奉他为“天人”、“天使”，一切都唯四郎时贞马首是瞻。
天草四郎，某些记载中也写作大矢野四郎或者江部四郎，据考证，他原本的苗字应该是益田，乃是小西行长的家臣益田好次之子。关原合战后小西行长被斩首，领地遭改易，家臣们纷纷四散成为浪人，据说四郎时贞从小就居住在长崎港，虔诚地信奉天主教，并向旅居日本的荷兰人学习过西洋医术——所谓神通广大，能活死人，肉白骨，大概不是完全的空穴来风吧。
且说板仓重昌来到岛原城中，集合了包括松仓胜家、锅岛胜茂、有马丰氏等周边诸侯，集合兵马，向原城发起了猛烈进攻。重昌一开始并没有把一揆放在眼里，认为那些作乱的农民无拳无勇，根本不懂打仗，如何会是幕府军的对手？然而一连发起两次总攻都未能得手，己方反而损失惨重，重昌不禁涔涔汗下，意识到原城中定有深通兵法之人存在。
北九州地区乃是天主教传播的中心区域，战国后期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，这些人在“大殉教”后都被迫潜伏了下来，趁着这次动乱再度抬头。因此固守原城的并非仅仅数万农民，其中也掺杂了很多信奉天主教的浪人——四郎时贞首先是这些浪人们的领袖。
翌年是宽永十五年（1638年），元旦之日，板仓重昌硬着头皮发动了第三回总攻，却在原城下身中流弹而亡。一揆因此士气高昂，到处都传说着岛津、伊达等强藩将在呼应而起，一举消灭迫害天主教徒的德川幕府的谣言。而将军家光则又派来了第二名联军统帅，那就是一门众重臣松平伊豆守信纲。
松平信纲素有智谋，人称“智慧伊豆”，他在仔细观察了前线形势以后，认识到原城防御坚固，一揆作战英勇，绝对不能硬打硬攻。于是信纲就指挥着黑田、锅岛、立花、细川、水野、有马等十数家诸侯联军，从陆路将原城牢牢地封锁住，断绝补给，想要把一揆全部困死，饿死。
四郎时贞还期望长崎的荷兰人前来救援，然而在松平信纲的指使下，荷兰炮船却于一月十一日开到原城附近的海面，然后向城内连开数炮。这一方面是告诉城内一揆，海上也已经被幕府封锁，休想有一个人可以逃走，另方面也是希望从心理上瓦解一揆的斗志——天主教有何可信？上帝又有什么用？同样信奉所谓“上帝”的荷兰人，不也是你们的敌人吗？
松平信纲的策略取得了效果，原城中粮草越来越少，一揆被迫开城夜袭幕府军阵营，因为信纲早有防备而遭到惨败。不仅如此，松平信纲通过审讯俘虏，了解了城中的内情，遂于二月二十八日展开了第一次总攻击。
在一揆势的拼死抵抗下，幕府军付出了死亡三千人，受伤上万人的重大代价，然而原城终于还是被攻陷了，城内剩余的两万余人，不论男女老幼，全都遭到残酷的屠杀——四郎时贞等人也在其中，几乎没有一人能够逃得性命。
“岛原、天草之乱”乃是对幕府和诸藩横征暴敛，以及迫害宗教信仰的大反抗，但它的失败也促成了幕府锁国体制的最终完成。此外在战后，德川家光鉴于物价武家法度中规定诸藩不得幕府指令不得向外用兵，导致镇压暴乱的行动迟缓，遂将相关规定加以了修改。
【●犬公方】
庆安四年（1651年）四月，三代将军德川家光病殁，享年四十八岁。包括老中堀田正盛在内的很多家光亲信都切腹自杀以殉主，幕府统治机制因此暂时陷于停顿，导致了“庆安之乱”的发生。
且说秀忠、家光两代总共改易大名一百零五家，减封十六家，使得社会上产生了大量失去主家的流浪武士，被称为浪人或者“牢人”。这些浪人极端痛恨幕府，除了舞刀弄枪外又大多别无所长，成为社会一大不安定因素。他们在兵法家由比正雪、丸桥忠弥等人的煽动和组织下，打算趁着家光将军去世之机发动暴乱，拥护纪伊藩主、被称为贤侯和“南海之龙”的德川赖宣继承征夷大将军之位。
当年七月，暴动阴谋败露，丸桥忠利在江户被捕，处以极刑，不久后由比正雪也在骏府切腹自杀，德川赖宣亲往江户城中谢罪，澄清谣言，局面才算逐渐稳定了下来。帮助家光将军的继承人、次子家纲稳定局面的主要有三个人，即大老酒井忠胜、老中“智慧伊豆”，以及家光的庶弟、贤侯保科正之，八月，在江户城中举行了“将军宣下”的仪式，正式确认年仅十岁的德川家纲继任为幕府将军——这种册封仪式原本都是在京都举行的，但保科正之等人认为大乱初定，家纲不宜离开江户城，遂请下御旨，将仪式举办地点改在了江户，从此成为惯例。
总结“庆安之乱”的教训后，保科正之等人认为天下已定，应该以文治取代武功，以整顿充实法律、制度和学术来提高幕府的权威。在这种思想的指导下，将军的权柄被削弱，重臣合议的官僚体制得到完善，同时对于各藩的控制也有所松动。起初幕府并不承认“临终养子”一说，即当大名没有子嗣和幕府确认的养子的情况下，到临终才指定养子和继承人的做法，对于这种家族，一般都毫不留情地予以改易。四代将军家纲以后，幕府开始承认五十岁以上的大名的“临终养子”，使得遭到改易的诸侯数量大为减少。家纲时代一共改易大名二十二家，削封的也仅仅四家而已。
在德川光国、保科正之、池田光正、前田纲纪等所谓“贤侯”的推动下，幕府确定了以朱子学为整个日本社会的指导思想，大力宣扬忠孝节义。尤其是德川光国，此人乃是御三家之一的水户藩的藩主，官至权中纳言，因为大纳言或中纳言的汉称为“黄门”，故此俗称为“水户黄门”。这位水户黄门大人易装巡游各地，惩治不法官吏、藩主的故事，在日本家喻户晓，有如中国的包青天一般。
德川光国非常重视朱子学中的“名份论”，在江户城设立彰考馆（彰往考来之意），编纂了《大日本史》一书。书中认为天皇是日本理论上的最高统治者，德川幕府受天皇的委派治理庶务，其权威来自于天皇朝廷，对于南北朝乱世，《大日本史》宣扬南朝正统论，指斥反抗天皇的足利幕府乃是叛逆、贼臣。光国的学术后来被称为“水户学”，乃是幕末尊王论的滥觞——不过水户学最终被拿来作为推翻幕府的重要武器，这是德川光国所始料不及的吧。
在幕府的影响下，各藩的情况也逐渐改变，首先是家臣的封地被纷纷收回，很多藩都凝聚为以藩主为中心的完全整体，家臣只领俸禄，逐渐转化为封建官吏，其次，世代重臣的势力受到削弱，藩主往往提拔中下级官吏作为自己的辅佐者，无形中反而增长了各藩的实力。
如果把江户幕府划分阶段的话，那么前三代将军的统治时期乃是奠基和开创期，从四代家纲开始，进入了平稳发展的时代。家纲到了晚年日渐奢靡，幕府财政状况恶化，而他本人也因为体弱多病而经常不能理事，权力都落在大老酒井忠清的手中。延宝八年（1680年），四十岁的德川家纲生命垂危，因为没有后嗣，酒井忠清就打算沿用镰仓幕府的旧例，迎接有栖川宫亲王继任为幕府将军。此议遭到老中堀田正俊等人的坚决反对，他们主张让家纲的末弟德川纲吉来当继承人。五月八日，德川家纲让位给纲吉，旋即去世。
据说德川纲吉是个畸形儿，身高仅有一米三零。不过这个畸形儿却颇为聪明，上台伊始就铲除了酒井忠清的势力，改以忠直的堀田正俊担任大老。纲吉爱好学问，关心政治，多施善政，在他统治初期产生了著名的“元禄文化”。
然而到了统治后期，德川纲吉的生活却越来越奢侈，治政也不再清明，他疏远堀田正俊，重用奸佞牧野成贞、柳泽吉保等人，使幕府的统治开始走下坡路。可以说，德川纲吉时代是江户幕府的鼎盛期，也是由强变弱的转折期。
德川纲吉受其母桂昌院的影响，笃信佛教，特别颁发了《生类怜悯令》，禁止百姓杀伤动物，尤其是要保护狗。纲吉把全江户的野狗都集中起来饲养，数量据说达到十万头，发现有百姓伤害到这些野狗的，轻则坐牢，重则流放。因此百姓们都在背地里称纲吉为“犬公方”，也就是狗将军。水户黄门德川光国为了劝谏这种恶政，特意宰杀了十条狗，剥下狗皮来献给纲吉，诡称这是护身符。纲吉虽然不敢处罚光国，但他仍旧我行我素，行为并没有丝毫的收敛。
江户幕府的末日即将到来了。
〔禁书的轶事〕
公元1683年，台湾郑氏投降清朝，这一年在日本为天和三年，第五代将军德川纲吉在位。在此以前，台湾郑氏、清廷，乃至于平南王尚氏、靖南王耿氏，各家商船络绎不绝地航向日本，在幕府的管制下，相互间从未产生过矛盾冲突。不过自从1661年清朝顺治皇帝为了封锁郑氏台湾，下达《迁界令》，禁止船舶下海以后，来自清朝及下属各藩的赴日贸易船数量大为减少，中国商船的总数从每年五六十艘下降到十艘左右。
等到康熙皇帝降伏郑氏，收取台湾以后，废除了《迁界令》，颁布《展海令》，中国赴日贸易船数量激增，1685年竟然达到八十五艘之多。面对这种情况，江户幕府害怕金银外流，对中国商船加以严格限制，规定每年的贸易定额为六千贯，够数就不再做买卖。然而即便如此，中国商船的数量仍长期维持在七八十艘左右，长崎港繁华无比，成为幕府的一个重要收入来源。
对于来航的中国船，江户幕府设置了书物目利、书物改役等官职，委派相关人员严格检查，不得使有害书籍传入日本。那么，什么是幕府认定的有害书籍呢？最主要的不外乎两种：一，兵法书；二，宣扬天主教教义的书。
且说元禄八年（1695年）三月十六日，长崎立山奉行八十岛武兵卫下令给大通事（翻译官）林道荣、小通事林金右卫门，指出本年的第十六号南京来船所携带的书籍，经书物改役检查含有违禁内容，必须严格查问，详细汇报。林道荣等人急忙搜检船只，果然找到了命令中提到的《帝京景物略》一书，于是将商船封锁起来，严禁船员登岸，同时将审讯的结果上呈立山奉行所和西奉行所，再由奉行所复查后，于四月十日快马送去江户。
那么，《帝京景物略》究竟是本什么书呢？其实那是一本过时了的北京城的旅游指南，由遂安人方逢年及其弟子写成，最早出版于明朝崇祯八年（1635年）。这样一本书，为什么会变成禁书呢？原来此书的第四卷和第五卷中提到了北京城内的天主教堂和天主教士利玛窦的坟墓……
几位通事和奉行认为此书虽然含有天主教内容，但并未宣扬教义，因此不必严禁，然而江户城中的老中户田忠政、土屋政直等人却对此结论大不以为然。他们认定，虽然唐船（指中国船）船员都已经通过了“踏绘”，证明不是天主教徒，携带《帝京景物略》确实是出于无意，但此书既然含有违禁内容，就必须加以严惩。老中们下令在中国船员面前将禁书焚毁，并且禁止书籍主人和唐船的船头再来日本，所载货物也不许交易，即刻将其遣返回国。
从这件小事上，其实就可看出江户幕府的锁国政策是多么严格，同时也是多么的荒诞了。