【●夺“玉”行动】
孝明天皇庆应二年（1866年）六到八月间爆发的第二次“征长战争”，以十五万幕府军被四千长州军击败而告终。从此幕府威望直落谷底，家茂将军去世后，其后见人德川庆喜被迫下令终止战争，全线撤退。十二月五日，德川庆喜继任为第十五代征夷大将军，也是江户幕府的末代将军。
长州之所以能够在“四境战争”中取得胜利，原因是多方面的，最主要在于幕府的腐朽、诸藩联军的装备既差，配合度又不高，而长州则经过军制改革，装备精良，同时上下一心，士气高涨。此外，萨摩以及英国对长州的暗中支持也起了很大的作用。
当时英、法两国争夺对日本的控制权，英国认为幕府已经彻底腐朽，无法利用它来统治整个日本，因此转而支持藩政开明，并且逐渐打开国门的萨摩、长州等藩，希望实现以天皇为中心的雄藩联合体制——也就是坂本龙马所设想的那一套。而法国看到英国这种态度，反倒加强了支持幕府的力度。可以说，如果没有英国人掺和，长州未必能够轻松打赢“四境战争”，而如果法国人不在其中搅事，大概高杉晋作在战胜后会趁胜追击，直薄京都去吧。
且说这位志气冲天的高杉晋作，在“四境战争”结束后不久就呕血卧床，随即在第二年也就是庆应三年（1867年）四月十四日永远闭上了眼睛，享年仅二十九岁——查其病因，乃是慢性的肺结核。
而另一方面，末代幕府将军德川庆喜在继位前不久就开始了一系列幕政改革，内容包括购买武器，改革军制，改组幕府，以五位老中分掌五局，等等，在法国人的帮助下，颇有振作自雄，重新建立以幕府为中心的统一国家的意愿。这次改革能否最终成功暂且不论，但很明显的，一旦幕府统治稍有起色，庆喜将军很可能再开征长之役。
正因如此，萨摩、长州等藩丝毫也不敢因为幕府军被击退而大松一口气，他们计划着乘胜追击，从政治和武力两个方面彻底颠覆幕府的统治。说来也巧，就在家茂将军去世后不到半年，当年十二月二十五日，孝明天皇也猝然驾崩了，终年三十六岁。
孝明天皇是坚定的攘夷论者，但同时也是佐幕派，他仍想维持传统的幕藩体制，只不过希望幕府对朝廷的态度更为恭顺，自己对政治有更大的发言权而已。尊攘派数次遭到迫害驱逐甚至杀戮，除了幕府在挥舞屠刀外，孝明天皇其实也“功不可没”。因此从某种意义上来说，这位天皇才是倒幕派的最大敌人，所以也有天皇实际是被倒幕派暗杀的说法流传至今。
继承天皇宝座的乃是孝明之子睦仁亲王，继位一年零九个月后改年号为明治，故称明治天皇，而所谓的“明治维新”也正是由此得名的。这位天皇继位时年仅十六岁，说不上幼小无知，可也并没有明确的政治倾向，这使得倒幕派大为欢喜，认为这才是自己应该夺取的一块良“玉”。
明治天皇才一继位，倒幕派公卿立刻行动了起来，其核心人物乃是蛰居在家的下级公家岩仓具视。岩仓具视本是中纳言堀河康亲的次子，后来过继给岩仓家，因为受到关白鹰司政通的器重而担任朝官。他原本是支持公武合体论的，因为推动“和宫降嫁”而成为尊攘派的眼中钉，被剥夺官位，勒令蛰居。大概遭此大难后，具视终于看清了天下大势，认识到公武合体断不能行，而尊攘派势力庞大，并且日益倾向颠覆幕府，这是历史潮流，根本无法阻遏，于是思想逐渐转向尊王倒幕。
庆应三年（1867年）元月，明治天皇登基，有栖川宫炽仁亲王掌握了朝政。这位炽仁亲王曾与和宫有过婚约，但被幕府横插一刀，搞了个“和宫降嫁”，把未婚妻掳到江户去了，亲王当时是敢怒而不敢言，等到孝明天皇一咽气，立刻就跳了出来，把矛头直指幕府。在炽仁亲王的努力下，朝廷颁下诏旨，赦免了从前被处罚和放逐的大批公卿，岩仓具视以及流亡在外的三条实美等人得以重归政治舞台。
且说当年“七卿落难”，逃离京都，往依长州毛利氏，但随即因为第一次“征长战争”，幕府命令长州交出剩下的五卿，把他们流放去了北九州。庆应三年（1867年）三月，在炽仁亲王和静宫清保亲王（晃亲王）的奏议下，这五卿终于重归朝廷，三条实美和岩仓具视等人就和萨、长势力联起手来，准备收拾残局，推翻幕府统治——这一派人被称为“王政复古派”。
所谓“王政复古”，表面上的意思是恢复古代的天皇制，在天皇朝廷和百姓之间不再插进一个武家的幕府，天皇成为实至名归的国家最高首脑，然而实际上，他们只不过打着天皇的旗号来倒幕，想要建立一个近代化的、西式的君主立宪国家而已。
在朝廷的支持下，上下两股势力开始积极活动。在上，岛津久光、伊达宗城、松平庆永等藩主先后率兵上洛，尊攘派基本控制了京都及其附近地区；在下，萨摩、长州、土佐、安艺等藩的实权人物先后达成联兵倒幕的密约。眼看全国性倒幕大势将成，倒幕派就要动手，突然间，三不知跳出一个山内容堂来，几乎坏了大事。
【●小御所会议】
山内容堂本名丰信，乃是南海雄藩土佐高知的前任当主，据说酒量很大，人称“鲸海醉侯”，是公武合体论的积极鼓吹者。当初黑船来航，国门被迫打开，山内丰信立刻重用吉田东洋等开国派进行藩政改革，成效卓著。不过东洋对内思想是倾向于佐幕的，山内丰信也与之相同。传说水户藩尊攘派领袖藤田东湖与丰信交好，曾经秘密对丰信说：“我藩是御三家之一，不能采取过激行动，而作为外样的土佐就当以谋反为主要目标了。”丰信闻言“哈哈”大笑，说：“诚之进（东湖）又在胡说八道了。”
幕府大老井伊直弼兴起“安政大狱”，作为“一桥派”的干将山内丰信当然无法幸免，被迫把家督之位让给儿子山内丰范，自己退居二线，改名为“容堂”。井伊大老被刺后，山内容堂重登政治舞台，大力推动“和宫降嫁”和公武合体。然而他不在位的这段时间内，土佐藩内的激进尊攘派已经得势，他们刺杀了吉田东洋，而以武市半平太（瑞山）主持藩政。
山内容堂着力打压激进尊攘派，终于在庆应元年（1865年）的闰五月，也就是第二次“征长战争”爆发前不久，将武市半平太下狱处死，一扫激进尊攘派的势力，改以态度温和的后藤象二郎主持藩中政务。后藤象二郎随即和坂本龙马合作完成了“船中八策”，想要通过不流血的革命来完成政治改革。
“船中八策”深得山内容堂之心，为了避免倒幕派引发战争，容堂就派后藤象二郎拿着自己的计划书去京都游说。这套计划的中心思想为“大政奉还”，即让幕府把现有的统治权名义上奉还给天皇朝廷，由天皇指定设立一个以幕府将军为议长，包括各地雄藩大名在内的“列侯会议”。山内容堂认为这样就可以在不引发流血战争，不颠覆幕府，“忠义两全”的情况下改革朝政了。
明眼人都看得出来这一套分明还是“公武合体”的老花样，所以后藤象二郎到处游说，却到处碰壁，就连土佐藩军事总裁坂垣退助也说：“奉还大政之言虽美，却全是空话。德川氏从马上得天下，若不能在马上将其夺回，就不能打倒其数百年来的霸业！”山内容堂大骂退助所言是“暴论”，立刻将其解职，同时命令后藤象二郎以土佐一藩的名义直接把计划书提交给朝廷和幕府。
幕府立刻牢牢抓住这一根救命稻草，庆应三年（1867年）十月十四日，德川庆喜将军上奏请求“大政奉还”，并表示愿意辞去征夷大将军之位。面对幕府的这种恭顺姿态，部分决心不够坚定的倒幕派公卿和大名表示可以接受，而态度坚决者则趁机更加紧对京都地区的控制。十一月十三日，萨摩藩主岛津茂久（即岛津久光之子岛津忠义）领兵上洛，要求朝廷召开会议，下达“王政复古”的大号令。
十二月九日早晨，朝廷下达“王政复古令”，同时在小御所召开会议，齐集公卿百官和有力大名，商讨改组政府的问题，最终决定撤销传统的关白和各种养老令官职，以炽仁亲王为总裁，公卿中山忠能、三条实爱等人，以及大名松平庆永、山内容堂等人为议定，组成新的政府，岩仓具视、后藤象二郎、西乡隆盛、大久保利通等人则担任参与，负责具体事务。
会议开了一整天，到了晚间，开始商讨如何处置德川幕府的问题，岩仓具视侃侃而谈，提出勒令幕府“辞官纳地”，即要求德川氏辞去世袭的征夷大将军职务和朝廷所授予的官职，同时交出所有幕府直辖地，等候新政府裁处。
此言一出，山内容堂第一个跳出来表示反对，说这分明是一场政变，是“暴举”，随即前越前藩主松平庆永也指责这是“刑名为先，道义为后”，要求立招德川庆喜与会——德川庆喜本人和佐幕的急先锋会津藩主松平容保、桑名藩主松平定敬害怕遇害而不敢出席小御所会议——否则就是不公平。西乡隆盛并没有正式参与会议，而负责在外守卫宫门，他在听说上述争吵后，冷冷地说：“此时口舌无用，当用刀剑！”有了这位实权人物撑腰，岩仓具视的态度更为强硬了，后藤象二郎急忙提醒家主山内容堂：“大势已定，强争无益。”山内容堂被迫退缩，于是公武合体派全面罢战，倒幕派占据了主动，最终确定了“辞官纳地”的决议。
小御所会议的决定传到二条城、大坂和江户，德川庆喜茫然失措，而其手下幕臣无不怒发如狂。幕府时代改易大名，造成很多藩士变成生活窘迫的浪人，没想到这种境况今日会返还幕府本身，如果真的把“天领”（幕府直辖地）都交了出去，旗本们还有什么活路呀！于是幕臣们集体鼓噪，到处作乱，江户城中的萨摩藩邸首先受到冲击。
这是庆应三年（1867年）十二月底的事情。第二年为庆应四年（1868年），九月改元明治，农历是戊辰年，倒幕战争终于全面爆发了，史称“戊辰战争”。
【●江户无血开城】
小御所会议召开后，德川庆喜拒不接受命令，不肯“辞官纳地”，他反过来还指斥倒幕派为“奸”，从二条城退至大坂，聚集兵马，打算“清君侧”。在幕府武力威胁和山内容堂等人的内部破坏下，朝廷态度趋软，决定将“辞官”之官改为“前内大臣”，“纳地”之地改为“政务费用”。眼看小御所会议所取得的成果即将全面流产，西乡隆盛就指示尊攘志士在江户城内引发暴动，逼迫幕府抢先开战。
庆应四年（1868年）元旦，幕府发布“讨萨表”，命令诸藩联合出兵，把萨摩藩的势力从京都驱逐出去。一月三日，幕府军一万五千人经鸟羽街道北上进攻京都。此时守卫京都的倒幕方只有长州一千五百人和萨摩三千五百人，兵力对比为三比一。
在鸟羽口四塚关门，包括会津藩兵、新选组在内的幕府军遭到萨摩藩士椎原小弥太所部的阻拦，战斗在一月三日下午五时正式打响。几乎同时，守备伏见御宫的长州军也和幕府部队交上了火，是为“伏见·鸟羽之战”。
虽然武器精良，组织严密，终究众寡悬殊，萨、长两军打得极为艰苦，西乡隆盛已经做好了让明治天皇乔装成女官逃出京都，退往长州的准备——天皇男扮女装逃亡，似乎也是日本历史上的惯例。
正在危急之时，大久保利通向新政府方面的总大将仁和宫嘉彰亲王献上一捆“御旗”——这是他和岩仓具视早就准备好的，上绣有日、月或者皇家纹章十六瓣菊的十二面旗帜。据说当年后鸟羽上皇发动“承久之乱”，谋划打倒镰仓幕府的时候，就曾向部队颁发过“御旗”，其后后醍醐天皇也玩过这一招，历史真是惊人的相似，现在萨、长联军也打出了这些旗帜。
新政府下令，宣布德川氏为“朝敌”，幕府军为“贼军”，相对的，打着御旗的新政府主力萨、长联军自然就是“官军”了。“御旗”在前线高高举起，受过多年朱子学尊王思想洗脑的幕府军见之大惊失色，士气瞬间崩溃，于是乎狼狈后撤。
一月六日晚间，知道大势已去的德川庆喜、松平容保等人秘密潜出大坂城，乘坐军舰“开阳丸”逃往江户。主帅临阵脱逃，幕府军更无复振的希望，将士们纷纷议论：“大树（指幕府将军）已去，咱们还怎么打仗？”于是四散逃离。
就这样，仅仅经过了四天的激战，“伏见·鸟羽之战”以新政府军大获全胜而告终，随即西国、近畿各藩全都声明拥护新政府。在一月七日的小御所会议上，商议追讨幕府之事，山内容堂还想顽抗，高叫说：“庆喜不是贼臣，这是萨、长引发的私斗！”结果遭到岩仓具视的怒斥，最终被迫俯首认输。
新政府决定剥夺德川庆喜、松平容保、松平定敬等二十六人的官职，将旧幕府“天领”直接划归朝廷直辖——你既然不肯“辞官纳地”，那我就直接剥夺好了。同时新政府还下令以炽仁亲王为东征大总督，发兵分东山、东海、北陆三道讨伐江户幕府。
且说德川庆喜是一月十一日回到江户城的，他立刻召集群臣商议对策。经过去年的幕府改革，此时那些世袭老中、重臣已经没有什么发言权了，掌握幕府军队权力的分别是勘定奉行小栗忠顺、步兵奉行大鸟圭介、海军副总裁榎本武扬，以及军舰奉行胜海舟。前三人主战，只有胜海舟主和，最终德川庆喜采纳了海舟的建议，自动离开江户城，前往上野的宽永寺“谨慎”。
二月十五日，新政府五万大军离开京都，三月五日进入骏府城，把此处作为进攻江户的大本营。幕府先后派了多批包括僧侣在内的社会人士前往骏府，请求议和退兵，都被东征大总督炽仁亲王严辞拒绝了。留在江户主持大局的胜海舟无耐之下，只得搬出了“精锐队”头领山冈铁舟。
胜海舟、山冈铁舟与另外一位高桥泥舟，并称为“幕末三舟”。且说这位山冈铁舟奉命前去和东征军参谋西乡隆盛交涉，态度不卑不亢，时人都称“朝敌德川庆喜有家臣山冈铁舟盛风凛凛。”在山冈铁舟的努力下，西乡隆盛答应维持德川家系，并且留下德川庆喜一条小命，送他去水户藩待罪，而幕府方则答应打开江户城门，把包括军舰在内的所有武器都移交给新政府军。
三月十四日，胜海舟亲往江户城下萨摩藩邸会见西乡隆盛，最后敲定了“江户无血开城”——本来次日就是新政府军对江户展开全面进攻的日子。思想开放，曾经暗中支持过尊攘派，同时也是幕府海军的缔造者的胜麟太郎海舟，因为此举挽救了无数人的性命而得以垂名青史。
【●上野和北越】
新政府军占领江户城，并不是战争的最后终结。且说大军一进城，立刻派尾张藩兵巡查城防，派肥后藩兵收缴武器和收容旧幕府军，但结果肥后藩兵一共才找到七百二十二梃各式火铳和收容了两百名旧幕府士兵。武器和人都到哪里去了呢？
原来德川庆喜跑去上野宽永寺“谨慎”的时候，幕臣十七人组成了“尊王恭顺有志会”，立誓要维护幕府的统治。二月底，这个组织扩大到两百余人，随即由涩泽成一郎和天野八郎将其改组为军队，固守宽永寺警护将军，起名为“彰义队”。江户无血开城，德川庆喜前往水户以后，“彰义队”仍然不肯散去，聚众两千余人，日夜骚扰江户城的安全。西乡隆盛数次派兵前往镇压，却始终无法将其剿灭。
闰四月，朝廷任命大村益次郎为军防事务局判事，单骑东下，前来解决上野“彰义队”的问题。于是西乡隆盛将军事指挥权交给大村益次郎，商定调动主力从西、南两面进攻宽永寺，于五月十五日晨展开猛烈进攻。
宽永寺防备严密，两千余“彰义队”固守西、南方向各门。新政府军总共三千人，大村益次郎安排战斗力最强的萨摩、肥后、因幡三藩兵马攻击南方的黑门，对战敌军主力，长州军则进攻西方的清水、谷中二门以为牵制，此外，肥前、尾张、备前等藩兵马在宽永寺西南方向构筑炮兵阵地，掩护前线部队的进攻。
三千攻，两千守，本来这仗是很难打的，然而因为肥后等藩的远程炮火支援，使得武器装备较差的“彰义队”很快就落在了下风。战斗从早晨七时打响，到了午后，长州军终于突破谷中门进入宽永寺，正在与萨摩军鏖战的“彰义队”腹背受敌，在下午五时左右扔下两百多具尸体，四散奔逃。
“彰义队”的首脑天野八郎逃进江户城中躲藏了起来，数日后被新政府军捜出关入监狱，不久后死于狱中。
前面提到过，“彰义队”的开创者本是涩泽成一郎，他因为受到天野八郎的排挤而被迫退出，另外组建了“振武军”。“彰义队”在五月十五日覆灭，余党很多都加入了“振武军”，数量激增到一千余。五月二十三日，大村益次郎率领三千新政府军猛攻“振武军”，将其击溃，涩泽成一郎逃亡东北地区。就这样，江户周边地区终于基本稳定了下来。
然而，就在大村益次郎横扫关东的时候，新政府军在北陆地区却陷入了苦战。且说当年的四月二十七日，新政府军北陆方面军占领了越后中西部的小千谷，传令附近诸侯迅速表明态度，是支持新政府，还是支持“朝敌”德川氏。
消息传到七万石的幕府谱代长冈牧野藩，家老河井继之助召集群臣商议对策，部分家臣倾向于新政府，部分倾向于旧幕府，互相攻讦不休。最终河井继之助敲定了“武装中立”的方针，并且亲自前往小千谷去和新政府军谈判。
河井继之助希望新政府军考虑长冈藩内舆论无法统一的矛盾处境，暂且绕过长冈藩东进，然而这个要求却被新政府军军监岩村精一郎一口回绝了。继之助劝说道：“德川氏已经表示恭顺，江户城也打开了城门，时至今日，战争已经毫无必要了。如果开战，只能导致生灵涂炭和国家疲弱，西方列强趁虚而入。贵军暂且绕路而行，以待本藩内部继续讨论对策，又有何不可？”
继之助所言很有道理，然而从新政府军的角度来看问题，是不能在长冈藩向背不明的情况下轻率东进的，那样等于在自己背后埋下了一颗定时炸弹。最终谈判破裂，恼羞成怒的河井继之助回到长冈，立刻秣兵厉马，准备和新政府军恶战一场。
当然，以区区长冈七万石，虽然经过河井继之助多年经营，兵强马壮，也终究是无法与新政府大军相抗衡的，于是继之助就加入了以北陆和东北地区旧幕府亲藩、谱代为主体所组成的“奥、羽、越列藩同盟”，求取援兵，共同拒敌。
同盟军北陆地区的主将就是河井继之助，而新政府军的实际指挥者是北陆道镇抚总督府参谋、长州重臣山县狂介。双方于五月十日首先在信浓川边交上了火，第一回合，因为尾张藩兵的临阵退缩，新政府军吃了个大败仗，随即山县狂介率领长州军于十一日展开全面反攻，占领朝日山制高点，扭转了败局。
十三日凌晨，同盟军对朝日山发动猛烈攻击，新政府军不敌败退。十九日，山县狂介率军绕道奇袭并且攻占了长冈城，给同盟军造成了心理上的沉重打击。
六月份，奥、羽、越各地同盟诸侯的援军纷纷开到前线，而解决了上野“彰义队”问题的新政府东海方面部队也陆续向北增援，双方实力同时壮大，新的激战一触即发。七月二十七日，河井继之助利用对附近地理非常熟悉的优势，派兵奇袭长冈，夺回了藩城。然而正当他想要乘胜追击，彻底击溃新政府军的时候，却发现战斗力闻名天下的萨摩军大举来援，并且已经逼降了长冈西面的新发田沟口藩。
在与萨摩军的恶战中，河井继之助腿部中弹，被迫退离战场。失去了主将的同盟军就此分崩离析，各藩逐一被新政府军或攻破，或逼降，二十九日，新政府军第二次攻占长冈城，宣布了“北越战争”的终结。
河井继之助在战败后逃到会津藩领内，八月十六日因伤势恶化而撒手尘寰，享年四十二岁。虽然被迫做了阻挡历史车轮前进的绊脚石，但作为一藩家老，继之助这种可悲的命运恐怕是无法随心改变的吧。
【●从会津到箱馆】
旧日本的统治者是德川幕府，其统治中心在江户城，“王政复古”以后，仍以天皇为名义上的领袖，而以萨、长、土、肥等西南藩阀为核心的新政府在京都成立，随即新政府挥师东征，庆应四年（1868年）三月进入江户，可以说新旧两大势力的斗争至此已经大局底定，战争应该可以结束了。
然而日本东部的诸侯们可以容忍新政府的产生，却不能容忍新政府大权都掌握在西南藩阀手中，他们要求有自己的一席之地。如果那些倒幕派志士真的为国为民，毫无私心的话，这一问题本是很好解决的，当然，站在当时人的立场上来考虑问题，那却是完全不可能的事情。萨、长之间矛盾重重，大久保利通、西乡隆盛一直想要把实权都抓在萨藩志士手中，着力排挤和打压长藩志士，而长藩的大村益次郎数次指挥战斗，都以萨摩兵为先导，表面上是“好钢要用在刀刃上”，实际却是想用萨摩人的性命为长州执政铺平道路。新政府一成立，自己人就开始争权夺利了，怎么还可能容许外人来分一杯羹呢？
我们忠诚尊王，不惜抛头洒血，你们东国各藩一直当幕府的走狗，现在却想摇身一变成为新政府的一员，世上哪有这种惠而不费的美事？西南藩阀们一定都是这样想的吧。
且说庆应四年（1868年）五月，仙台藩主伊达庆邦、米泽藩主上杉齐宪向新政府奥羽镇抚总督九条道孝提出，希望宽大处理会津藩。会津乃是幕府的亲藩，藩祖保科正之本是德川秀忠的第四个儿子，过继给谱代保科正光，继承保科的苗字，保科氏先被封在信浓高远，继而移封出羽山形，最后换到富庶的陆奥会津，并且恢复了本家松平的苗字。当时的会津藩主是松平容保，他是佐幕的急先锋，尊攘志士无不对其恨之切齿，非要除之而后快。
其实仙台、米泽这些外样又何有爱于会津松平？他们不过是藉此来观察新政府的态度，看看新政府将会怎样处理东北各藩而已。结果九条道孝悍然拒绝了两家的请求，于是以会津松平氏、出羽庄内酒井氏两藩为首，于六月二十二日成立了“奥羽同盟”，共同抗拒新政府军的北上。其后北越后长冈、新发田等藩也陆续加入，是为“奥羽越列藩同盟”，总共大小三十一家诸侯。
新政府方面，自大村益次郎结束上野战争以后，东山道和东海道两军就陆续北上进攻东北地区，五月夺取了南陆奥的重镇白河城，七月攻占二本松城，直薄会津藩领，希望能够在年内结束这场战争。
同时在北陆战区，五月十九日，山县狂介奇袭并且占领了长冈城，同盟军总大将河井继之助向新发田等藩求救，然而新发田藩主沟口直正在出阵当日却遭到领内数百农民的阻拦。这些农民以大庄屋（地主）小川五兵卫为首，手持木棒和竹枪，拦在城门前高呼道：“不能和官军为敌，否则定将灭亡！”沟口直正无奈，只得退入城中，随即就与山县狂介暗通款曲，投降了新政府军。
如上节所述，新发田藩的投降产生了连锁效应，北陆形势急转直下。七月中旬，河井继之助负伤逃遁，新政府军第二次攻占长冈城，宣布了北越战争的终结。山县狂介随即挥兵东北地区，想要翻越高山进入出羽国。消息传来，大村益次郎传令各部暂停进攻，因为他预计等北陆援军赶到时已是冬季，东北地区寒冷的气候将使来自西南地区的萨、长等军寸步难行。既然如此，不如等到明年开春再进攻会津若松城。
土佐的坂垣退助和萨摩的伊地治正知反对大村益次郎的决定，一方面，他们想尽快结束战争，另方面，也希望能够为本藩抢得首功，于是建议不等北陆方面军前来会合，而由东山道方面军单独进攻会津领。大村益次郎虽然认为此着过于凶险，但在萨、土两藩的压力下，还是被迫同意了他们的建议。
八月二十日，新政府军三千人从二本松城出发，直扑地势险要的母成峠。当时守备母成峠的乃是大鸟圭介的传习步兵队，以及会津、仙台等藩兵，新选组和二本松藩的残兵，总共八百人左右。
这位大鸟圭介本是德川幕府的步兵奉行，江户无血开城后，他率领以江户町平民组成的传习步兵队北上依附会津藩。此时奥、羽同盟诸侯的目光都盯在西面，集合重兵防备山县狂介进入出羽，而对南线的母成峠则不够重视，派了些散兵游勇配合传习步兵队前去守备。
前此幕府在法国人的支持下购进了大量新式武器，这些武器大多握在大鸟圭介和传习步兵队的手中，所以两军一交上火，新政府军吃了很大的亏。不过会津、二本松等兵马却毫无战意，一遇敌军就仓惶撤退，使得大鸟圭介也只得在激战后放弃了母成峠。随即新政府军又攻占了十六桥，控制交通要道，直指会津藩城若松。
为了抵抗新政府军的进攻，松平容保把老弱妇孺全都赶上了战场。且说会津藩前此进行军制改革，设立了青龙、玄武、朱雀、白虎四支军队，其中白虎队相当于少年预备队，都由十五到十七岁的少年藩士组成，总共三百人。到了这个节骨眼上，这些少年也全都被拉上了战场，他们头缠白带子，奋勇为藩主而战，最终大多战死或切腹，成为封建愚忠的牺牲品。
九月八日，天皇下诏改元为明治，是为明治元年（1868年）。二十二日，会津藩终于被迫投降，“奥羽越列藩同盟”就此瓦解，奥羽地区的战争结束了。然而，大鸟圭介、榎本武扬等旧幕臣却并不甘心失败，他们撤退到虾夷地也即北海道地区继续顽抗，并且还建立了一个奇怪的“虾夷共和国”——箱馆战争就此发端。
【●最后的五稜郭】
为了消除抵抗势力，尽快稳定局势，明治新政府于庆应四年（1868年）五月二十四日宣布了对德川氏的最终处分决定：勒令德川庆喜隐居，由德川氏宗家的田安龟之助继承家督之位，改名为德川家达，改封骏府附近七十万石。然而这一决定并未能使不满西南藩阀掌握新政府的旧幕臣们安下心来，八月十九日深夜，前幕府海军副总裁榎本武扬突然发动叛乱，率领八艘战舰拔锚北上，前去与会津等奥羽诸侯会合。
榎本舰队的旗舰“开阳号”本是幕府在戊辰战争前不久才从西方购得的新式战舰，可以说是当时日本战斗力最强的水面舰艇。榎本就这样几乎把新政府的海军力量全都掏空了，他于九月三日航至仙台藩的青叶城，与大鸟圭介、土方岁三等旧幕府残余军队会合。经过几个人的反复商讨，最终决定前往虾夷地创立新的国家、新的政府，以与明治政府分庭抗礼。
临近冬季，天气寒冷，加上海上风暴毫不可测，当榎本舰队于十月二十日终于在虾夷地内浦湾靠岸的时候，八艘战舰只剩下了五艘。不过两千多旧幕府军还是士气昂扬地登上了陆地，十月二十六日开进了防备松懈的五稜郭，新政府委派的箱馆府知事清水谷公考逃亡。
五稜郭乃是江户幕府在安政四年（1857年）开始动工建造的西式要塞，其目的是阻遏沙皇俄国染指虾夷地。整个要塞呈五角形状，每个角上都设置有新式炮台，外有深深的战壕围绕，可谓是易守难攻的无敌坚城。
榎本等人占领五稜郭后，立刻进兵松前藩的福山城——松前藩曾一度被移封至出羽，其后不久又挪了回来——毫无准备而又兵少将弱的福山城很快就陷落了。十二月十五日，榎本武扬等人发表《箱馆宣言》，宣布成立虾夷共和国，选举榎本武扬为总裁，大鸟圭介为陆军参谋，土方岁三为陆军奉行并。
然而这个虾夷共和国，可悲地从成立之初就笼罩在重重乌云之中，首先是在宣言发布的一个月前，旗舰“开阳”触礁沉没，其次在宣言发布后，西方列强不肯承认虾夷政府是德川幕府的继承人，从而放弃了局外中立的立场，站到了明治政府一边。十二月二十八日，美国把一艘铁甲巨舰卖给了明治政府，随即这艘军舰就被定名为“甲铁”，明治政府决定以此舰为主力，击破榎本舰队，攻克虾夷地。
明治二年（1869年）三月二十日，榎本舰队的三艘战舰——回天、蟠龙、高雄——离开箱馆南下，准备奇袭并捕捉北上的“甲铁”。然而倒霉的是，三舰还没能看到“甲铁”的影子，先就碰上了暴风雨，蟠龙和高雄全都不知道漂到哪里去了。剩下的回天舰在舰长甲贺源吾的指挥下，依旧执着地想要完成使命，于是在三月二十五日单独冲入宫古湾，向以“甲铁”为首的明治政府八艘战舰发动袭击。
虽然甲贺源吾及其部下作战英勇，但想依靠一艘老式木体舰，以传统的接弦战方式去俘虏铁甲舰“甲铁”，本身就是一件很可笑的事情，更何况“甲铁”身边还有七艘护卫僚舰。战斗仅仅持续了三十分钟，就以甲贺源吾等十三人战死，三十余人负伤，回天舰被俘虏而宣告了计划的失败。
经过此战，榎本舰队几乎全军覆没，明治政府军得到了制海权，随即就于四月九日登陆虾夷地，对“虾夷共和国”发动了猛烈的进攻。在“甲铁”等战舰的炮击配合下，政府军很快就攻陷了弁天岬台场炮兵阵地，以及新近修筑的五稜郭北方防御工事“四稜郭”，把五稜郭团团包围了起来。
土方岁三率领“额兵队”冲出五稜郭，想要夺回弁天岬台场，结果不幸中弹身亡。惨烈的战斗一直延续到五月十八日，政府军派出黑田清隆等人前去和榎本武扬谈判——这位黑田清隆本是萨摩藩士，曾经作为西乡隆盛的使者前往与长州藩秘密接洽——已经穷途末路的虾夷政府被迫低头，五稜郭终于打开了大门，日本全境得到统一。
就这样，延续了整整一年半的戊辰战争终于结束了，但这只是“明治维新”的开端而已。从此日本就从古代进入了近现代，向着一个谁都难以预料结局的新方向迈开大步。西南藩阀掌控的这个明治政府，就其根本上来说，是一个协力强国而又勾心斗角的政权，是一个封建残余浓厚而又希望全盘西化的政权，也是一个军国主义色彩非常浓厚的政权。它将给日本乃至整个东亚地区带来什么样的悲剧呢？高杉晋作是想不到也看不到了，而伊藤博文、山县有朋等人却用他们自己的笔调，描下了这个悲剧的开端……
〔“赤报队”的悲剧〕
推翻德川幕府的封建统治，将日本带入近代社会的明治维新，可以分为前后两个阶段，第一阶段就是戊辰战争，前后不过持续了一年半的时间而已，然后就是漫长而艰难的制度改革、经济改革阶段。对比世界各国的近代资产阶级革命，往往血流成河，战争旷日持久，新旧势力反复占据上风，日本的这场革命无疑要迅速得多也温和得多。然而，不管采取了何等过激的手段，各国革命中总能让人看到虽然可能很幼稚也可能和僵化，却总闪烁着宝贵的理想主义的光芒。这种光芒在日本是很微弱的，明治唯新中罕有一心为国的充满理想主义的仁人志士——偶尔有，也都被毫不留情地干掉了。
就以“赤报队”和相乐总三为例吧。相乐总三原名小岛四郎左卫门将满，是下总国相马郡乡士小岛兵马的儿子，通称四郎。受到樱田门外事变的影响，年仅二十二岁的四郎萌生了尊王攘夷，挽救国家民族危亡的念头，于是拿出家中所有积蓄招募同志。文久二年（1862年），他加入了“慷慨组”，在上野国赤城山起兵倒幕。
这次起兵失败后，四郎逃归江户，不久后又加入水户“天狗党”，在筑波山举义。“天狗党”遭到镇压，四郎在江户也存身不住，于是东上京都，在那里认识了萨藩的尊王派首脑西乡隆盛和土藩的尊王派首脑坂垣退助等人。庆应三年（1867年），西乡隆盛派四郎秘密潜回江户城，组织“浪士队”，骚扰德川幕府统治的中心区域。“浪士队”的种种举动使得幕府大怒如狂，于是在强硬派幕臣小栗上野介忠顺的指挥下，当年十二月二十五日，幕府军攻击并烧毁了江户萨摩藩邸——这是戊辰战争爆发的导火索。
战争爆发后，四郎率领“浪士队”的同志重新在京都集结，并且奉侍从绫小路俊实、滋野井公寿为主，组成了“赤报队”，四郎改名相乐总三，担任“赤报队”一番队的队长。“赤报队”领自新政府的主要任务是什么呢？那就是作为东山道方面军的先锋，率先进入信浓、上野等国，一路宣扬新政府的仁政，号召附近诸侯归附，联兵倒幕。
所谓新政府的“仁政”，主要是指“年贡半减”，这是相乐总三提出建议，受到西乡隆盛等人同意的政治口号。总三认为，各地农民已在幕府多年的横征暴敛下苦不堪言，如果新政府答应减少一半年贡，他们肯定会群起响应，则幕府的统治必将瞬间倾垮。
然而，到了庆应四年（1868年）的一月下旬，京都却开始流传出“赤报队”“恐吓民众，掠夺财物”的谣言，听到这种谣言，已经进入信州的“赤报队”二番队、三番队在两位公卿头子的率领下，立刻转身跑回了京都。相乐总三茫然无措，于是孤身前往东山道总督府去澄清谣言。
就趁着相乐总三离开的机会，信州各藩纷纷对“赤报队”发起突袭，将其半数杀死，半数逮捕。等到总三在东山道总督府申诉成功，乐呵呵回到信州的时候，不禁被眼前的情景给惊呆了。经过他反复游说和催促，各藩终于答应将所逮捕的“赤报队”一番队队员全部释放——但这只是一个缓兵之计而已，“赤报队”的彻底覆灭就在眼前。
原来，有关“赤报队”“恐吓民众，掠夺财物”的谣言，根本就是新政府派人放出去的，其原因就在于新政府财政拮据，无法承担庞大的军事开销，被迫向三井等大财阀借款，而这些大财阀为了聚敛钱财，根本上反对“年贡半减”政策。基于这一因素，新政府不惜食言而肥，失信于天下百姓，“赤报队”就此变成了可悲的政治牺牲品。
庆应四年（1868年）三月，东山道总督府突然逮捕了再度前来申诉的相乐总三及“赤报队”残余队员，随即以“伪官军”的罪名将总三及其亲信八人在信州下诹访处以斩刑——相乐总三享年仅三十岁。明治政府是以此向农民们表示：政府根本就没有发出过“年贡半减”的承诺，这都是“赤报队”这些伪官军混淆视听的谣言。咱们仗照打，幕府照倒，年贡照收，以为在新政府统治下农民们能过好日子，那只是不切实际的妄想！
一直到六十年后的1928年，日本政府才终于为相乐总三和“赤报队”恢复了名誉。这一场延续了半个多世纪的冤狱，非常鲜明而透彻地揭示了明治维新以及维新政府的垃圾本质。