【●黑船来航】
一般都把1853年的“黑船来航”作为日本锁国体制崩溃的开端，然而事实上早在十八世纪初期，西方列强就已经把矛头瞄准小小的岛国日本了。首先给日本带来威胁的是沙皇俄国，俄国船经西伯利亚南下，频繁出没于日本近海。对应这种举动，江户幕府向虾夷地区派出了探险队，并于宽政十一年（1799年）将北海道东部地区划归幕府直辖地，争取加以有效的控制。
俄国远洋船队数次来到日本，递交国书，要求通商，但这是和幕府锁国政策相违背的，因此遭到断然拒绝。当时日本内部有两种比较开明的声音：一是老中田沼意次，他曾想要和俄国人交易，以补充幕府的财政收入，但被群情汹汹压制下去了；二是工藤平助、林子平等有识之士，他们意识到继续锁国可能引发战争，就请求创建现代海军，巩固海防，但此议同样被束之高阁。
江户幕府既不肯开国，又只愿意进行陆上防御，文化四年（1804年），下令把北海道全境作为幕府直辖领地，原驻北海道的松前藩被移封到陆奥国伊达郡。日俄两国在北海道东北方频繁发生冲突，直至文化十年（1813年）才终于达成和睦协议，日本控制了北方四岛（择捉、色丹、齿舞、国后），俄国则占领了更东北方的得抚岛。
刚刚解决俄国人的问题，英国人和美国人突然又从海上冒了出来。文化五年（1808年），英国军舰“菲顿号”追逐荷兰商船，侵入了日本的长崎港，几乎同时，大量美国捕鲸船也出现在日本沿海。幕府为此重申锁国政策，颁发了《异国船打拂令》，打拂就是驱逐的意思，命令除中国船和荷兰船外，其余外国船只要接近日本，一律予以击退，甚至不允许它们靠港补充食水和燃料。
天保八年（1837年）七月，美国商船“摩理逊”号来到日本，因为《异国船打拂令》的缘故，先后在相模浦贺和萨摩山川遭到炮击。事后，以渡边华山、高野长英为首的兰学者纷纷向幕府上书，认为此举过于蛮横，会遭到世界各国的谴责，希望撤销《异国船打拂令》。然而守旧派心中只有日本、中国和朝鲜，哪里晓得“世界”是什么东西，对此根本置之不理。
天保九年（1838年）十二月，幕府为了防止外国船侵入日本沿海，命令鸟居耀藏和江川太郎左卫门两人测量和调查海岸，江川太郎左卫门邀请渡边华山等兰学家相助，此事引起了鸟居耀藏的极大不满。耀藏是彻底的守旧派，又为了和江川太郎左卫门争权，就诬告渡边华山等人诽谤幕府，图谋不轨，由此掀起了“蛮社之狱”。
所谓“蛮社”，就是指渡边华山等人创建的兰学研究会“尚齿会”，因为当时称西洋人为南蛮人，所以又名“蛮学社中”。幕府老中水野忠邦轻信了鸟居耀藏的检举，派人查抄“尚齿会”，果然从华山的私人笔记中找到了对幕府的诸多不满言辞，因此兴起大狱。其结果是包括渡边华山、高野长英等二十余人被逮捕，小关三英“畏罪”自杀。
“蛮社之狱”对兰学研究是一个沉重的打击，幕府也因此变得更为保守和腐朽。随即德川家齐将军去世，水野忠邦实行“天保改革”遭到惨败，灰溜溜地滚下台去。但锁国保守并不能消解西洋列强的觊觎之心，各国陆续向幕府递交国书，请求开港通商，在反复遭到拒绝后，终于决定用武力逼迫日本开国了。
1840年，“鸦片战争”爆发，两年后，清政府被迫签订丧权辱国的《南京条约》。消息传到日本，幕府大受震动，以老中阿部正弘为首的开明派官僚纷纷表示，竟然连清朝都打不过洋人，则一旦洋人杀至日本，将给幕府带来严重危机，还是尽量别得罪洋人为好。于是当年就修改了《异国船打拂令》，允许外国船只靠港补充食水和燃料。
到了嘉永六年（1853年），外患终于正式产生——美国东印度舰队司令官培理率四艘军舰来到浦贺，递交国书，要求幕府取消锁国令。美国国书上的言辞颇为平和，然而培理本人的态度却极其骄横，他说隔一年将再度率领军舰前来，要幕府届时必须给予满意答复。因为美国军舰都漆成黑色，所以这一事件就被称为“黑船来航”。
培里来到日本的时候，正巧德川家庆将军身染重病，卧床不起，于是千钧重担就此压在了首席老中阿部伊势守正弘的肩上。这位阿部老中本是福山藩主，年纪轻轻就当上了幕府的寺社奉行，管理宗教事务。天保十二年（1841年），他公正地审理了中山法华经寺日启和尚蛊惑和勾搭大奥女中（女官）的案件，从而声名鹊起，并且得到了家庆将军后宫妻妾们的敬仰。于是，两年后水野忠邦被赶下台，阿部正弘得以继任老中之职，时年仅二十五岁。
弘化二年，阿部正弘升任首席老中，掌握了幕府的实权。然而他屁股还没坐热，就发生了“黑船来航”的事件。可该怎样处理这件事呢？阿部正弘左思右想，终于被他想出了一个好主意。
这个所谓的好主意促使日本迈上了近代社会之路，但更直接的，则是导致幕府的权威彻底垮台。
【●尊攘派的崛起】
黑船来航，几乎动摇国本，对于如此大事，年轻的阿部正弘老中不敢擅专，决定付诸公议。他首先向幕府中高层官僚和各藩大名通报了情况，然后又派特使前往京都觐见天皇，请求朝廷的宣谕。在此之前，相关国家大事，幕府从来都是独断专行的，很少听取诸侯们的意见，而至于听取朝廷的意见，恐怕千余年来都是头一遭。
阿部正弘或许是希望藉由把黑船来航之事告知全国，从而凝聚人心，统一思想，一致对外吧，但此举同时也导致幕府的权威扫地，而相对的，很多有力诸侯得以参预幕政，就连失权多年的朝廷公卿也开始对天下大事指手划脚。日本自此就从和平时期进入了一个新的动乱的时代，虽然暂时并没有爆发大规模内战，但人心乱成一团，各种学说纷至沓来，形成了很多个社会集群的相互对立。
且说幕府就解决黑船问题咨询大名和朝廷的意见，所得到的回复不外乎截然相反的两种，一是“攘夷”，一是“开国”。所谓“攘夷”，就是坚持锁国政策，把外国人统统赶出去，以保证日本国的“纯洁性”，所谓“开国”，就是打开国门，和西方列强互通贸易，平等建交，同时吸取对方的长处以改革本国的政治、经济和文化。在这两种极端思想的碰撞下，首先是攘夷派占了上风，终究头脑清醒，认识到贸易有利国家民生的人并不是很多，甚至就连认识到日本国很难以武力对抗西方列强的人也还不是很多。
德川家庆将军于当年去世，第四子家祥继任为幕府将军，后来改名为德川家定。等到了第二年，也就是安政元年（1854年）七月，一年之限未满，培理又率七艘军舰来到日本，强迫日本签订《日美亲善条约》，美国得到了在下田、箱馆两地派驻领事的权力，以及单方面的最惠国待遇。
一看美国人得了手，西方列强纷纷趁虚而入，英、俄、荷等国也陆续和幕府签订所谓的亲善条约。这些亲善条约虽然并没有很具体的内容，但总算是敲开了日本的国门，使得幕府延续两百年的锁国体制濒临崩溃。或许是受此事刺激吧，安政二年（1855年），阿部正弘辞去老中职务，首席老中变成了堀田正睦。两年后，阿部正弘病殁，享年仅三十九岁。
对于日本的近代化进程来说，这位阿部老中可谓功不可没，他不仅放松限制，让诸侯和朝廷全都回归到政治舞台上来，还为了重建幕府威信而大举起用人才，不仅包括幕府“直参”，还包括了很多“陪臣”（大名的家臣），比如川路圣谟、大久保忠宽（一翁）、江川太郎左卫门（英龙）、高岛四郎大夫（秋帆）、胜麟太郎（海舟），等等，其中很多都是著名的兰学者。
在这些新进幕臣的推动下，幕府设立了很多引进和研究、传播西洋科学的机构，比如江户的番书调所、讲武所，长崎的海军传习所，等等。尤其是利用荷兰国王赠送的军舰和派来的海军人员创设的海军传习所，甚至允许各藩藩士前往学习。
受到幕府这种行为的鼓励，水户、萨摩、长州等藩也开始加快自己领内的改革步伐，建立起崭新的钢铁厂、武器制造厂，甚至采用西方的军队建制。可以说，开办学校以研究西方学问、重用中下级武士、进而进行体制改革，这股时代的旋风是从雄藩开始刮起的，随即影响到了幕府，又反过来刮回雄藩。并且，这种风潮最终还刮到了民间，就在幕府设立番书调所和讲武所的同一年，也就是安政三年（1856年），吉田松阴开办了著名的松下村塾。
吉田松阴本名虎之助或者寅次郎，松阴是他的号，他是长州藩士杉百合之助的第二个儿子，过继给了叔父吉田大助贤良，成为贤良的继承人。据说松阴从小就聪明过人，二十一岁的时候遍历九州，和许多知名人士交上了朋友。嘉永四年（1851年），松阴跟随藩主毛利敬亲前往江户参觐，随即没有请假就自作主张前往东北地区游历，因此被削夺了士籍（武士资格），没收了世代的俸禄，被勒令归家反省。
毛利敬亲乃是当时著名的“贤侯”，他非常看重吉田松阴的才能，所以隔了不到两年就赦免了松阴之罪。松阴这次不敢再胡来了，提出请求去江户留学，在得到批准后，就孤身前往江户，投在大儒佐久间象山的门下。
这位佐久间象山乃是信浓国松代藩士，是阳明学派的著名学者，并且也接受了部分兰学思想，开国色彩非常浓厚。吉田松阴受到象山的影响，逐渐成为当时著名的尊攘派思想家，甚至可以说是尊攘派的始祖。
所谓尊攘，就是“尊王攘夷”，尊王是指奉戴天皇，遵从大义名分，而攘夷思想其实逐渐地不再和锁国体制可以划上等号了。吉田松阴希望能够学习西方的先进技术和制度，改革日本的内政，从而得以阻挡列强对日本的威胁。这种攘夷的“攘”，不是一概驱逐，而是抵抗侵略，与洋人平等建交。
为了看清世界，学习西方科技，吉田松阴曾经打算利用俄国船偷渡出国，可惜误了船期，其后他又趁着安政元年（1854年）培理二度来航的机会，想要混上黑船。这次的努力再度无可奈何地失败了，松阴也被遣返回藩，收押入萩城（长州主城）监狱。
下狱仅仅一年，松阴就因为身体原因而获得赦免，随即开办了松下村塾，收徒讲课，希望把自己的思想灌输给更多有志报国的年轻人。他的努力获得了回报，后来很多叱咤一时的长州藩志士，比如久坂玄瑞、高杉晋作、伊藤博文，等等，全都出自松下村塾。
开办松下村塾的时候，吉田松阴年仅二十六岁。
【●安政大狱】
美国人并不以轻轻敲开日本大门为满足，安政三年（1856年），下田总领事哈里斯来到日本，要求幕府与之缔结新的条约。经过长时间谈判，最终议定的条款是对日本相当不利的，内容包括开放神奈川、长崎、新泻、兵库四港和江户、大坂二城，承认领事裁判权，日本关税需与各国协商决定，等等。
老中堀田正睦不敢在这样丧权辱国的条约上签字，于是把烫手山芋扔去了京都，请求朝廷“敕许”。这帮幕臣虽然僵化腐朽，倒也知道真打起仗来，自己不是洋人的对手，而朝廷公卿却全都没有见过大世面，只知道国体不能更改，国威不能降低，坚持传统的“攘夷”思想，毫无转寰余地地坚决不肯同意。
一直拖到安政五年（1858年），第二次鸦片战争以清朝再次惨败而告终，哈里斯趁机恐吓说：“如果不答应我们的条件，等到英国人以武力攻来要求开港，日本就危险了。”于是幕府吓得不再管什么“敕许”了，匆匆忙忙地就在协议上签了字。此举立刻引发了轩然大波，本来幕府执掌国柄，你爱怎么干就怎么干，不必要朝廷点头，可是既然已经请求朝廷“敕许”了，却又违背朝廷的命令，在没有得到“敕许”的情况下就签订了条约，这根本是悖逆之举。一时间，群情汹涌，所有矛头都指向了江户幕府。
吉田松阴为此愤怒地斥责幕府，说：“不思国患，不顾国辱，不奉天敕，将军之罪天地不容，神人皆愤！”他的尊攘思想因此而产生了决定性的改变，即从尊奉天皇而并不反对幕府，转化为想要依靠天皇的权威来打倒幕府。作为尊攘派的祖师爷，松阴的思想立刻成为尊攘派的主流思想，幕府就此变成众矢之的。从此日本国内的思潮，从单纯的“开国”和“攘夷”之争，添加了更为复杂的“佐幕”和“倒幕”的对立因素。
不过指示在条约上签字的并不是幕府老中堀田正睦，而是刚刚被任命为大老的井伊直弼。大老比首席老中还有权力，向来就由德川家的世代重臣来担任，比如首任大老土井利胜、宽永年间权倾一时的酒井忠胜，等等。
且说这位井伊直弼大老，出自德川氏谱代的彦根藩，前藩主、兄长井伊直亮去世后继承了藩主之位——井伊直亮也曾经担任过幕府大老。黑船来航的时候，井伊直弼是少数开国派之一，等他当上大老之位，立刻就和尊攘派发生了严重冲突。
攘夷派的首脑乃是御三家之一的水户藩主德川齐昭，正好家定将军体弱多病，看着随时都可能咽气，又没有子嗣，德川齐昭就联合越前藩主松平庆永、萨摩藩主岛津齐彬、土佐藩主山内丰信、宇和岛藩主伊达宗城等人，企图靠着把一桥家的德川庆喜推上将军宝座而掌握幕政——这些人就被称为“一桥派”。对于德川齐昭的这种图谋，井伊直弼当然不会坐视不理，他针锋相对地推举血统更近的纪州藩主德川庆福为将军继承人。就这样，幕府一分为二，表面上是因为将军继嗣问题产生了分歧，实际上是开国与尊攘两种思潮展开了激烈的斗争。
或许井伊直弼是为了提升幕府威信，也为了贯彻自己的理念，他不等朝廷“敕许”就匆忙地和美国人签订了《日美友好通商条约》，不仅如此，同一年还和荷兰、俄国、英国、法国缔结了内容相近的条约，史称“安政五国条约”。他的这一举动更加触怒了尊攘派，两派的冲突已如箭在弦上，“安政大狱”就此爆发。
且说德川家定将军于安政五年（1858年）七月去世，井伊直弼立刻派遣使者前往京都，请求朝廷“宣下”，任命德川庆福为新的将军。然而孝明天皇因为不满幕府签订开国的条约，迟迟不肯颁发正式诏命，“一桥派”趁虚而入，萨摩、水户等藩驻在京都的藩士，如梅田云滨、赖三树三郎、西乡吉之助（隆盛）等人大搞串联，并且游说朝廷公卿，想要让朝廷下诏罢免井伊直弼，任命德川庆喜为幕府将军，德川齐昭为副将军。
为了说明自己签订条约的理由和苦衷，也为了催促朝廷尽快“宣下”，井伊直弼委派老中间部诠盛前往游说，又派亲信长野主膳去京都监视尊攘派的动向。到了八月十日，尊攘派请到了朝廷谴责井伊大老的“敕掟”，并将此公文交给主子德川齐昭。齐昭皇命在手，变得更加不可一世，想要集合各地雄藩一起对幕府施压。虽说从黑船首次来航的时候起朝廷就开始插手政治，但越过幕府直接向诸侯下令，这还是第一次，朝廷的这种举动使得尊攘派士气高昂，而尊王倒幕的思想也开始甚嚣尘上。
井伊直弼得知此事后，要求德川齐昭交出天皇“敕掟”，并且惩处为了获得此公文而在京都大搞游说串联的各藩志士。此举激怒了尊攘派，水户藩士一千多人，尾张藩士近两千人浩浩荡荡前往江户城请命，另有二百多人增援京都，倒幕内战似乎一触即发。
面对如此险恶的局势，井伊直弼决定痛下狠手，严惩这批尊攘派。当年九月，在长野主膳、酒井忠义等幕臣的策划下，幕府全面反攻，兴起大狱。朝廷方面，支持尊攘派的尊融亲王被勒令永年蛰居（终身闭门反省），包括前关白鹰司政通在内的十六名公卿也先后遭到惩处。大名方面，德川齐昭永年蛰居，德川庆喜被勒令隐居，山内丰信、德川庆笃（现水户藩主，齐昭的继承人）等人都受到不同程度的处分。幕臣方面遭到处置的则有“一桥派”的岩濑忠震、永井尚志、川路圣谟等人。
受到最严重惩罚的还是各藩尊攘志士，安岛带刀、鹈饲吉左卫门、赖三树三郎、桥本左内等人均被判以死罪，梅田云滨死于狱中，其余受牵连者不计其数。至于那位精神领袖吉田松阴，据说他曾策划过刺杀老中间部诠盛的阴谋，所以也遭逮捕，于安政六年（1859年）十月二十七日在小塚原被处斩。松阴临终前作诗道：“吾今为国死，死不负君亲。悠悠天地事，鉴照在明神！”
当然，也有很多志士东躲西藏，暂时逃过了大难，其中就包括萨摩藩的西乡吉之助。据说吉之助慨叹国家多难，壮志难酬，和京都清水寺成就院的住持月照相约跳海自杀，幸运的是，月照就此葬身洪涛，吉之助却奇迹般地被救了上来。
这一年，被杀的吉田松阴和获救的西乡吉之助都是三十岁，死者已矣，生者却还有很漫长而坎坷的道路要走。
【●樱田门外之变】
在幕府大老井伊直弼的冷血屠杀下，反对派被镇压了下去，尊攘志士们暂时蛰伏，而德川庆福得以继任为幕府将军，并且改名为德川家茂。然而井伊大老并高兴不了多久，很快他就变成了尊攘派的刀下之鬼。
且说在安政大狱兴起以前，水户藩很多激进的尊攘志士就齐集江户，大狱兴起后，井伊直弼向水户藩施压，要求召回这些过激分子。其中部分志士被迫归藩，部分人则干脆脱藩，在江户城中潜伏了下来，打算寻找时机为主家复仇。
次年为安政六年（1860年，后改为万延元年），三月三日上午九时，井伊直弼离开自己在外樱田地区的官邸，前往江户城中办公。据说行前就有人警告说，近来城中发现很多前水户藩士，行动诡秘，恐怕将不利于大老，请求增加警卫力量。然而井伊直弼却回答道：“人的命运由上天注定，如果真有刺客想要杀死我，他们可以寻找各种机会，加强警卫是没有用的。况且对于出行的队列，幕府有着严格规定，身为大老，我怎能率先破坏制度呢？”
大老的随从和警护人员一共六十人，簇拥着乘轿的井伊直弼通过江户市街，此事天降大雪，寒风卷着雪花扑向行进队列——因为寒冷，街面上行人很少。在经过外樱田门前的杵筑藩藩邸之时，刺客们突然出现了。
刺客的首脑乃是水户藩的激进尊攘派金子孙二郎，他聚集了包括水户脱藩志士高桥多一郎、关铁之助，以及萨摩脱藩志士有村次左卫门等共十八人，早就埋伏在外樱田门外。当井伊大老的轿子到来之时，刺客们披风冒雪，一拥而上。轿中的井伊直弼匆忙掏出短枪，射倒了志士森五六郎，但随即就被五、六柄长刀刺中，一句话都没来得及说就咽了气。
这就是著名的“樱田门外之变”。
井伊大老的被刺，对于日本社会的转型起到了非常深刻的作用。一方面，气焰大降的幕府在安抚彦根藩士的同时，也处罚了被视为井伊派的纪州藩家老水野忠央，并且解除了对德川庆恕、德川庆笃、德川庆喜、松平庆永、山内丰信等人的处分，实际上是在血的教训下被迫向雄藩们低下了“尊贵”的头颅。
然而在幕府作出让步的同时，各地雄藩也因为“安政大狱”而收敛了原本的狂妄姿态，转而向幕府靠拢。在井伊直弼之后掌握幕权的老中安藤信正改变了井伊大老的铁血手段，一方面停止对“一桥派”藩主们的迫害，一方面恭顺地对待朝廷，想要利用朝廷的权威来巩固幕府的统治。安藤老中提出迎娶孝明天皇的妹妹和宫为家茂将军的正室夫人，从此公家和武家联起手来应对乱局——这一举措被称为“公武合体”，受到了尊攘派各藩藩主和重臣们的一致赞同。
雄藩的上层就这样被幕府拉拢过去了，然而已经在各藩内崛起的中下级武士却对此大感不满，尤其是吉田松阴的弟子们，他们秉承被害恩师的思想，认定尊王则必须倒幕，绝不能向幕府妥协，绝不能再让幕府延续其腐朽的统治。上层尊攘派和下层尊攘派就此分裂为两个阵营。在这种态势下，文久二年（1862年），安藤老中在江户坂下门外遭到水户藩志士的袭击，虽然侥幸逃得了性命，却很快就被赶下了台。
水户藩尊攘先锋的地位自“坂下门外之变”后就逐渐丧失了，在藩主德川庆笃等人的着力压制下，逐渐地水户藩站到了幕府一边，反而成为“尊王佐幕”的急先锋，而代替水户藩举起尊攘派大旗，决定以武力推翻幕府的，则是西国的长州毛利藩和萨摩岛津藩。
顺便一提，以刺杀井伊大老为开端，各地大批尊攘志士脱藩，混入京都和江户城中，对他们所看不惯的大人物们挥舞刀剑，认为这才是救国之道。一时间，血雨腥风洒满了这两座名都，到处都是口呼“天诛”的志士，这些人被称为“人斩”。文久二年（1862年），土佐藩大思想家吉田东洋被本藩的那须信吾等人所杀；同年，佐幕派官僚岛田左近被萨摩藩志士田中新兵卫所杀；元治元年（1864年），主张公武合体和开国论的大思想家佐久间象山被熊本藩志士河上彦斋所杀……
为了扭转日益恶化的治安，恢复京都的秩序，幕府招募了大批浪人，组建起一支名为“浪士队”的准警察部队。其后“浪士队”改名“新征组”，被调往江户，很多成员不愿意离开京都而滞留了下来，为了避免这些浪人成为更大的祸害，京都守护职、会津藩主松平容保把其中部分人招募到麾下，组成了“新选组”。
新选组的中坚分子，乃是以近藤勇为首的来自于武藏国多摩郡乡下的一批下级武士，这个组织以行动迅速，下手狠辣而享誉一时。但在恢复京都治安的同时，新选组逐渐成为佐幕派的一枚棋子，成为屠杀尊攘志士的刽子手，成为逆潮流而行的反动者，这实在是相当可悲的事情。
【●无谋攘夷】
文久二年（1862年）元月，老中安藤信正在坂下门外遭到袭击。二月，德川家茂将军和御妹和宫正式举办婚礼。四月初，萨摩藩隐居岛津久光（岛津齐彬之弟，现任藩主忠义之父）率领藩兵进京，请求朝廷下旨敦促幕府，改革政治制度，并且明令攘夷。
四月三日，萨摩藩的激进尊攘派有马新七、田中谦助等人想要趁此时机举兵倒幕，他们在京都旅馆寺田屋集结，计划首先杀死关白九条尚忠和京都所司代酒井忠义。此事为岛津久光得知，就派遣奈良原喜八郎等九人前往弹压，双方发生冲突，结果有马新七等六人当场死亡，另有两人翌日即被勒令自杀——是为“寺田屋骚动”。
这一事件恰好说明了公武合体派和倒幕派之间的分歧已经无可磨合，虽然同样打着尊王攘夷的旗号，但两派根本上就已经分道扬镳了。
其后岛津久光与朝廷敕使先后前往江户，幕府被迫对其强横态度作出妥协，于当年七月任命松平庆永为政事总裁，德川庆喜担任将军的后见，同时放宽参觐交待制度。幕府还答应，家茂将军将于次年也即文久三年（1863年）上洛觐见天皇，正式宣布攘夷。八月，岛津久光从江户回藩途中，路经横滨附近的生麦村，其家臣以四名英国人冲撞了久光的坐骑为理由，拔刀相向，当场砍死一人，砍伤两人——是为无谋攘夷的重要代表：“生麦事件”。
家茂将军是次年三月上洛的，当年四月，确定了攘夷期限为五月十日。这种攘夷，事实上就是把外国人全部赶出日本，恢复幕府旧有的锁国体制，它是根本悖离时代发展潮流的，因此也必然引发始料未及的严重后果。
且说攘夷之诏一下，幕府权威徒然提高，各地尊攘志士无不欢欣鼓舞。首先动手攘夷的是长州藩，长州军利用海岸炮台封锁了关门海峡，随即向企图通过此处的美、法、荷兰等国商船和军舰开炮。六月一日，美、法两国舰队发动全面反击，长州军损失惨重。
其次和西方列强全面交火的是萨摩藩。因为岛津久光拒绝严惩“生麦事件”的凶手并向英方支付高额赔偿，英国舰队就于文久三年（1863年）七月砲击鹿儿岛。担任萨摩藩前线指挥的乃是久光的宠臣大久保利通，他本以为经过多年学习西方先进科技，苦心经营的沿岸炮台可以抵挡住英军的进攻，谁料激战过后，伤亡惨重，藩城鹿儿岛遭到严重破坏。这场“萨英战争”极大地刺激了大久保利通等萨摩藩尊攘志士，他们原本狂热的头脑逐渐冷静了下来，思想逐渐从锁国向开国转化。
最终大久保利通从幕府借得巨款赔偿英国，双方取得了和解，同时萨摩藩开始加强与英国等西方列强的合作，加速了开国的步伐。
无谋攘夷终于产生了恶果，不过仍有相当一大批激进尊攘派看不清形势，仍然执着锁国的理念，认为都是幕府指挥不力才导致了对外夷战争的失败，于是以长州的真木和泉等人为首，开始策划让天皇“攘夷亲征”。所谓的“攘夷亲征”，实际上是彻底推翻天皇朝廷委任幕府处理政务的旧体制，要将大权收归朝廷，对于凝聚全国力量，推翻腐朽的幕府统治来说，这本是非常具有进步性的举动，然而就其攘夷初衷来说，其实也相当的无谋而可笑。
佐幕势力当然不可能看不清真木和泉等人的真实用意，于是以萨摩、会津两藩为首，也开始计划将尊攘派的势力彻底从京都清除出去，完成他们所谓“公武合体”的调和主义理想。八月十八日凌晨，支持公武合体的中川宫亲王、京都守护职松平容保（会津藩主）等人指挥萨摩和会津的藩兵控制了皇宫，随即下诏剥夺了数名尊攘派公卿的职务。三条实美、三条西季知、东久世通禧等七名公卿被迫逃出京都，往依长州等藩——史称“七卿落难”。
这就是“文久政变”，又称“八月十八日的政变”。
激进尊攘派当然不甘心就此失败，他们陆续在各地起事以反抗幕府的统治，想要杀回京都。其实早在“八月十八日的政变”以前，公卿中山忠光就组建的“天诛组”，在大和举兵，政变爆发后，筑前藩士平野国臣又占领了但马国生野代官官署。这些起义陆续都被幕府指挥各藩围剿，血腥地镇压了下去。
而激进尊攘派中最大的集团长州藩则正策划着更为危险的举动，他们打算从内部扰乱进而占领京都，挟制天皇，让天皇下诏讨伐江户幕府——这一行动被称为“夺玉”，“玉”指的就是当时在位的孝明天皇。
次年是元治元年（1864年），六月五日，负责京都治安的新选组逮捕了一名化装成武具商的尊攘志士古高俊太郎，俊太郎受刑不过，供出当晚将有长州、土佐、肥后等脱藩志士二十余人聚集在京都三条河原町的旅馆池田屋开会，打算在京都纵火，然后趁乱攻入皇宫，夺取天皇。于是新选组在通报了京都守护职松平容保以后，快速展开行动，乘夜奇袭了池田屋，包括宫部鼎藏、吉田稔麿在内的七名志士被当场斩杀，其余数人被逮捕——桂小五郎倒是侥幸逃得一命，被迫化装成乞丐逃出京都。
“池田屋事变”，可以说是日本维新史上的一个重要转折点，长州藩从此作为倒幕的急先锋稳稳站在历史的舞台上。
〔新选组悲歌〕
“新选组”也写作“新撰组”，是在文久三年（1863年）四月正式成立的。
且说会津藩主松平容保在前一年（1862年）的闰八月就任京都守护职，负责京都的治安，为了增强警备力量，他经过幕府的同意，授命鹈殿长锐、清川八郎、佐佐木只三郎等人招募浪人，组建了“浪士队”。但因为浪士队内部品流复杂，大量攘夷志士也蜂拥而入，使得容保等人害怕这支队伍无法维持京都治安，反而变成动乱之源，于是在文久三年（1863年）年初将其取缔，主力调往江户，编成“新征组”。
浪士队被取缔后，队员芹泽鸭、近藤勇等人前往求见松平容保，陈述了自己对幕府的赤胆忠心，容保深受感动，就允许二人创建新选组。新选组设立之初由三驾马车共同指挥，也即上面提到过的芹泽鸭和近藤勇，还有一位新见锦。然而到了当年的九月，内部纷争暴起，首先是新见锦被勒令自杀，随即芹泽鸭在与情人幽会岛原料亭的时候，被近藤一党的土方岁三、山南敬助、冲田总司等人刺杀。
从此近藤勇成为新选组的唯一首脑——局长，实际主导队务的则是副长，人称“智囊”的土方岁三。近藤勇出自武藏多摩地区，本是小剑术流派“天然理心流”第三代近藤周作的养子，后来继承为第四代传人，新选组内很多成员也都是他的同门。
当初德川家康建都江户时，为防一旦有变，可以使后代将军安全撤至甲府，因此采纳了大久保长安的建议，在多摩八王子地方布下一哨人马，这哨人马由原住民五百人，加上武田遗臣五百人组成，称为“八王子千人队”。传说新选组中坚力量大多是八王子千人队的后裔，因此对德川幕府秉持着强烈的忠义之心——六番组长井上源三郎已被证实确为这种身份。
新选组创建以后，即在京都各町巡逻，一开始的目的是捕拿妄图闹事的宵小，但因为很多尊攘志士都想在京都掀起纷乱，以便混水摸鱼地夺“玉”，所以很快的，新选组就成为了尊攘派的死敌。元治元年（1864年）六月五日，发生了“池田屋之变”，新选组随之名声大噪。
新选组对内管理严格，法度森严，对外则行动迅速，血腥无情，在他们的管理下，京都治安略有好转。然而随着德川幕府的垮台，新选组也日趋走向没落。在倒幕维新的戊辰战争中的每一仗，几乎都可以看到新选组成员的身影：先是伏见·鸟羽之战，江户无血开城后还有上野之战、会津之战和最后的箱馆之战。最终在新政府军攻打五稜郭的时候，人称“鬼副长”的土方岁三中弹身亡，标志着新选组的彻底覆灭。
除土方岁三外，新选组的其他重要成员的下场是：近藤勇曾在关东地区组建甲阳镇抚队与新政府军对抗，战败后被处以斩刑；一番队长、剑术高手冲田总司在戊辰战争爆发后不久就因肺结核而死；参谋伊东甲子太郎和五番队长武田观柳斋等人在内部斗争中被整肃；总长山南敬助和八番队长藤堂平助等人脱队后遭到斩杀或被勒令切腹。
只有二番队长永仓新八和三番队长斋藤一侥幸活了下来。永仓新八在戊辰战争前就脱队而去，自组“靖兵队”与新政府军对战，会津战争后被赦免，恢复了松前藩籍。斋藤一曾在会津城下代替土方岁三指挥战斗，兵败后遭到流放，战争结束后，他改名藤田五郎，进入警视局，退役后就任女子高等师范学校的校工，直到病殁。